{"id":136852,"date":"2010-10-19T17:52:31","date_gmt":"2010-10-19T16:52:31","guid":{"rendered":"http:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/universo\/?p=136852"},"modified":"2010-10-19T17:52:31","modified_gmt":"2010-10-19T16:52:31","slug":"mineria-genomica-microorganismos-del-suelo-y-antibioticos","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/universo\/2010\/10\/19\/136852","title":{"rendered":"Miner\u00eda Gen\u00f3mica, Microorganismos del Suelo y Antibi\u00f3ticos"},"content":{"rendered":"

Realmente cuando uno analiza las noticias de la prensa se desespera. No puedes creerte nada si no eres experto en el tema. Una de dos, o la mayor parte de los investigadores mienten con vistas a darse una importancia de la que carecen (algo que le puede suceder a algunos, pero no a tantos) o los periodistas (\u2026). No volver\u00e9 a empezar, por cuanto estoy harto. El d\u00eda tres comenz\u00f3 a circular el resultado de un estudio que llamaba la atenci\u00f3n sobre una nueva subdisciplina denominada miner\u00eda gen\u00f3mica<\/strong> <\/span>y un interesant\u00edsimo descubrimiento al aplicarse aquella al estudio de una bacteria del suelo denominada<\/span><\/strong> \u201cStreptomyces coelicolor<\/span><\/strong><\/em>\u201d. Me han bastado 45 minutos para comprobar que una buena parte de los asertos resultan ser falsos y\/o confundentes, aunque no lo sean los de la investigaci\u00f3n en si misma. Realmente, los microorganismos del suelo guardan un enorme arsenal de antibi\u00f3ticos y otros f\u00e1rmacos, descubiertos, o a la espera de serlo<\/span><\/strong>. Utilizando el procedimiento mencionado, la autora del art\u00edculo ha descubierto un nuevo antibi\u00f3tico<\/span><\/strong>. Ahora bien ni la t\u00e9cnica, ni como tampoco el tipo de resultados son nuevos<\/span><\/strong>. Del mismo modo el microorganismo dista mucho de ser singular, ya que es de esos que sirven de \u201cconejillo de indias\u201d, es decir de amplio uso en laboratorios, por su facilidad de cultivo, propiedades y conocerse su genoma completo. F\u00edjense en el contenido de la noticia escrita por el periodista y comparen con lo que nosotros hemos encontrado en Internet en tan solo una hora, o menos.\u00a0<\/p>\n

\"streptomyces-coelicolor-fuente-universidad-de-uppsala\"\u00a0\u00a0<\/p>\n

Streptomyces coelicolor. Fuente Small Things Considered. Foto en falso color realizada en la Universidad de Uppsala<\/a><\/p>\n

\u00a0<\/p>\n

La Miner\u00eda gen\u00f3mica<\/a>, que hace uso de t\u00e9cnicas bioinform\u00e1ticas y \u00bfminer\u00eda de datos? en los an\u00e1lisis geon\u00f3micos. Pero inducimos en que tampoco resulta ser exactamente una t\u00e9cnica nueva<\/a>, por cuanto tras una breve inmersi\u00f3n en la red, como m\u00ednimo parece que su aplicaci\u00f3n se retrotrae<\/span> m\u00e1s o menos unos<\/span><\/strong> <\/span>diez a\u00f1os<\/a>. Y curiosamente ese noticia (pinchar en el enlace) tambi\u00e9n versaba sobre el mismo microorganismo del suelo \u201cStreptomyces coelicolor<\/a><\/em>\u201d, <\/strong>cuyo genoma completo fue secuenciado en 2002 (aglo que si se comenta). Se trata de una bacteria que se utiliza ampliamente en estudios de laboratorio, por razones pr\u00e1cticas, que son descritas en el \u00faltimo enlace. \u00bfY quien es<\/span> <\/strong>Streptomyces coelicolor<\/a><\/em>?, <\/em>Pues resulta que todos ustedes la han olido<\/span><\/strong>, aunque posiblemente no visionado. Ya hablamos de este bichito filamentoso en nuestro post que versaba sobre el origen del olor del suelo h\u00famedo<\/a>. Lo que realmente aporta la miner\u00eda consiste en<\/span><\/strong> la detecci\u00f3n de metabolitos que no suelen estar presentes en las bacterias u hongos, por cuanto los genes que los producen suelen encontrarse inactivos. Eso si, revisaremos el arsenal (tesoro oculto) de potenciales f\u00e1rmacos que atesora tan solo esta \u201cespecie\u201d del suelo que pisamos cotidianamente, aunque existen miles de ellas m\u00e1s que se encuentran a la espera de ser analizadas.<\/p>\n

\u00a0\u00a0El Blog 365 especies.com<\/a> nos aclara quien es nuestro protagonista en pocas l\u00edneas:<\/p>\n

