La variante Ómicron y otras variantes de coronavirus. ¿Qué es una variante y cuántas hay?
El 26 de noviembre, la Organización Mundial de la Salud nombró a la variante Omicron del coronavirus como una nueva variante preocupante. Hasta ahora se ha detectado en Sudáfrica y Botswana, así como en viajeros a Australia, Austria, Bélgica, Gran Bretaña, Canadá, República Checa, Dinamarca, Alemania, Israel, Italia, Holanda y Hong Kong.
Esta es la traducción (no literal) de un articulo de Jonathan Corum y Carl Zimmer (escritores sobre ciencia con varios libros muy recomendables), de recientemente publicado en el New York Times. Me parece una información clara y basada en hechos. Un excelente resumen de lo que se sabe de todas las variantes de este virus.
Fuente ilustración: Tracking Omicron and Other Coronavirus Variants. NYT.
La variante fue identificada en Sudáfrica el 25 de noviembre. Las pruebas preliminares sugieren que se ha estado extendiendo rápidamente en este y otros países cercanos y no tan cercanos, pero los investigadores aún tienen que determinar si realmente es más contagiosa que otras variantes.
Un número creciente de países está restringiendo los viajes desde Sudáfrica, Botswana y países cercanos.
MUTACIONES DE LA PROTEÍNA DE PICO DE LA NUEVA VARIANTE ÓMICRON
Ómicron presenta aproximadamente 50 mutaciones que no se habían visto anteriormente en el mismo virus, incluidas más de 30 mutaciones en la proteína de pico que es la que emplea el coronavirus para unirse a las células humanas.
Fuente ilustración: Tracking Ómicron and Other Coronavirus Variants. NYT.
La proteína de pico de Ómicron tiene varias mutaciones que se encuentran en otras variantes de interés y que se cree que hacen que el virus sea más infeccioso, incluidos D614G, N501Y y K417N.
Fuente ilustración: Tracking Ómicron and Other Coronavirus Variants. NYT.
Se necesita bastante más investigación para determinar si la “colección” de mutaciones de Ómicron le permitirá evadir la inmunidad de las vacunas que tenemos. Tampoco está claro aún si la enfermedad que causa es más o menos grave que otras variantes. El Dr Fauci declaró recientemente que como mínimo se necesitarían dos semanas para tener una evaluación más certera.
Olas de variantes
En el transcurso de la pandemia, han surgido muchas variantes del coronavirus SARS-CoV-2. Algunas variantes se han extendido por todo el mundo y han contribuido a prolongar la pandemia, mientras que otras se han desvanecido o han sido sustituidas por otras variantes.
Fuente ilustración: Tracking Ómicron and Other Coronavirus Variants. NYT.
Fuente: Covariants.org
Actualmente, la variante Delta es dominante en todo el mundo, pero los investigadores están siguiendo otras variantes preocupantes (VOC), incluida la variante Omicron recientemente anunciada.
Fuente ilustración: Tracking Ómicron and Other Coronavirus Variants. NYT.
¿Qué es una variante?
Cuando en una célula humana infectada se ensamblan nuevos coronavirus, pueden cometerse pequeños errores llamados mutaciones. Los científicos pueden rastrear mutaciones a medida que se transmiten a través de un linaje, una rama del árbol genealógico del coronavirus. Un grupo de coronavirus que comparten el mismo conjunto heredado de mutaciones distintivas se denomina variante.
Fuente ilustración: Tracking Ómicron and Other Coronavirus Variants. NYT.
Otras variantes de interés
Coronavirus que parecen ser más infecciosos o causar enfermedades más graves que otros coronavirus circulantes.
Delta: el linaje B.1.617.2
Delta es una variante muy infecciosa que surgió a fines de 2020 y rápidamente se convirtió en la variante más común en India. Continuó extendiéndose por todo el mundo y actualmente es la variante dominante.
MUTACIONES CLAVE
La variante surgió con más de una docena de mutaciones, pero inicialmente se denominó «mutante doble» debido a dos mutaciones prominentes: L452R y E484Q, que se encuentran en la misma ubicación que E484K, la mutación «Eek» (pronunciada Iiiik).
