{"id":95848,"date":"2008-07-01T08:33:00","date_gmt":"2008-07-01T08:33:00","guid":{"rendered":"http:\/\/weblogs.madrimasd.org\/\/bioinformatica\/archive\/2008\/07\/01\/95848.aspx"},"modified":"2008-07-01T08:33:00","modified_gmt":"2008-07-01T08:33:00","slug":"si-hacen-lo-mismo-%c2%bfpor-que-hay-tantos","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/2008\/07\/01\/95848","title":{"rendered":"Si hacen lo mismo, \u00bfpor qu\u00e9 hay tantos?"},"content":{"rendered":"<p>Hace unos d\u00edas, dej\u00f3 Catalina <A href=\"http:\/\/weblogs.madrimasd.org\/bioinformatica\/archive\/2006\/01\/21\/12366.aspx#95536\">en una hebra no relacionada<\/a> la siguiente pregunta:<\/p>\n<blockquote><p><i>Como sabemos, existen diferentes programas para la visualizacionmolecular tales como el <a href=\"http:\/\/www.openrasmol.org\/\">RASMOL<\/a> y el <a href=\"http:\/\/www.ks.uiuc.edu\/Research\/vmd\/\">VMD<\/a>. Me gustar\u00eda saber en qu\u00e9 sediferencian, ya que por lo que he leido son muy parecidos.<\/i><\/p><\/blockquote>\n<p>A nivel b\u00e1sico ambos programas se parecen, pero justo ah\u00ed divergen. <a href=\"http:\/\/www.openrasmol.org\/\">Rasmol<\/a> es una herramineta b\u00e1sica que apenas se mantiene hoy en d\u00eda, pero que ha dejado su huella en el mundo de la bioinform\u00e1tica por haber estado en todas las plataformas, y por su sistema de scripts, que permite marcar\/decorar secciones de las estructuras que estamos viendo, bas\u00e1ndonos en sus propiedades. <a href=\"http:\/\/www.ks.uiuc.edu\/Research\/vmd\/\">VMD<\/a> es una herramienta principalmente usada en el \u00e1rea de din\u00e1mica molecular, que sigue estando muy mantenida (es capaz de aprovechar todos los procesadores\/cores del sistema, e incluso la tarjeta gr\u00e1fica). Adem\u00e1s de soportar muchos m\u00e1s formatos de fichero que Rasmol (<a href=\"http:\/\/www.ks.uiuc.edu\/Research\/vmd\/allversions\/what_is_vmd.html\">m\u00e1s de 60, por lo que he le\u00eddo en su web<\/a>), permite traducir entre ellos, viene con herramientas accesorias integradas (como un visor de alineamientos m\u00faltiples, por ejemplo) y que es capaz de interactuar con otras herramientas (como <a href=\"http:\/\/www.ks.uiuc.edu\/Research\/namd\/\">NAMD<\/a>, a la hora de lanzar simulaciones he ir viendo resultados intermedios).<br \/><!--more--><br \/>Existen otros programas para trabajar con estructuras 3D, como por ejemplo <a href=\"http:\/\/pymol.sourceforge.net\/\">Pymol<\/a>, <a href=\"http:\/\/www.ysbl.york.ac.uk\/%7Eemsley\/coot\/\">Coot<\/a> (usado principalmente por gente que trabaja en <a href=\"http:\/\/es.wikipedia.org\/wiki\/Difracci%C3%B3n_de_rayos_X\">cristalograf\u00eda de rayos X<\/a>, determinando estructuras), <a href=\"http:\/\/www.jmol.org\/\">Jmol<\/a> (hecho en Java, disponible tambi\u00e9n como <a href=\"http:\/\/es.wikipedia.org\/wiki\/Applet\">applet<\/a>, y compatible desde las versi\u00f3n 10 a nivel de scripts con Rasmol), <a href=\"http:\/\/hugin.ethz.ch\/wuthrich\/software\/molmol\/\">molmol<\/a> (tambi\u00e9n tuvo su peque\u00f1o momento de gloria), etc&#8230; Y entonces os preguntareis, \u00bfpor qu\u00e9 hay tantos programas que hacen lo mismo? Sencillamente, porque las caracter\u00edsticas que los diferencian est\u00e1n especializadas en distintas parcelas de la bioinform\u00e1tica y la cristalograf\u00eda de rayos X.<\/p>\n<p>Mejor que haya diversidad a que haya imposibilidad.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Hace unos d\u00edas, dej\u00f3 Catalina en una hebra no relacionada la siguiente pregunta: Como sabemos, existen diferentes programas para la visualizacionmolecular tales como el RASMOL y el VMD. Me gustar\u00eda saber en qu\u00e9 sediferencian, ya que por lo que he leido son muy parecidos. A nivel b\u00e1sico ambos programas se parecen, pero justo ah\u00ed divergen. Rasmol es una herramineta b\u00e1sica que apenas se mantiene hoy en d\u00eda, pero que ha dejado su huella en el mundo de la bioinform\u00e1tica por haber estado en todas las plataformas, y por su sistema de scripts, que permite marcar\/decorar secciones de las estructuras que\u2026<\/p>\n","protected":false},"author":25,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"ngg_post_thumbnail":0},"categories":[187],"tags":[],"blocksy_meta":{"styles_descriptor":{"styles":{"desktop":"","tablet":"","mobile":""},"google_fonts":[],"version":4}},"aioseo_notices":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/95848"}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/users\/25"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=95848"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/95848\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=95848"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=95848"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=95848"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}