{"id":8027,"date":"2005-10-26T00:45:00","date_gmt":"2005-10-26T00:45:00","guid":{"rendered":"http:\/\/weblogs.madrimasd.org\/\/bioinformatica\/archive\/2005\/10\/26\/8027.aspx"},"modified":"2005-10-26T00:45:00","modified_gmt":"2005-10-26T00:45:00","slug":"biobar-y-biofox-dos-extensiones-mozilla-firefox-bastante-utiles-para-usuarios-de-la-bioinformatica","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/2005\/10\/26\/8027","title":{"rendered":"Biobar y bioFOX, dos extensiones Mozilla-Firefox bastante \u00fatiles para usuarios de la bioinform\u00e1tica"},"content":{"rendered":"

Hace tiempo la gente de mi laboratorio descubri\u00f3 una extensi\u00f3n de Mozilla y Firefox que les facilitaba la vida: Biobar. Personalmente por mi trabajo nunca la hab\u00eda instalado, ni mucho menos usado, y ten\u00eda curiosidad por ver si serv\u00eda tanto como parec\u00eda. He de reconocer que me he llevado una muy grata impresi\u00f3n. Aqu\u00ed est\u00e1 mi evaluaci\u00f3n personal…
Para instalarla, lo primero de todo es conocer el sitio web donde se encuentra disponible: http:\/\/biobar.mozdev.org<\/a>. Una vez obtenida e instalada (en este instante, la versi\u00f3n 1.3.2) la versi\u00f3n correspondiente a tu navegador (Mozilla o Firefox\/Camino), y despu\u00e9s de haberlo reiniciado (\u00a1muy importante!), aparece como una barra adicional en el navegador, justo debajo de la barra de Bookmarks<\/i>. A simple vista se puede apreciar que es una barra de b\u00fasquedas totalmente enfocada al acceso en l\u00ednea de recursos bioinform\u00e1ticos. Dicha barra dispone de un men\u00fa de acceso directo a los principales portales bioinform\u00e1ticos existentes (el dibujito de la izquierda), un par de men\u00fas desplegables para especificar el tipo de b\u00fasqueda recuperaci\u00f3n que se quiere realizar (por accession en UniProt, una b\u00fasqueda de texto libre en PDBsum, o incluso en varios sitios a la vez), y un campo donde escribimos el dato a buscar. Adem\u00e1s, dicha barra dispone de un campo dedicado exclusivamente a la b\u00fasqueda de estructuras PDB por su identificador, y la extensi\u00f3n que la genera permite adem\u00e1s a\u00f1adir enlaces propios al men\u00fa de acceso directo. Dentro del sitio web hay tambi\u00e9n documentaci\u00f3n que describe como integrar servicios adicionales de b\u00fasqueda en Biobar. <\/p>\n

\"Pantallazo <\/div>\n

Probando Biobar descubr\u00ed que dicha extensi\u00f3n hab\u00eda creado un submen\u00fa nuevo dentro del men\u00fa Tools<\/i>, donde est\u00e1n disponibles varias opciones (opciones de Biobar, mostrar el directorio del mismo, personalizar el men\u00fa de b\u00fasqueda, etc…). La que m\u00e1s me intrig\u00f3 fue ‘Install bioFOX<\/i>‘, dado que no estaba muy bien documentada que digamos. Indagando un poco con Google me encontr\u00e9 con que es una extensi\u00f3n complementaria a Biobar, desarrollada por Saleem Mohammed<\/a> en la Universidad de Nebraska-Lincoln. Esta extensi\u00f3n es complementaria a Biobar, dado que est\u00e1 especializada en la ejecuci\u00f3n de servicios web bioinform\u00e1ticos (alineamientos m\u00faltiples, b\u00fasquedas BLAST, b\u00fasquedas de motivos, etc…).<\/p>\n

Al pinchar en Install bioFOX<\/i> se inicia en segundo plano la descarga e instalaci\u00f3n de la extensi\u00f3n, versi\u00f3n 0.3, pero he de advertiros que \u00a1no se descarga la versi\u00f3n m\u00e1s moderna! Actualmente la \u00faltima versi\u00f3n es la 1.1 (bastante mejor), y que se encuentra disponible en su sitio de mozdev (ver en los enlaces). A diferencia de Biobar, una vez descargada e instalada bioFOX (y reiniciado el navegador), nos encontramos con que el autor ha optado por implementarla como un panel lateral del navegador, con lo que la forma de invocarla es yendo al men\u00fa View->Sidebar<\/i>, y activ\u00e1ndola. Dado que hay servicios bioinform\u00e1ticos que devuelven los resultados en forma de un correo electr\u00f3nico, lo primero que hay que hacer es poner una direcci\u00f3n de correo electr\u00f3nico en las opciones de configuraci\u00f3n de la extensi\u00f3n (men\u00fa Options->Preferences<\/i> del panel).<\/p>\n

\"PantallazoEsta extensi\u00f3n realiza las ejecuciones bas\u00e1ndose en el texto seleccionado en el navegador, con lo que se presenta el problema de la gallina y el huevo: \u00bfc\u00f3mo empezar? Para ello, este panel permite crear un workspace, que es b\u00e1sicamente una p\u00e1gina en blanco con un campo donde pegaremos la informaci\u00f3n a buscar, y que genera una p\u00e1gina local con dicha informaci\u00f3n una vez pinchemos en ‘Submit’. Una vez nos aparezca la p\u00e1gina, s\u00f3lo tenemos que seleccionar el texto, y pinchar en alguno de los servicios que aparecen en el panel, que autom\u00e1ticamente se encarga de invocar el servicio con esa informaci\u00f3n seleccionada como entrada. Cada invocaci\u00f3n genera una ventana o tabulador nuevo en el navegador: si el servicio necesita par\u00e1metros adicionales, entonces la p\u00e1gina que se abrir\u00e1 ser\u00e1 la correspondiente a dichos par\u00e1metros; si el servicio se puede ejecutar tal cu\u00e1l, pues entonces la p\u00e1gina que se abrir\u00e1 ser\u00e1 la de informaci\u00f3n del mismo. Una vez tengamos los resultados, si queremos seguir buscando s\u00f3lo tendremos que seleccionar lo que nos interese, pinchar en el servicio, \u00a1y a esperar la siguiente respuesta! Adem\u00e1s, introduce en el men\u00fa contextual la opci\u00f3n de realizar una b\u00fasqueda PubMed o Scirus del texto seleccionado, con lo que permite de un plumazo ver si hay art\u00edculos disponibles relacionados. Por \u00faltimo, tambi\u00e9n es posible instalar Biobar desde bioFOX, pero personalmente esto no lo he probado.<\/p>\n

Considero que estas extensiones son muy \u00fatiles para el bi\u00f3logo que tiene conocimientos de bioinform\u00e1tica y que usa diariamente los recursos bioinform\u00e1ticos disponibles en la red. Con estas herramientas se puede agilizar el proceso de b\u00fasqueda de informaci\u00f3n interesante, sin tener que perder tanto tiempo en visitar cada uno de los sitios web. Ya s\u00f3lo queda que sus usuarios hagan ciencia.<\/p>\n

Enlaces: <\/p>\n