Fuente ilustración: Tracking Omicron and Other Coronavirus Variants. NYT.
A medida que la variante Delta continúa extendiéndose por todo el mundo, algunas versiones han desarrollado mutaciones adicionales en las proteínas de pico que se encuentran en otras variantes preocupantes. Estas variantes modificadas a veces se denominan Delta Plus.
Gamma: el linaje P.1
Gamma surgió a fines de 2020 en Manaos, la ciudad más grande de la región amazónica de Brasil. Rápidamente se convirtió en la variante predominante allí y en varias otras ciudades de América del Sur.
El linaje P.1 es un pariente cercano del linaje B.1.351 y tiene algunas de las mismas mutaciones en la proteína de pico de este coronavirus. Es posible que pueda superar la inmunidad desarrollada después de la infección por otras variantes.
Fuente ilustración: Tracking Omicron and Other Coronavirus Variants. NYT.
MUTACIONES CLAVE
Las mutaciones clave en la proteína de pico de la variante P.1 son similares a las del linaje B.1.351, aunque surgieron de forma independiente:
– N501Y, que ayuda a que el virus se adhiera con más fuerza a las células humanas. Esta mutación también aparece en los linajes B.1.1.7 y B.1.351.
– K417T, que es el mismo sitio que la mutación K417N en el linaje B.1.351. También puede ayudar a que el virus se adhiera con más fuerza.
– E484K, que puede ayudar al virus a evadir algunos tipos de anticuerpos.
Fuente ilustración: Tracking Omicron and Other Coronavirus Variants. NYT.
Beta: el linaje B.1.351
La variante nombrada Beta, del linaje de coronavirus B.1.351, se identificó por primera vez en Sudáfrica en diciembre.
Los ensayos clínicos de vacunas mostraron que ofrecen menos protección contra esta variante B.1.351 que frente a otras variantes. Es posible que las personas que se recuperen de otras variantes no puedan defenderse bien de B.1.351 porque sus anticuerpos no reconocen bien a estos virus
Fuente ilustración: Tracking Omicron and Other Coronavirus Variants. NYT.
MUTACIONES CLAVE
Las mutaciones cerca de la punta de la proteína de pico incluyen:
– N501Y, que ayuda a que el virus se adhiera con más fuerza a las células humanas. Esta mutación también aparece en los linajes B.1.1.7 y P.1.
– K417N, que también ayuda a que el virus se una más estrechamente a las células humanas.
– E484K, que puede ayudar al virus a evadir algunos tipos de anticuerpos.
Fuente ilustración: Tracking Omicron and Other Coronavirus Variants. NYT.
Alpha: el linaje B.1.1.7
Este grupo de coronavirus se detectó en Gran Bretaña, donde se denominó Variante de preocupación 202012/01. Más tarde la Organización Mundial de la Salud la nombró variante Alpha.
Se cree que los coronavirus del linaje B.1.1.7 son entre un 30 y un 50 por ciento más infecciosos que las variantes anteriores. También es probable que sean más letales, según estudios realizados en Gran Bretaña. Los ensayos clínicos sugieren que las vacunas aún son eficaces contra ella.
La variante se extendió rápidamente en otros países y se propagó a un ritmo exponencial. La variante Alpha parece ser más infecciosa que las variantes anteriores gracias a varias mutaciones en su proteína de pico que el coronavirus usa para unirse a las células.
Fuente ilustración: Tracking Omicron and Other Coronavirus Variants. NYT.
MUTACIONES CLAVE
Las mutaciones en la proteína de pico incluyen:
– N501Y, que ayuda a que el virus se adhiera con más fuerza a las células humanas. Pero no es probable que la mutación ayude al virus a evadir las vacunas actuales.
– P681H, que puede ayudar a las células infectadas a crear nuevas proteínas de pico de manera más eficiente.
– Las deleciones H69-V70 e Y144 / 145, que alteran la forma del pico y pueden ayudarlo a evadir algunos anticuerpos.
