{"id":132437,"date":"2019-10-06T10:27:19","date_gmt":"2019-10-06T09:27:19","guid":{"rendered":"http:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/microbiologia\/?p=132437"},"modified":"2019-12-18T08:04:49","modified_gmt":"2019-12-18T07:04:49","slug":"microbiomas-extraordinarios","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/microbiologia\/2019\/10\/06\/132437","title":{"rendered":"Microbiomas extraordinarios"},"content":{"rendered":"

Recientemente se han publicado un par de trabajos (de Goffau et al.,<\/a> Rehbinder et al<\/a>.) que muestran que durante una gestaci\u00f3n normal la placenta humana no contiene microbioma\u2026\u00bf\u2026? A primera vista, resulta un poco extra\u00f1o ver semejantes obviedades en revistas de alto nivel, al fin y al cabo eso es lo que todos sab\u00edamos o cre\u00edamos saber: en condiciones normales la placenta y el l\u00edquido amni\u00f3tico crean un entorno microbiol\u00f3gicamente est\u00e9ril<\/strong> que protege al embri\u00f3n en desarrollo, y s\u00f3lo despu\u00e9s del nacimiento (o durante el parto) el beb\u00e9 entra en contacto con los microorganismos. Sin embargo durante los \u00faltimos a\u00f1os diversos grupos, utilizando m\u00e9todos de secuenciaci\u00f3n masiva, han descrito microbiomas en la placenta, en el l\u00edquido amni\u00f3tico, e incluso microbiomas intestinales fetales.<\/p>\n

L\u00f3gicamente esto ha generado bastante controversia (Segata<\/a>, Wylliard<\/a>). Derribar dogmas est\u00e1 muy bien y es muy sano, sin embargo, como dec\u00eda Carl Sagan (aunque el argumento se remonta a Hume<\/a>) \u201cAfirmaciones extraordinarias requieren pruebas extraordinarias<\/em>\u201d. Decir que existe una microbiota en la placenta gestante sana (sin infecci\u00f3n) y que la colonizaci\u00f3n microbiana empieza en el \u00fatero materno no es trivial, es una afirmaci\u00f3n extraordinaria, algo que supuestamente habr\u00eda\u00a0pasado inadvertido a generaciones de microbi\u00f3logos.<\/strong><\/p>\n

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Fuente: Serie Cosmos, episodio \u00abEnciclopedia Gal\u00e1ctica\u00bb. Aunque es frecuente traducir \u00abevidences<\/em>\u00bb como evidencias, lo correcto ser\u00eda \u00abAfirmaciones extraordinarias requieren siempre pruebas extraordinarias\u00bb (https:\/\/www.fundeu.es\/recomendacion\/evidencia-prueba<\/a>).
Fuente de la imagen: akifrases.com<\/figcaption><\/figure>\n

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\u00bfSon extraordinarias las pruebas que aportan los trabajos mencionados? La verdad es que no, de hecho son bastante d\u00e9biles. Todos estos trabajos se basan en m\u00e9todos que incluyen alg\u00fan paso de amplificaci\u00f3n de ADN y que son susceptibles a generar artefactos cuando se aplican a muestras de nula o baja carga microbiana (aqu\u00ed<\/a>\u00a0una excelente y amena explicaci\u00f3n de\u00a0microBIO<\/a>). Algunos estudios han intentado profundizar un poco m\u00e1s y muestran datos de cultivos microbiol\u00f3gicos o microscop\u00eda de fluorescencia, aunque, a mi juicio, no son lo suficientemente convincentes.<\/p>\n

Estos microbiomas no son los \u00fanicos extraordinarios. De manera similar se han publicado varios trabajos, que no voy a citar, y que con la misma metodolog\u00eda, describen el microbioma de la sangre en ausencia de infecci\u00f3n<\/strong>\u2026 \u00a1\u00a1Y desde los tiempos de Pasteur y Koch ning\u00fan microbi\u00f3logo se hab\u00eda dado cuenta!! De nuevo, \u00e9sta es una afirmaci\u00f3n extraordinaria (inveros\u00edmil en realidad)<\/strong>, que pide a gritos pruebas extraordinarias<\/strong>, que los autores no aportan.<\/p>\n

