{"id":131777,"date":"2016-11-01T19:23:31","date_gmt":"2016-11-01T18:23:31","guid":{"rendered":"http:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/microbiologia\/?p=131777"},"modified":"2016-11-01T19:23:31","modified_gmt":"2016-11-01T18:23:31","slug":"el-microbioma-sano","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/microbiologia\/2016\/11\/01\/131777","title":{"rendered":"El microbioma sano"},"content":{"rendered":"<p>El microbioma est\u00e1 de moda. Durante los \u00faltimos a\u00f1os la investigaci\u00f3n acerca del microbioma, y sobre todo del microbioma humano y la enfermedad, se ha convertido en tema estrella, con multitud de proyectos financiados, art\u00edculos publicados e incluso ha aparecido ya alguna revista especializada. Y por supuesto hay tambi\u00e9n gur\u00fas del microbioma, dietas para restablecer el microbioma, etc.<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<figure id=\"attachment_131790\" aria-describedby=\"caption-attachment-131790\" style=\"width: 491px\" class=\"wp-caption alignnone\"><a href=\"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/microbiologia\/files\/2016\/11\/13073_2016_307_Fig1_HTML2.gif\"><img decoding=\"async\" class=\" wp-image-131790  \" title=\"El microbioma humano\" src=\"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/microbiologia\/files\/2016\/11\/13073_2016_307_Fig1_HTML2.gif\" alt=\"\" width=\"491\" height=\"361\" srcset=\"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/microbiologia\/files\/2016\/11\/13073_2016_307_Fig1_HTML2.gif 778w, https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/microbiologia\/files\/2016\/11\/13073_2016_307_Fig1_HTML2-300x220.gif 300w\" sizes=\"(max-width: 491px) 100vw, 491px\" \/><\/a><figcaption id=\"caption-attachment-131790\" class=\"wp-caption-text\">El microbioma humano definido seg\u00fan su composici\u00f3n, su funci\u00f3n, su ecolog\u00eda o su din\u00e1mica. De <a href=\"https:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/pmc\/articles\/PMC4848870\/figure\/Fig1\/\">Lloyd-Price et al.<\/a>, 2016. Reproducido con licencia Creative Commons (https:\/\/creativecommons.org\/licenses\/by\/4.0\/).<\/figcaption><\/figure>\n<p><!--more--><\/p>\n<p>Empecemos por aclarar la terminolog\u00eda, que es algo confusa: <strong>la microbiota<\/strong> (tambi\u00e9n conocida como <strong>flora microbiana<\/strong>) es la <strong>comunidad de microorganismos<\/strong> que habita un nicho ecol\u00f3gico, y <strong>el microbioma<\/strong> es el <strong>conjunto de genes \u00f3 genomas de la microbiota<\/strong>. Sin embargo, cada vez es m\u00e1s frecuente ver el uso del t\u00e9rmino microbioma como sin\u00f3nimo de microbiota. La raz\u00f3n es que con el desarrollo de los m\u00e9todos de secuenciaci\u00f3n de ADN de \u00faltima generaci\u00f3n (secuenciaci\u00f3n masiva \u00f3 NGS) la microbiota de un nicho se define a partir del microbioma. Y mientras que identificar los microorganismos que conforman una microbiota cualquiera con m\u00e9todos microbiol\u00f3gicos cl\u00e1sicos puede ser tremendamente laborioso, y a veces imposible, identificarlos secuenciando el ADN obtenido de una muestra resulta comparativamente f\u00e1cil, independientemente de la complejidad de la muestra, de su origen, o de requerimientos nutricionales o condiciones de cultivo espec\u00edficas. Incluso, si uno no dispone de equipamiento propio, o de formaci\u00f3n o de tiempo, puede utilizar los servicios de empresas o unidades centralizadas tanto para la secuenciaci\u00f3n como para el an\u00e1lisis de las secuencias.<\/p>\n<p>Se ha abierto as\u00ed una l\u00ednea metodol\u00f3gica muy potente que permite abordar cuestiones intratables hasta ahora. En el \u00e1mbito de la medicina, la mayor\u00eda de los estudios se orientan a averiguar si existe alguna relaci\u00f3n entre una determinada enfermedad o condici\u00f3n y la microbiota del intestino, o de la piel, o de la boca. Para ello, y expuesto de manera simplificada, se toman muestras de individuos que padecen la enfermedad y de individuos que no la padecen, se obtienen los microbiomas mediante secuenciaci\u00f3n, y se comparan los dos grupos. Las diferencias, si las hay, pueden indicar que existe alguna relaci\u00f3n, no necesariamente causal, entre la enfermedad en cuesti\u00f3n y <strong>una alteraci\u00f3n del microbioma, \u00f3 disbiosis.