Fuente ilustración: Tracking Omicron and Other Coronavirus Variants. NYT.
Se necesitan tres proteínas para formar un pico, por lo que cada mutación aparece en tres lugares:
Fuente ilustración: Tracking Omicron and Other Coronavirus Variants. NYT.
Para obtener más información sobre las mutaciones de la B.1.1.7, puede consultar: Sobre la variante de coronavirus B.1.1.7.
Mutaciones preocupantes
Mutaciones únicas que pueden hacer que el coronavirus sea más infeccioso o ayudarlo a evitar los anticuerpos.
La mutación de la proteína de pico D614G
La mutación D614G surgió en el este de China a principios de la pandemia y luego se extendió rápidamente por todo el mundo, desplazando a otros coronavirus que no tenían la mutación.
Fuente ilustración: Tracking Omicron and Other Coronavirus Variants. NYT.
Se cree que la mutación D614G hace que el coronavirus sea más infeccioso, pero no parece agravar la enfermedad ni ayudar al virus a evadir la respuesta inmune desatada por las vacunas.
Fuente ilustración: Tracking Omicron and Other Coronavirus Variants. NYT.
D614G está tan extendida que se ha omitido en otros gráficos de esta página.
La mutación de la proteína de pico N501Y
La mutación N501Y surgió de forma independiente en varias variantes preocupantes, incluidas la Alpha, la Beta y la Gamma.
Fuente ilustración: Tracking Omicron and Other Coronavirus Variants. NYT.
La mutación está cerca de la punta de la proteína de pico de coronavirus, donde parece cambiar la forma de la proteína para que se ajuste mejor al receptor de las células humanas.
Fuente ilustración: Tracking Omicron and Other Coronavirus Variants. NYT.
La mutación de la proteína de pico E484K
La mutación E484K surgió de forma independiente en múltiples linajes, incluidos Beta y Gamma. La mutación es apodada «Eek» por algunos científicos.
Fuente ilustración: Tracking Omicron and Other Coronavirus Variants. NYT.
La mutación ocurre cerca de la parte superior de la proteína de pico del coronavirus, donde altera la forma de la proteína. Este cambio puede ayudar a que los picos evadan algunos anticuerpos contra el coronavirus, como ha demostrado al menos un ensayo.
Fuente ilustración: Tracking Omicron and Other Coronavirus Variants. NYT.
La mutación de la proteína de pico L452R
La mutación L452R aparece en varios linajes. Se observó por primera vez en Dinamarca en marzo de 2020 y luego se descubrió que se estaba propagando en California, especialmente en el área de Los Ángeles.
Fuente ilustración: Tracking Omicron and Other Coronavirus Variants. NYT.
Es posible que la mutación L452R confiera a la variante una ventaja para propagarse sobre variantes anteriores.
Fuente ilustración: Tracking Omicron and Other Coronavirus Variants. NYT.
La mutación de la proteína de pico K417
La mutación de pico K417N o K417T aparece en varios linajes, incluidos Beta y Gamma.
La mutación recibe su nombre del aminoácido número 417 en la proteína de pico que cambia de lisina (K) a asparagina (N) o treonina (T).
Fuente ilustración: Tracking Omicron and Other Coronavirus Variants. NYT.
La mutación aparece en la punta de la proteína de pico de coronavirus y puede ayudar a que el virus se una más estrechamente a las células humanas.
Fuente ilustración: Tracking Omicron and Other Coronavirus Variants. NYT.
Traducción libre de «Tracking Omicron and Other Coronavirus Variants By Jonathan Corum and Carl Zimmer» Updated Nov. 28, 2021 NYT.
Fuentes: Bedford Lab, University of Washington; Andrew Rambaut et al. and Nuno R. Faria et al., Virological; Houriiyah Tegally et al., medRxiv; Paul A. Offit et al., Journal of the American Medical Association; Centers for Disease Control and Prevention; GISAID; SARS-CoV-2 lineages. Spike protein model from Ward Lab, Scripps Research.
Additional reporting by Matthew Kristoffersen. Additional production by Matthew Bloch.