El an\u00e1lisis del microbioma mediante secuenciaci\u00f3n masiva tiene riesgos. Hay programas y paquetes inform\u00e1ticos que generan informes extensos con gr\u00e1ficos muy atractivos, pero los resultados hay que interpretarlos en su contexto biol\u00f3gico o cl\u00ednico, y experimental. Si las muestras tienen una carga microbiana baja o nula es dif\u00edcil discriminar las secuencias procedentes de la muestra de aquellas procedentes de los reactivos o del entorno. En muestras con carga alta los problemas son otros, pero tambi\u00e9n los hay (aqu\u00ed<\/a> una parodia fant\u00e1stica).<\/p>\n

Todo esto no es necesariamente malo, conforme vaya madurando la metodolog\u00eda y avanzando el conocimiento se ir\u00e1n aclarando las cosas, incluso se puede argumentar que es parte del proceso cient\u00edfico (La ciencia no es perfecta, con frecuencia se utiliza mal, no es m\u00e1s que una herramienta, pero es la mejor herramienta que tenemos<\/em>, otra interesante cita de Carl Sagan<\/a>). Pero deber\u00edamos reflexionar sobre el proceso de publicaci\u00f3n en ciencia. Sorprende la poca autocr\u00edtica y la alegr\u00eda con la que los autores de estos trabajos hacen afirmaciones extraordinarias, y no es cuesti\u00f3n de matar al mensajero, pero sorprende a\u00fan m\u00e1s que hayan pasado el filtro de la revisi\u00f3n por pares sin que se les pidan las correspondientes pruebas extraordinarias. \u00bfC\u00f3mo es posible leer estos trabajos y darlos por v\u00e1lidos sin m\u00e1s? La presi\u00f3n por publicar, la proliferaci\u00f3n de revistas, el sistema publicaci\u00f3n en acceso abierto (open access<\/em>) pagado por los autores,\u00a0el auge de las revistas depredadoras<\/a>\u2026podr\u00edan ser algunas de las razones que nos est\u00e9n llevando a relajar los est\u00e1ndares de publicaci\u00f3n. Tal vez habr\u00e1 que inventar un nuevo \u00edndice bibliom\u00e9trico<\/strong> para valorar lo que se publica: el \u00edndice de credibilidad\u00a0<\/strong>de las revistas.<\/p>\n

REFERENCIAS<\/strong><\/span><\/p>\n

de Goffau MC, Lager S, Sovio U, Gaccioli F, Cook E, Peacock SJ, Parkhill J, Charnock-Jones DS, Smith GCS. Nature. 2019 Aug;572(7769):329-334. doi: 10.1038\/s41586-019-1451-5<\/a>.<\/p>\n

Rehbinder EM, L\u00f8drup Carlsen KC, Staff AC, Angell IL, Landr\u00f8 L, Hilde K, Gaustad P, Rudi K. Am J Obstet Gynecol. 2018 Sep;219(3):289.e1-289.e12. doi: 10.1016\/j.ajog.2018.05.028<\/a>.<\/p>\n

Segata N. Nature. 2019 Aug;572(7769):317-318. doi: 10.1038\/d41586-019-02262-8<\/a><\/p>\n

Willyard C. Nature. 2018 Jan 18;553(7688):264-266. doi: 10.1038\/d41586-018-00664-8<\/a><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Recientemente se han publicado un par de trabajos (de Goffau et al., Rehbinder et al.) que muestran que durante una gestaci\u00f3n normal la placenta humana no contiene microbioma\u2026\u00bf\u2026? A primera vista, resulta un poco extra\u00f1o ver semejantes obviedades en revistas de alto nivel, al fin y al cabo eso es lo que todos sab\u00edamos o cre\u00edamos saber: en condiciones normales la placenta y el l\u00edquido amni\u00f3tico crean un entorno microbiol\u00f3gicamente est\u00e9ril que protege al embri\u00f3n en desarrollo, y s\u00f3lo despu\u00e9s del nacimiento (o durante el parto) el beb\u00e9 entra en contacto con los microorganismos. Sin embargo durante los \u00faltimos a\u00f1os\u2026<\/p>\n","protected":false},"author":206,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"ngg_post_thumbnail":0},"categories":[4807,35309,35307],"tags":[862,853,486,46178],"blocksy_meta":{"styles_descriptor":{"styles":{"desktop":"","tablet":"","mobile":""},"google_fonts":[],"version":4}},"aioseo_notices":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/microbiologia\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/132437"}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/microbiologia\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/microbiologia\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/microbiologia\/wp-json\/wp\/v2\/users\/206"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/microbiologia\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=132437"}],"version-history":[{"count":31,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/microbiologia\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/132437\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":132468,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/microbiologia\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/132437\/revisions\/132468"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/microbiologia\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=132437"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/microbiologia\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=132437"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/microbiologia\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=132437"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}