<\/strong><\/p>\n<p>Pero el microbioma humano es tremendamente complejo, con decenas a centenares de especies, seg\u00fan el lugar, y distribuidas en un rango de frecuencias muy amplio. Para facilitar el an\u00e1lisis se reducen los datos a \u00edndices de diversidad de especies, o de uniformidad, presencia o ausencia de especies o grupos, o frecuencias relativas de algunos taxones. En realidad se desconoce cu\u00e1les son los par\u00e1metros relevantes, y si antes la limitaci\u00f3n era la dificultad en la obtenci\u00f3n de los datos, ahora se ha trasladado a la interpretaci\u00f3n de los datos.<\/p>\n<p>Veamos, por ejemplo, la relaci\u00f3n entre el microbioma intestinal y la obesidad. Hace diez a\u00f1os <a href=\"http:\/\/www.nature.com\/nature\/journal\/v444\/n7122\/abs\/nature05414.html\">un grupo de la Universidad de Washington<\/a> public\u00f3 varios estudios en los que se comparaba el microbioma intestinal entre individuos obesos y delgados y se observaban algunas diferencias en el nivel de diversidad (n\u00famero total de especies) entre ambos grupos. Estos estudios se complementaban astutamente con experimentos en ratones gen\u00e9ticamente obesos que mostraban ciertas diferencias entre los ratones obesos y los no obesos, y se propon\u00eda que la microbiota de los individuos obesos era m\u00e1s eficiente extrayendo energ\u00eda de la dieta y as\u00ed contribu\u00eda al desarrollo de la obesidad. Desde entonces se han publicado muchos estudios en esta l\u00ednea, incluyendo algunos re-an\u00e1lisis que ponen en duda las conclusiones de los trabajos originales. Recientemente, <a href=\"http:\/\/mbio.asm.org\/content\/7\/4\/e01018-16.long\">dos investigadores de la Universidad de Michigan<\/a> han realizado un meta-an\u00e1lisis de diez de estos estudios, observando que, aunque s\u00ed parece haber una relaci\u00f3n entre diversidad de especies y obesidad, la diferencia es muy peque\u00f1a y ninguno de los estudios por separado ten\u00eda potencia estad\u00edstica para detectarla. Esto no quiere decir que no exista relaci\u00f3n entre el microbioma intestinal humano y la obesidad, pero s\u00ed quiere decir que no se ha demostrado que exista esa relaci\u00f3n, y que no va a ser f\u00e1cil demostrarla (a pesar de las dietas <em>cient\u00edficamente probadas<\/em> para restablecer el peso, la salud, o lo que corresponda a trav\u00e9s del microbioma). Adem\u00e1s de complejo, el microbioma es muy variable, var\u00eda entre individuos, y var\u00eda a lo largo del tiempo para cada individuo, y es muy dif\u00edcil definir cu\u00e1l es el \u201c<a href=\"http:\/\/genomemedicine.biomedcentral.com\/articles\/10.1186\/s13073-016-0307-y\">microbioma sano<\/a>\u201d con el que comparar los datos. La investigaci\u00f3n avanza a un ritmo acelerado, a los grandes proyectos para definir el microbioma humano (<a href=\"http:\/\/hmpdacc.org\/\">HMP<\/a> y <a href=\"http:\/\/www.metahit.eu\/\">MetaHIT<\/a>) se est\u00e1n sumando multitud de estudios m\u00e1s modestos y lo que m\u00e1s se necesita ahora son herramientas para gestionar e interpretar esa enorme masa de datos.<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p><strong><span style=\"color: #993300;\">REFERENCIAS:<\/span><\/strong><\/p>\n<p>Turnbaugh PJ, Ley RE, Mahowald MA, Magrini V, Mardis ER, Gordon JI. An obesity-associated gut microbiome with increased capacity for energy harvest. <a href=\"http:\/\/www.nature.com\/nature\/journal\/v444\/n7122\/abs\/nature05414.html\">Nature. 2006 Dec 21;444(7122):1027-31.<\/a><\/p>\n<p>Sze MA, Schloss PD. Looking for a Signal in the Noise: Revisiting Obesity and the Microbiome. <a href=\"http:\/\/mbio.asm.org\/content\/7\/4\/e01018-16\">MBio. 2016 Aug 23;7(4). pii: e01018-16.<\/a><\/p>\n<p>Lloyd-Price J, Abu-Ali G, Huttenhower C. The healthy human microbiome. <a href=\"https:\/\/genomemedicine.biomedcentral.com\/articles\/10.1186\/s13073-016-0307-y\">Genome Med. 2016 Apr 27;8(1):51.<\/a><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>El microbioma est\u00e1 de moda. Durante los \u00faltimos a\u00f1os la investigaci\u00f3n acerca del microbioma, y sobre todo del microbioma humano y la enfermedad, se ha convertido en tema estrella, con multitud de proyectos financiados, art\u00edculos publicados e incluso ha aparecido ya alguna revista especializada. 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