{"id":94489,"date":"2008-06-12T11:55:00","date_gmt":"2008-06-12T11:55:00","guid":{"rendered":"http:\/\/weblogs.madrimasd.org\/\/bioinformatica\/archive\/2008\/06\/12\/94489.aspx"},"modified":"2008-06-12T11:55:00","modified_gmt":"2008-06-12T11:55:00","slug":"el-autor-de-hmmer-era-creador-de-rutinas-para-videojuegos","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/2008\/06\/12\/94489","title":{"rendered":"El autor de HMMer era creador de rutinas para videojuegos"},"content":{"rendered":"<p>Much@s de vosotr@s conocereis casos de personas que cambian radicalmente de trabajo o de estilo de vida. Gente que antes trabajaba para la empresa privada entra en el mundo de investigaci\u00f3n (algun@s de mis compa\u00f1er@s), gente del mundo de la investigaci\u00f3n decide abandonarlo todo y se pone a viajar por todo el mundo (\u00bfpor d\u00f3nde andar\u00e1s, Josetxu?), etc.. En <a href=\"http:\/\/www.the-scientist.com\/toc\/2008\/6\/\">el n\u00famero de este mes<\/a> de la revista <a href=\"http:\/\/www.the-scientist.com\/\"><i>The Scientist<\/i><\/a> aparece una entrevista a <a href=\"http:\/\/selab.janelia.org\/people\/eddys\/\">Sean Eddy<\/a>, creador de <a href=\"http:\/\/hmmer.janelia.org\/\">HMMer<\/a>.<\/p>\n<div align=\"center\"><img decoding=\"async\" src=\"\/blogs\/bioinformatica\/wp-content\/blogs.dir\/41\/files\/165\/o_hmmer_titlebar.gif\"><\/div>\n<p>Dentro de la entrevista me llam\u00f3 la atenci\u00f3n que era un adicto de un viejo videojuego llamado <a href=\"http:\/\/en.wikipedia.org\/wiki\/Empire_%28disambiguation%29#Computer_and_video_games\">Empire<\/a>, y que para \u00e9l cre\u00f3 gran cantidad de rutinas para automatizar la mayor parte de las operaciones econ\u00f3micas y militares. Seg\u00fan \u00e9l, casi todo lo aprendido al programar estas rutinas lo recicl\u00f3 para sus programas de <a href=\"http:\/\/es.wikipedia.org\/wiki\/Alineamiento_de_secuencias\">alineamiento de secuencias<\/a> y plegamiento de <a href=\"http:\/\/es.wikipedia.org\/wiki\/ARN\">RNA<\/a>. <\/p>\n<p><!--more--><a href=\"http:\/\/hmmer.janelia.org\/\">HMMer<\/a> es el software de Sean Eddy m\u00e1s conocido, por ser el est\u00e1ndar de facto en bioinform\u00e1tica para la b\u00fasqueda de motivosen secuencia, y usa para ello por dentro <a href=\"http:\/\/es.wikipedia.org\/wiki\/Modelo_oculto_de_Markov\">modelos de Markov ocultos<\/a>. Labase de datos <a href=\"http:\/\/pfam.janelia.org\/\">PFam<\/a>, que est\u00e1 compuesta por todos los motivos conocidos de prote\u00edna, as\u00ed como de un nutrido grupo de motivos identificados por medios puramente computacionales o todav\u00eda no confirmados,<a href=\"http:\/\/pfam.janelia.org\/\"><\/a>se construye gracias al esfuerzo de sus curadores, pero tambi\u00e9n graciasa uno de los programas de HMMer, que a partir de los fragmentosrepresentativos de secuencias que describen un motivo genera losperfiles <a href=\"http:\/\/es.wikipedia.org\/wiki\/Modelo_oculto_de_Markov\">HMM<\/a> usados posteriormente para las b\u00fasquedas.<\/p>\n<p>En cualquier caso, os recomiendo el art\u00edculo (<a href=\"http:\/\/www.the-scientist.com\/2008\/6\/1\/56\/1\/\">enlace al art\u00edculo<\/a>), que es mucho m\u00e1s extenso que las pocas l\u00edneas que he comentado aqu\u00ed. \u00a1Qu\u00e9 cantidad de vueltas da la vida! L@s m\u00e1s caraduras ya le podreis decir a vuestr@ jef@ que estais jugando en el trabajo para perfeccionar un algoritmo revolucionario&#8230;<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Much@s de vosotr@s conocereis casos de personas que cambian radicalmente de trabajo o de estilo de vida. Gente que antes trabajaba para la empresa privada entra en el mundo de investigaci\u00f3n (algun@s de mis compa\u00f1er@s), gente del mundo de la investigaci\u00f3n decide abandonarlo todo y se pone a viajar por todo el mundo (\u00bfpor d\u00f3nde andar\u00e1s, Josetxu?), etc.. En el n\u00famero de este mes de la revista The Scientist aparece una entrevista a Sean Eddy, creador de HMMer. Dentro de la entrevista me llam\u00f3 la atenci\u00f3n que era un adicto de un viejo videojuego llamado Empire, y que para \u00e9l\u2026<\/p>\n","protected":false},"author":25,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"ngg_post_thumbnail":0},"categories":[186,31],"tags":[],"blocksy_meta":{"styles_descriptor":{"styles":{"desktop":"","tablet":"","mobile":""},"google_fonts":[],"version":4}},"aioseo_notices":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/94489"}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/users\/25"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=94489"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/94489\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=94489"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=94489"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=94489"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}