{"id":75476,"date":"2007-10-05T19:45:00","date_gmt":"2007-10-05T19:45:00","guid":{"rendered":"http:\/\/weblogs.madrimasd.org\/\/bioinformatica\/archive\/2007\/10\/05\/75476.aspx"},"modified":"2007-10-05T19:45:00","modified_gmt":"2007-10-05T19:45:00","slug":"la-bioinformatica-y-los-sistemas-operativos-iv-bio-linux","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/2007\/10\/05\/75476","title":{"rendered":"La Bioinform\u00e1tica y los Sistemas Operativos (IV): Bio-Linux"},"content":{"rendered":"<p>Revisando correos y entradas de blog antiguos, me he encontrado con que promet\u00ed hablar hace casi dos a\u00f1os de <a href=\"http:\/\/nebc.nox.ac.uk\/biolinux.html\">Bio-Linux<\/a>, y no lo hice (\u00a1mea culpa!). Adem\u00e1s es un buen momento, viendo algunos de los comentarios <A href=\"http:\/\/weblogs.madrimasd.org\/bioinformatica\/archive\/2006\/01\/03\/11516.aspx#75082\">preguntando d\u00f3nde encontrar software bioinform\u00e1tico<\/a>.<br \/><!--more--><a href=\"http:\/\/nebc.nox.ac.uk\/biolinux.html\">Bio-Linux<\/a>, como muchas distribuciones Linux de hoy en d\u00eda, est\u00e1 disponible tanto en formato <a href=\"http:\/\/nebc.nox.ac.uk\/live_dvd.html\">Live-DVD<\/a> como para instalar en cualquier ordenador. Desde la versi\u00f3n 4.0, esta distribuci\u00f3n est\u00e1 basada en <a href=\"http:\/\/www.debian.org\/\">Debian<\/a>, a\u00f1adiendo much\u00edsimo software bioinform\u00e1tico, tal como <a href=\"http:\/\/nebc.nox.ac.uk\/repository.html\">se puede consultar en la lista <i>online<\/i><\/a>. Buena parte del software en la lista es:<\/p>\n<ul>\n<li><b>Desarrollo en <\/b><b>bioinform\u00e1tica<\/b>: <a href=\"http:\/\/biojava.org\/\">BioJava<\/a>, <a href=\"http:\/\/www.bioperl.org\/\">BioPerl<\/a>, <a href=\"http:\/\/biopython.org\/\">BioPython<\/a>, <a href=\"http:\/\/bioruby.org\/\">BioRuby<\/a>, <a href=\"http:\/\/pbil.univ-lyon1.fr\/R\/ape\/\">APE<\/a>, <a href=\"http:\/\/www.bioconductor.org\/\">BioConductor<\/a>, <a href=\"http:\/\/micans.org\/mcl\/\">MCL<\/a>, etc&#8230;<\/li>\n<li><b>Herramientas de visualizaci\u00f3n<\/b>: <a href=\"http:\/\/www.sanger.ac.uk\/Software\/ACT\/\">ACT<\/a>, <a href=\"http:\/\/www.sanger.ac.uk\/Software\/Artemis\/\">Artemis<\/a>, <a href=\"http:\/\/www.phylosoft.org\/atv\/\">ATV<\/a>, <a href=\"http:\/\/www.cgb.ki.se\/cgb\/groups\/sonnhammer\/Blixem.html\">Blixem<\/a>, <a href=\"http:\/\/bips.u-strasbg.fr\/fr\/Documentation\/ClustalX\/\">ClustalX<\/a>, <a href=\"http:\/\/www.jalview.org\/\">Jalview<\/a>, <a href=\"http:\/\/www.bioinf.man.ac.uk\/microarray\/maxd\/\">maxd<\/a>, <a href=\"http:\/\/bio-mview.sourceforge.net\/\">MView<\/a>, <a href=\"http:\/\/pbil.univ-lyon1.fr\/software\/njplot.html\">NJPlot<\/a>, <a href=\"http:\/\/www.openrasmol.org\/\">RasMol<\/a>, <a href=\"http:\/\/pbil.univ-lyon1.fr\/software\/seaview.html\">SeaView<\/a>, <a href=\"http:\/\/staden.sourceforge.net\/\">Staden<\/a>, etc&#8230;<\/li>\n<li><b>Herramientas b\u00e1sicas<\/b>: <a href=\"http:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/Education\/BLASTinfo\/information3.html\">NCBI