\u00a0\u201cStreptomyces coelicolor es el nombre cient\u00edfico de una bacteria inofensiva y filamentosa responsable del agradable olor a tierra mojada que podemos percibir tras la lluvia. Este microbio, productor de esporas, se encuentra en la mayor\u00eda de los suelos y genera una sustancia llamada geosmina, palabra de origen griego que significa \u201caroma de la tierra<\/span>\u201d<\/strong>. Aunque este olor puede resultar anecd\u00f3tico para nosotros, para los camellos puede marcar la diferencia entre la vida y la muerte. Y es que los cient\u00edficos sospechan que esta mol\u00e9cula es detectada por los receptores olfativos de los animales en el desierto, actuando como se\u00f1al de que la preciada agua est\u00e1 cerca. De ser as\u00ed explicar\u00eda por qu\u00e9 los camellos del desierto del Gobi son capaces de encontrar agua a m\u00e1s de 80 kil\u00f3metros de distancia<\/span><\/strong>. El genoma de Streptomyces coelicolor, que tambi\u00e9n sintetiza algunos antibi\u00f3ticos naturales, fue secuenciado en 2001 y sus casi 8.000 genes fueron publicados en la revista Nature\u201d.<\/em><\/p>\n

\u00a0Ya hemos hablado que el suelo atesora \u201cmil y un compuestos\u201d (mejor divho millones) de gran inter\u00e9s para la salud humana, como tambi\u00e9n que las actividades humanas<\/span><\/strong> (trang\u00e9nicos, aplicaci\u00f3n de compostajes cargados de f\u00e1rmacos, etc.) lo est\u00e1n convirtiendo en un reactor de nuevas cepas patog\u00e9nicas que ponen en riesgo nuestra salud<\/span><\/strong>. Empero si su<\/strong> <\/span>bioprospecci\u00f3n<\/a> resulta imprescindible<\/span><\/strong>, son nuestras perversas travesuras las que lo pueden convertir en un \u201cpeligroso\u201d. Hablamos de la famosa guerra armament\u00edstica<\/a> entre el ser humano y estas criaturas canijas.<\/p>\n

\u00a0Del g\u00e9nero estreptomices se han obtenido numerosos antibi\u00f3ticos (bactericidas y fungicidas) como otros productos de inter\u00e9s farmacol\u00f3gico<\/span><\/strong> (por ejemplo, inmunodepresores). Ya en la Wikipedia espa\u00f1ola se nos habla de los siguientes:<\/p>\n

\u00a0Antibi\u00f3ticos antif\u00fangicos: Nistatina<\/a> (S. noursei<\/em>); Anfotericina B<\/a> (S. nodosus<\/em>); Pimaricina<\/a> (S. natalensis<\/em>)<\/p>\n

\u00a0Antibi\u00f3ticos antibacterianos: Eritromicina<\/a> (S. erythreus<\/em>); Espiramicina<\/a> (<\/em>S. ambofaciens<\/em><\/a>); Neomicina<\/a> (S. fradiae<\/em>); Estreptomicina<\/a> (S. griseus<\/em>); Tetraciclina<\/a> (S. rimosus<\/em>); Vancomicina<\/a> (S. orientalis<\/em>); Rifamicina<\/a> (S. mediterranei<\/em>); Cloranfenicol<\/a> (S. venezuelae<\/em>); Daptomicina<\/a> (S. roseosporus<\/em>)<\/p>\n

\u00a0Inmunosupresores: Tacrolimus<\/a> (S. tsukubaensis<\/em><\/a>); Sirolimus<\/a> (S. hygroscopicus<\/em>)<\/p>\n

\u00a0El que se nos informe de que se trata de \u201cla primera vez que se usa la miner\u00eda gen\u00f3mica para hallar un nuevo antibi\u00f3tico en ‘Streptomyces’, un g\u00e9nero de bacterias responsable de la producci\u00f3n de un gran n\u00famero de antibi\u00f3ticos de uso com\u00fan<\/em><\/strong><\/span>\u201d, era de esperar, debido a que son precisamente estos conejillos de indias en donde se han descubierto muchos antibi\u00f3ticos producidos por sus genomas, aunque fuera por m\u00e9todos menos \u201cnovedosos\u201d. Y fin de la historia a la que los medios de comunicaci\u00f3n la han dado tanta \u201cfanfarria\u201d.<\/span><\/strong> Veamos ya como se distorsiona la informaci\u00f3n que se ofrece al ciudadano.<\/p>\n

\u00a0Juan Jos\u00e9 Ib\u00e1\u00f1ez<\/span><\/strong><\/p>\n

\u00a0<\/strong>\u00a0<\/p>\n

Un tesoro de nuevos medicamentos oculto en los genes de los microbios<\/a><\/h3>\n

\u00a0La facilidad con que hoy en d\u00eda es posible secuenciar el ADN<\/strong> de microorganismos ha dado lugar a una nueva t\u00e9cnica para descubrir antibi\u00f3ticos<\/strong>: la ‘miner\u00eda gen\u00f3mica<\/strong>‘. Se trata de escarbar en la informaci\u00f3n gen\u00e9tica de las bacterias, en busca de compuestos que ellas produzcan de forma natural con el fin de<\/strong> atacar, defenderse o comunicarse con otros seres de su entorno microsc\u00f3pico, pero que podr\u00edan convertirse en medicinas \u00fatiles para nosotros.<\/p>\n

