{"id":9219,"date":"2005-11-11T04:38:00","date_gmt":"2005-11-11T04:38:00","guid":{"rendered":"http:\/\/weblogs.madrimasd.org\/\/bioinformatica\/archive\/2005\/11\/11\/9219.aspx"},"modified":"2005-11-11T04:38:00","modified_gmt":"2005-11-11T04:38:00","slug":"simulacion-del-movimiento-del-trna-dentro-del-ribosoma-durante-la-decodificacion","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/2005\/11\/11\/9219","title":{"rendered":"Simulaci\u00f3n del movimiento del tRNA dentro del ribosoma durante la decodificaci\u00f3n"},"content":{"rendered":"

Jos\u00e9 Manuel Gimeno<\/a>, del diario digital \u00abLa Flecha\u00bb<\/a>, me mand\u00f3 el enlace a una noticia publicada en su diario (\u00abLa mayor simulaci\u00f3n inform\u00e1tica de la biolog\u00eda reproduce la din\u00e1mica celular\u00bb<\/i><\/a>), basada en un art\u00edculo recientemente publicado en la revista PNAS<\/a>. Intentando indagar en la noticia, me puse a buscar las fuentes de la misma, entre las cu\u00e1les est\u00e1 la p\u00e1gina web sobre el experimento<\/a> publicada por el laboratorio de Los \u00c1lamos, en cuyos ordenadores fue realizada la simulaci\u00f3n. Dicha p\u00e1gina explica en lenguaje coloquial el trabajo realizado, el n\u00famero de ordenadores empleados y la importancia de los resultados conseguidos, pero no proporcionaba otros detalles t\u00e9cnicos como el tiempo simulado. As\u00ed que tuve que indagar m\u00e1s.
El art\u00edculo que describe en profundidad el trabajo realizado y los resultados obtenidos fue publicado el pasado 1 de Noviembre en la revista PNAS, con el t\u00edtulo \u00abSimulating movement of tRNA into the ribosome during decoding\u00bb<\/i><\/a>. Dicho art\u00edculo trata sobre c\u00f3mo han conseguido realizar una simulaci\u00f3n de 20ns del moviemiento del tRNA<\/a> dentro del ribosoma durante la decodificaci\u00f3n, habiendo realizado previamente siete simulaciones de 2ns de prueba. Para ello, los autores de este trabajo emplearon el programa NAMD<\/a>, que es uno de los est\u00e1ndares de facto<\/i> de aquellos que trabajan en din\u00e1mica molecular por su versatilidad, y un algoritmo de su propia cosecha (\u00abtargeted molecular dynamics algorithm\u00bb<\/i>).<\/p>\n

Aunque una simulaci\u00f3n de 20ns puede parecer muy peque\u00f1a para las escalas temporales que normalmente manejamos, es un gran logro para una simulaci\u00f3n de din\u00e1mica molecular, teniendo en cuenta adem\u00e1s el n\u00famero de \u00e1tomos simulados (2.64×106<\/sup>). Todo el c\u00e1lculo est\u00e1 basado en ecuaciones diferenciales que representan una simplificaci\u00f3n y estimaci\u00f3n de los campos de fuerzas y entorno que influyen en las part\u00edculas de la simulaci\u00f3n, junto con una serie de restricciones. El espacio de tiempo a simular se divide en una serie de iteraciones, y en cada iteraci\u00f3n se resuelven las ecuaciones diferenciales que definen el problema para cada uno de los \u00e1tomos, y cuyos resultados son calibrados y empleados como entrada para el siguiente ciclo de ejecuci\u00f3n de las mismas. Toda simulaci\u00f3n tiene asociada un error acumulado que es la diferencia entre los resultados obtenidos en la simulaci\u00f3n y la realidad, y cuanto m\u00e1s larga es una simulaci\u00f3n mayor es el error acumulado. Varias formas de reducir el error es simplificando menos el problema usando un campo de fuerzas simulado m\u00e1s cercano a la realidad, a costa de un tiempo de computaci\u00f3n mucho mayor. Otra alternativa es mejorar las restricciones, que son un arma de doble filo porque tambi\u00e9n son capaces de introducir errores.<\/p>\n

Curiosamente, aunque aparece publicado el n\u00famero de procesadores empleados (768) del ASCI Q (8192) de Los \u00c1lamos, no aparece la informaci\u00f3n del tiempo que llev\u00f3 realizar la simulaci\u00f3n total (posiblemente varias semanas). En cualquier caso, os recomiendo que os le\u00e1is el art\u00edculo, aunque hay que reconocer que est\u00e1 m\u00e1s cerca de la parte Bio<\/i> que de la parte Inform\u00e1tica<\/i>.<\/p>\n

Enlaces: <\/p>\n