Blast<\/a>, <a href=\"http:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/clustalw\/index.html\">ClustalW<\/a>, <a href=\"http:\/\/emboss.sourceforge.net\/\">EMBOSS<\/a>, <a href=\"http:\/\/www.ebi.ac.uk\/fasta33\/\">FASTA<\/a>, <a href=\"http:\/\/directory.fsf.org\/project\/fastDNAml\/\">FastDNAml<\/a>, <a href=\"http:\/\/www.cbcb.umd.edu\/software\/glimmer\/\">Glimmer<\/a>, <a href=\"http:\/\/www.mrc-lmb.cam.ac.uk\/happy\/HappyGroup\/happy.html\">HAPPY<\/a>, <a href=\"http:\/\/hmmer.janelia.org\/\">HMMer<\/a>, <a href=\"http:\/\/mrbayes.csit.fsu.edu\/\">MrBayes<\/a>, <a href=\"http:\/\/mesquiteproject.org\/mesquite\/mesquite.html\">Mesquite<\/a>, <a href=\"http:\/\/mummer.sourceforge.net\/\">MUMmer<\/a>, <a href=\"http:\/\/abacus.gene.ucl.ac.uk\/software\/paml.html\">Paml<\/a>, <a href=\"http:\/\/statgen.ncsu.edu\/qtlcart\/\">QTL Cartographer<\/a>, <a href=\"http:\/\/iubio.bio.indiana.edu\/soft\/molbio\/readseq\/\">ReadSeq<\/a>, <a href=\"http:\/\/www.tcoffee.org\/\">T-Coffee<\/a>, <a href=\"http:\/\/www.tree-puzzle.de\/\">TREE-PUZZLE<\/a>, <a href=\"http:\/\/www.ebi.ac.uk\/Wise2\/\">Wise2<\/a>, etc&#8230;<\/li>\n<\/ul>\n<p>Todav\u00eda no he tenido tiempo de descargarme y evaluar el <a href=\"http:\/\/nebc.nox.ac.uk\/live_dvd.html\">Live-DVD<\/a>, pero por lo que cont\u00f3 Jan-Jaap (un compa\u00f1ero de trabajo) est\u00e1 muy bien para temas did\u00e1cticos, al llevar tantas herramientas bioinform\u00e1ticas en un solo DVD. Se quej\u00f3 de que era un poco lento el uso del <a href=\"http:\/\/nebc.nox.ac.uk\/live_dvd.html\">Live-DVD<\/a> en port\u00e1tiles, por tener que estar leyendo cada dos por tres. En cualquier caso, el reconocimiento de hardware funciona bastante bien, porque le reconoci\u00f3 el hardware del port\u00e1til sin problemas.<\/p>\n<p>Con este DVD teneis la posibilidad de probar muchas herramientas bioinform\u00e1ticas sin el engorro de tener que instalarlas. \u00a1Que lo disfruteis!<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Revisando correos y entradas de blog antiguos, me he encontrado con que promet\u00ed hablar hace casi dos a\u00f1os de Bio-Linux, y no lo hice (\u00a1mea culpa!). Adem\u00e1s es un buen momento, viendo algunos de los comentarios preguntando d\u00f3nde encontrar software bioinform\u00e1tico.<\/p>\n","protected":false},"author":25,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"ngg_post_thumbnail":0},"categories":[187],"tags":[],"blocksy_meta":{"styles_descriptor":{"styles":{"desktop":"","tablet":"","mobile":""},"google_fonts":[],"version":4}},"aioseo_notices":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/75476"}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/users\/25"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=75476"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/75476\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=75476"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=75476"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=75476"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}