{"id":96019,"date":"2008-07-03T09:26:00","date_gmt":"2008-07-03T09:26:00","guid":{"rendered":"http:\/\/weblogs.madrimasd.org\/\/bioinformatica\/archive\/2008\/07\/03\/96019.aspx"},"modified":"2008-07-03T09:26:00","modified_gmt":"2008-07-03T09:26:00","slug":"portabilidad-entre-el-antiguo-y-nuevo-formato-de-pdb","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/2008\/07\/03\/96019","title":{"rendered":"Portabilidad entre el antiguo y nuevo formato de PDB"},"content":{"rendered":"<p>Hace unos meses <A href=\"http:\/\/weblogs.madrimasd.org\/bioinformatica\/archive\/2007\/07\/30\/70885.aspx\">escrib\u00ed en una entrada de este blog<\/a> sobre la transici\u00f3n que en ese momento se produjo del antiguo formato de <a href=\"http:\/\/es.wikipedia.org\/wiki\/PDB\">PDB<\/a> al nuevo, con las ventajas y los consiguientes problemas que ello iba a acarrear. Ayer Guillermo Montoya me cont\u00f3 que justo ten\u00eda problemas para abrir PDBs en el formato nuevo con el programa <a href=\"http:\/\/www.ibpc.fr\/UPR9080\/Curindex.html\">Curves<\/a> (no s\u00e9 la versi\u00f3n que est\u00e1 usando), y que sirve para calcular una serie de par\u00e1metros sobre un DNA irregular (que no sigue de forma exacta la distribuci\u00f3n helicoidal) comparado con su disposici\u00f3n ideal. Ayer lo solucionamos usando ficheros del antiguo PDB (que obviamente estaban en formato antiguo), pero no es la mejor soluci\u00f3n porque s\u00f3lo vale para entradas que ya estaban del antiguo PDB.<a href=\"http:\/\/kinemage.biochem.duke.edu\/software\/remediator.php\"><br \/><\/a><\/p>\n<div align=\"center\"><a href=\"http:\/\/remediation.wwpdb.org\/downloads.html\"><img decoding=\"async\" src=\"http:\/\/kinemage.biochem.duke.edu\/images\/remediator_logo.jpg\"><\/a><\/div>\n<p>Hoy Gloria Fuentes nos ha contado a Guillermo y a m\u00ed que hay un programa que permite convertir los PDBs en formato antiguo al nuevo formato, y viceversa. El programa se llama <a href=\"http:\/\/kinemage.biochem.duke.edu\/software\/remediator.php\">Remediator<\/a>, est\u00e1 hecho el <a href=\"http:\/\/kinemage.biochem.duke.edu\/lab\/members.php\">laboratorio de los Richardson en la Universidad de Duke<\/a>, y est\u00e1 disponible tanto en <a href=\"http:\/\/www.perl.org\/\">Perl<\/a> como en <a href=\"http:\/\/www.python.org\/\">Python<\/a>. La principal diferencia entre las dos variantes de Remediator es el uso embebido o externo del <a href=\"http:\/\/tempuri.org\/tempuri.html\"><i>Chemical Component Library<\/i><\/a>, usado para aplicar las traducciones necesarias.<\/p>\n<p>Espero que os sirva de ayuda.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Hace unos meses escrib\u00ed en una entrada de este blog sobre la transici\u00f3n que en ese momento se produjo del antiguo formato de PDB al nuevo, con las ventajas y los consiguientes problemas que ello iba a acarrear. Ayer Guillermo Montoya me cont\u00f3 que justo ten\u00eda problemas para abrir PDBs en el formato nuevo con el programa Curves (no s\u00e9 la versi\u00f3n que est\u00e1 usando), y que sirve para calcular una serie de par\u00e1metros sobre un DNA irregular (que no sigue de forma exacta la distribuci\u00f3n helicoidal) comparado con su disposici\u00f3n ideal. Ayer lo solucionamos usando ficheros del antiguo PDB\u2026<\/p>\n","protected":false},"author":25,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"ngg_post_thumbnail":0},"categories":[187],"tags":[],"blocksy_meta":{"styles_descriptor":{"styles":{"desktop":"","tablet":"","mobile":""},"google_fonts":[],"version":4}},"aioseo_notices":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/96019"}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/users\/25"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=96019"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/96019\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=96019"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=96019"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=96019"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}