{"id":94489,"date":"2008-06-12T11:55:00","date_gmt":"2008-06-12T11:55:00","guid":{"rendered":"http:\/\/weblogs.madrimasd.org\/\/bioinformatica\/archive\/2008\/06\/12\/94489.aspx"},"modified":"2008-06-12T11:55:00","modified_gmt":"2008-06-12T11:55:00","slug":"el-autor-de-hmmer-era-creador-de-rutinas-para-videojuegos","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/2008\/06\/12\/94489","title":{"rendered":"El autor de HMMer era creador de rutinas para videojuegos"},"content":{"rendered":"

Much@s de vosotr@s conocereis casos de personas que cambian radicalmente de trabajo o de estilo de vida. Gente que antes trabajaba para la empresa privada entra en el mundo de investigaci\u00f3n (algun@s de mis compa\u00f1er@s), gente del mundo de la investigaci\u00f3n decide abandonarlo todo y se pone a viajar por todo el mundo (\u00bfpor d\u00f3nde andar\u00e1s, Josetxu?), etc.. En el n\u00famero de este mes<\/a> de la revista The Scientist<\/i><\/a> aparece una entrevista a Sean Eddy<\/a>, creador de HMMer<\/a>.<\/p>\n

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Dentro de la entrevista me llam\u00f3 la atenci\u00f3n que era un adicto de un viejo videojuego llamado Empire<\/a>, y que para \u00e9l cre\u00f3 gran cantidad de rutinas para automatizar la mayor parte de las operaciones econ\u00f3micas y militares. Seg\u00fan \u00e9l, casi todo lo aprendido al programar estas rutinas lo recicl\u00f3 para sus programas de alineamiento de secuencias<\/a> y plegamiento de RNA<\/a>. <\/p>\n

HMMer<\/a> es el software de Sean Eddy m\u00e1s conocido, por ser el est\u00e1ndar de facto en bioinform\u00e1tica para la b\u00fasqueda de motivosen secuencia, y usa para ello por dentro modelos de Markov ocultos<\/a>. Labase de datos PFam<\/a>, que est\u00e1 compuesta por todos los motivos conocidos de prote\u00edna, as\u00ed como de un nutrido grupo de motivos identificados por medios puramente computacionales o todav\u00eda no confirmados,<\/a>se construye gracias al esfuerzo de sus curadores, pero tambi\u00e9n graciasa uno de los programas de HMMer, que a partir de los fragmentosrepresentativos de secuencias que describen un motivo genera losperfiles HMM<\/a> usados posteriormente para las b\u00fasquedas.<\/p>\n

En cualquier caso, os recomiendo el art\u00edculo (enlace al art\u00edculo<\/a>), que es mucho m\u00e1s extenso que las pocas l\u00edneas que he comentado aqu\u00ed. \u00a1Qu\u00e9 cantidad de vueltas da la vida! L@s m\u00e1s caraduras ya le podreis decir a vuestr@ jef@ que estais jugando en el trabajo para perfeccionar un algoritmo revolucionario…<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Much@s de vosotr@s conocereis casos de personas que cambian radicalmente de trabajo o de estilo de vida. Gente que antes trabajaba para la empresa privada entra en el mundo de investigaci\u00f3n (algun@s de mis compa\u00f1er@s), gente del mundo de la investigaci\u00f3n decide abandonarlo todo y se pone a viajar por todo el mundo (\u00bfpor d\u00f3nde andar\u00e1s, Josetxu?), etc.. En el n\u00famero de este mes de la revista The Scientist aparece una entrevista a Sean Eddy, creador de HMMer. Dentro de la entrevista me llam\u00f3 la atenci\u00f3n que era un adicto de un viejo videojuego llamado Empire, y que para \u00e9l\u2026<\/p>\n","protected":false},"author":25,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"ngg_post_thumbnail":0},"categories":[186,31],"tags":[],"blocksy_meta":{"styles_descriptor":{"styles":{"desktop":"","tablet":"","mobile":""},"google_fonts":[],"version":4}},"aioseo_notices":[],"aioseo_head":"\n\t\t\n\t\n\t\n\t\n\t\n\t\n\t\t\n\t\t\n\t\t\n\t\t\n\t\t\n\t\t\n\t\t\n\t\t\n\t\t\n\t\t\n\t\t\n\t\t\n\t\t\n\t\t\n\t\t