\u00a0FUENTE | El Mundo Digital<\/a>\u00b809\/08\/2010<\/p>\n

\u00a0Con este m\u00e9todo, un equipo de investigadores de la Universidad de Groninga<\/a> (Pa\u00edses Bajos) acaba de hallar un nuevo antibi\u00f3tico eficaz contra varias bacterias<\/strong>, incluida la ‘Escherichia colli’, causante de infecciones g\u00e1stricas<\/strong>, urinarias y otras<\/strong>. El microorganismo que ha producido el compuesto, denominado ‘Streptomyces coelicolor’, es una bacteria com\u00fan del suelo cuyo genoma se secuenci\u00f3 en el a\u00f1o 2002<\/strong> y que es conocida por la variedad de antibi\u00f3ticos que genera, aunque \u00e9sta es la primera vez que se descubre uno mediante miner\u00eda gen\u00f3mica<\/span><\/strong>.<\/p>\n

En su estado normal, la ‘S. coelicolor’ no produce el compuesto<\/strong> reci\u00e9n descubierto. Pero, analizando su genoma, los investigadores descubrieron un grupo de genes inactivos, que fueron capaces de despertar mediante la supresi\u00f3n de una mol\u00e9cula que los inmovilizaba<\/strong>. Tras esta modificaci\u00f3n, el microorganismo comenz\u00f3 a segregar el nuevo antibi\u00f3tico<\/strong>, junto a una extra\u00f1a sustancia de color amarillo.<\/p>\n

El trabajo, dirigido por la investigadora Eriko Takano y publicado en la revista ‘Microbiology’<\/a>, representa la primera vez que se usa la miner\u00eda gen\u00f3mica para hallar un nuevo antibi\u00f3tico en ‘Streptomyces’, un g\u00e9nero de bacterias responsable de la producci\u00f3n de un gran n\u00famero de antibi\u00f3ticos de uso com\u00fan<\/span><\/strong>, como la estreptomicina o la eritromicina. Pero los nuevos compuestos ocultos en su genoma podr\u00edan ser \u00fatiles para tratar enfermedades que han adquirido resistencia a los tratamientos habituales<\/span><\/strong>.<\/p>\n

UN PASO POR DELANTE<\/strong><\/p>\n

\u00abEl uso de antibi\u00f3ticos es una continua carrera armament\u00edstica<\/span><\/strong>\u00ab, se\u00f1ala Takano a ELMUNDO.es. \u00abTan pronto como un nuevo antibi\u00f3tico se usa ampliamente, emergen r\u00e1pidamente resistencias. Necesitamos ir siempre un paso por delante<\/span><\/strong> en nuestra habilidad para matar bacterias pat\u00f3genas\u00bb.<\/p>\n

En todo caso, esta investigadora asegura que el potencial de los nuevos compuestos descubiertos mediante ‘miner\u00eda gen\u00f3mica’ es mucho m\u00e1s amplio, y abarca desde infecciones parasitarias<\/strong> como la malaria al tratamiento de enfermedades como la tuberculosis<\/strong>, \u00abque otra vez se est\u00e1 extendiendo por todo el mundo\u00bb. De hecho, el m\u00e9todo para ‘despertar’ grupos de genes<\/strong> y, con ellos, los mecanismos para producir medicamentos, podr\u00eda usarse con otras clases de microorganismos, como los hongos<\/strong>, y conducir al desarrollo de antitumorales u otros compuestos terap\u00e9uticos<\/strong>.<\/p>\n

\u00abHay varios miles de grupos de genes sin caracterizar que han sido recientemente descubiertos en secuencias gen\u00f3micas. Esto abre el potencial para un nuevo tesoro de medicamentos<\/strong>\u00ab, comenta Takano.<\/p>\n

Autor: \u00a0 \u00c1ngel D\u00edaz<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Realmente cuando uno analiza las noticias de la prensa se desespera. No puedes creerte nada si no eres experto en el tema. Una de dos, o la mayor parte de los investigadores mienten con vistas a darse una importancia de la que carecen (algo que le puede suceder a algunos, pero no a tantos) o los periodistas (\u2026). No volver\u00e9 a empezar, por cuanto estoy harto. El d\u00eda tres comenz\u00f3 a circular el resultado de un estudio que llamaba la atenci\u00f3n sobre una nueva subdisciplina denominada miner\u00eda gen\u00f3mica y un interesant\u00edsimo descubrimiento al aplicarse aquella al estudio de una bacteria\u2026<\/p>\n","protected":false},"author":26,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"ngg_post_thumbnail":0},"categories":[596,587,592,615,606],"tags":[2155,2156,46860],"blocksy_meta":{"styles_descriptor":{"styles":{"desktop":"","tablet":"","mobile":""},"google_fonts":[],"version":4}},"aioseo_notices":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/universo\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/136852"}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/universo\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/universo\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/universo\/wp-json\/wp\/v2\/users\/26"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/universo\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=136852"}],"version-history":[{"count":8,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/universo\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/136852\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":137307,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/universo\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/136852\/revisions\/137307"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/universo\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=136852"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/universo\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=136852"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/universo\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=136852"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}