{"id":93377,"date":"2008-05-30T13:51:00","date_gmt":"2008-05-30T13:51:00","guid":{"rendered":"http:\/\/weblogs.madrimasd.org\/\/bioinformatica\/archive\/2008\/05\/30\/93377.aspx"},"modified":"2008-05-30T13:51:00","modified_gmt":"2008-05-30T13:51:00","slug":"cuando-dependes-de-un-programa-antiguo-ii-phrap","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/2008\/05\/30\/93377","title":{"rendered":"Cuando dependes de un programa antiguo (II): Phrap"},"content":{"rendered":"<p><a href=\"http:\/\/www.phrap.org\/phredphrapconsed.html\">Phrap<\/a> es uno de esos programas bioinform\u00e1ticos muuuuy usado a la hora de <a href=\"http:\/\/es.wikipedia.org\/wiki\/Secuenciaci%C3%B3n_de_ADN\">ensamblar<\/a> todos los <a href=\"http:\/\/es.wikipedia.org\/wiki\/Contig\"><i>contigs<\/i><\/a> <sub>(\u00a1que no hay que confundir con los <a href=\"http:\/\/en.wikipedia.org\/wiki\/Expressed_sequence_tag#EST_contigs\"><i>EST contigs<\/i><\/a>!)<\/sub> obtenidos de <a href=\"http:\/\/en.wikipedia.org\/wiki\/DNA_sequencer\">secuenciadores<\/a> que usan t\u00e9cnicas similares a la de <a href=\"http:\/\/en.wikipedia.org\/wiki\/Shotgun_sequencing\"><i>shotgun<\/i><\/a>. Este programa es gratuito para uso acad\u00e9mico (previa solicitud a los autores), y est\u00e1 disponible tanto en c\u00f3digo fuente como en m\u00f3dulos precompilados. El problema al instalar Phrap viene de que fue dise\u00f1ado y escrito en entornos de 32 bits, con compiladores de 32 bits, en lenguaje <a href=\"http:\/\/es.wikipedia.org\/wiki\/Lenguaje_de_programaci%C3%B3n_C#El_C_de_Kernighan_y_Ritchie\">C de Kerningan &amp; Ritchie<\/a>, y no compila muy bien que digamos en entornos de 64 bits con los compiladores actuales. El otro inconveniente es que no incluye un conjunto de datos de prueba, para ver si realmente funciona o falla.<\/p>\n<div align=\"center\"><a href=\"http:\/\/www.phrap.org\/\"><img decoding=\"async\" src=\"http:\/\/www.phrap.org\/images\/sequence.jpg\" width=\"400\"><br \/><\/a><\/div>\n<p><!--more--><br \/>Tras estar Jos\u00e9 Manuel Rodr\u00edguez, Andr\u00e9s Ca\u00f1ada y yo toda una ma\u00f1anaprobando combinaciones de arquitecturas y compiladores, llegamos a lassiguientes conclusiones:<\/p>\n<ul>\n<li>Phrap se puede compilar y funciona en un <a href=\"http:\/\/www.linux.org\/\">Linux<\/a> de 32 bits con el <a href=\"http:\/\/gcc.gnu.org\/\">GCC<\/a>, con la limitaci\u00f3n de la cantidad de memoria que puede usar un proceso en este entorno (a lo sumo, 2GB~3GB).<\/li>\n<li>El software no funciona muy bien en entornos Linux <a href=\"http:\/\/es.wikipedia.org\/wiki\/X86-64\">x86-64<\/a> (32 y 64 bits) cuando es compilado con el GCC. Aqu\u00ed tuvimos que forzar una compilaci\u00f3n de 32 bits para que los programas del paquete Phrap no dieran el temido <a href=\"http:\/\/es.wikipedia.org\/wiki\/Violaci%C3%B3n_de_acceso\"><i>Segmentation Fault<\/i><\/a> al empezar a ensamblar, impon\u00edendoles as\u00ed una restricci\u00f3n artifical (estos ejecutables no pueden usar m\u00e1s de 2GB~3GB por ser de 32 bits). Como no ten\u00edamos otros compiladores a mano, tuvimos que dejarlo as\u00ed.<\/li>\n<li>En entornos Linux <a href=\"http:\/\/es.wikipedia.org\/wiki\/IA64\">IA64<\/a> (64 bits) la cosa sali\u00f3 mejor de lo que esper\u00e1bamos. En la m\u00e1quina que tenemos con esta arquitectura (32 procesadores, 64GB de memoria), adem\u00e1s del GCC, tenemos instalado el <a href=\"http:\/\/www.intel.com\/cd\/software\/products\/asmo-na\/eng\/compilers\/284132.htm\">compilador de pago de Intel de C y C++<\/a>. Con el GCC volvimos a tener problemas, pero con el ICC los ejecutables obtenidos funcionaron sin problemas. Creo que es debido a c\u00f3mo empaqueta las estructuras de C y los tama\u00f1os de los tipos b\u00e1sicos.<\/li>\n<\/ul>\n<p>Todav\u00eda nos queda hacer pruebas en Mac OS X, que tuvimos que postergar por temas de mantenimiento de nuestro <a href=\"http:\/\/es.wikipedia.org\/wiki\/CPD\">CPD<\/a>, pero sospechamos que se repetir\u00e1 la misma historia: en 32 bits el programa funcionar\u00e1, y en 64 bits el programa \u00abpetar\u00e1\u00bb, salvo que encontremos c\u00f3mo compilarlo para que funcione.<\/p>\n<p><u><b>Actualizaci\u00f3n<\/b> 3 de Juio de 2008, 22:19:52<\/u>: En un <i>post<\/i> de hoy mismo <A href=\"http:\/\/weblogs.madrimasd.org\/bioinformatica\/archive\/2008\/06\/03\/93709.aspx\">he publicado una soluci\u00f3n mejor<\/a> a la publicada en <A href=\"http:\/\/weblogs.madrimasd.org\/bioinformatica\/archive\/2008\/05\/30\/93377.aspx#93656\">el segundo comentario<\/a> para las arquitecturas de 64 bits.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Phrap es uno de esos programas bioinform\u00e1ticos muuuuy usado a la hora de ensamblar todos los contigs (\u00a1que no hay que confundir con los EST contigs!) obtenidos de secuenciadores que usan t\u00e9cnicas similares a la de shotgun. Este programa es gratuito para uso acad\u00e9mico (previa solicitud a los autores), y est\u00e1 disponible tanto en c\u00f3digo fuente como en m\u00f3dulos precompilados. El problema al instalar Phrap viene de que fue dise\u00f1ado y escrito en entornos de 32 bits, con compiladores de 32 bits, en lenguaje C de Kerningan &amp; Ritchie, y no compila muy bien que digamos en entornos de 64\u2026<\/p>\n","protected":false},"author":25,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"ngg_post_thumbnail":0},"categories":[187],"tags":[],"blocksy_meta":{"styles_descriptor":{"styles":{"desktop":"","tablet":"","mobile":""},"google_fonts":[],"version":4}},"aioseo_notices":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/93377"}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/users\/25"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=93377"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/93377\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=93377"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=93377"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=93377"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}