{"id":141134,"date":"2012-08-13T12:55:33","date_gmt":"2012-08-13T11:55:33","guid":{"rendered":"http:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/universo\/?p=141134"},"modified":"2012-08-13T12:55:33","modified_gmt":"2012-08-13T11:55:33","slug":"la-biodiversidad-del-suelo-y-su-subestimacion-por-la-ciencia-contemporanea-evidencias","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/universo\/2012\/08\/13\/141134","title":{"rendered":"La Biodiversidad Del Suelo y su Subestimaci\u00f3n por la Ciencia Contempor\u00e1nea (Evidencias)"},"content":{"rendered":"

Ya os hemos comentado en varios de los post almacenados en nuestra categor\u00eda \u00abBiolog\u00eda y Ecolog\u00eda del Suelo\u00bb<\/a>, que la biodiversidad que atesora el medio ed\u00e1fico se encuentra enormemente subestimada por diversas razones<\/strong><\/span>. Si hablamos de la fauna, por ejemplo, os mostramos como cuatro m\u00e9todos de extracci\u00f3n de nematodos ofrecen otras tantas im\u00e1genes francamente distintas de las estructuras de las nematocenosis<\/strong><\/span>. Del mismo modo, los microbi\u00f3logos reconocen desde hace d\u00e9cadas que muchas \u201cespecies\u201d microbianas no se desarrollan en los cultivos de laboratorio. La nota de prensa y el art\u00edculo<\/strong> <\/span>(revista PLoS One<\/a>) que analizaremos hoy, dan cuenta de ello. Si es as\u00ed, \u00bfQu\u00e9 novedad ofrecen?<\/strong><\/span> Los Tax\u00f3nomos en el \u00e1mbito de la microbiolog\u00eda llevan utilizando desde hace mucho tiempo la t\u00e9cnica conocida como<\/strong> <\/span>PCR<\/a> (an\u00e1lisis del ADN mitocondrial) con vistas a hacerse \u201cuna idea aproximada\u201d de tal diversidad. Sin embargo, el estudio comentado demuestra\u00a0la mentada\u00a0subestimaci\u00f3n (de ser corroborada), pero al mismo tiempo aporta algo m\u00e1s concreto y preciso. Las especies no detectadas resultan ser las menos abundantes<\/strong> <\/span>en n\u00famero o biomasa, es decir las que pertenecen al margen derecho de la\u00a0<\/strong>\u00a0<\/span>Curva de Willis<\/a>, ubicua a todos los inventarios de biodiversidad y edafodiversidad. Realmente, en cualquier inventario, son los taxa de este tramo de la curva los que, con toda seguridad, sufren m\u00e1s riesgos de pasar inadvertidos. Lo raro y escaso es siempre m\u00e1s dif\u00edcil de detectar. Se trata de una obviedad. Ahora bien la investigaci\u00f3n de marras parece abrir una ventana con vistas<\/strong><\/span> a desarrollar tecnolog\u00edas m\u00e1s precisas en el futuro. Mientras tanto, al menos ser\u00e1 viable cuantificar hasta que grado los estudios con PCR<\/a> subvaloran la biodiversidad \u201ctaxon\u00f3mica real\u201d de un suelo. Tambi\u00e9n os hemos comentado que existen instrumentos tecnol\u00f3gicos en el mercado que aseveran que puede cuantificarse el n\u00famero de especies microbianas con bastante precisi\u00f3n<\/strong><\/span>, como es el caso del\u00a0 \u00a0PhyloChip<\/a>, del que os hemos hablado en dos post precedentes (puro marketing<\/strong><\/span>) y otro m\u00e1s original que precedr\u00e1 a este: \u00abel sistema inmune de las plantas se encuentra en los suelos<\/span><\/strong>\u00ab.<\/p>\n

\u00a0\"comunidades-microbianas-del-suelo-salmonellaniaid_0\"<\/strong><\/span><\/p>\n

Comunidades Microbianas del Suelo. Fuente: Computacional Reserach, Berkeley Lab<\/a><\/p>\n

Francamente me alegra hablar de estudios realizados por espa\u00f1oles pertenecientes a mi instituci\u00f3n, y m\u00e1s aun cuando pertenecen a los antiguos centros de edafolog\u00eda y Agrobiolog\u00eda, en los cuales se est\u00e1n desmantelando la ciencia del suelo por decisi\u00f3n de nuestras autoridades. Pues bien, para finalizar y dar paso a la nota de prensa y el abstract de la publicaci\u00f3n digamos, que no se trata tan solo de un an\u00e1lisis que concierna a la ecolog\u00eda del suelo sino que parece ocurrir lo mismo<\/strong><\/span>, para la pl\u00e9tora bichitos que atesoramos en nuestro cuerpo. Hablamos del denominado microbioma humano<\/a>. En otras palabras, existen muchos microorganismos en nuestro cuerpo que aun desconocemos, y como corolario tampoco las repercusiones que tienen en nuestra salud-enfermedad<\/strong><\/span>.<\/p>\n

Os recordamos que PLoS One<\/a> es una revista en acceso abierto, por lo que pod\u00e9is bajaros el art\u00edculo original sin coste alguno.<\/p>\n

\"o_nature<\/p>\n

Curva de Willis de un Inventario, ya sea de biodiversidad o edafodiversidad. Fuente: Juan Jos\u00e9 Ib\u00e1\u00f1ez<\/span><\/p>\n

Juan Jos\u00e9 Ib\u00e1\u00f1ez<\/strong><\/span><\/p>\n

La t\u00e9cnica estrella para detectar bacterias discrimina las m\u00e1s raras Mejor que el PCR<\/a><\/h3>\n

Un equipo con participaci\u00f3n del Consejo Superior de Investigaciones Cient\u00edficas<\/a> (CSIC) ha comprobado que la amplificaci\u00f3n por la reacci\u00f3n en cadena de la polimerasa o PCR (por sus siglas en ingl\u00e9s), el m\u00e9todo m\u00e1s empleado actualmente para la detecci\u00f3n de bacterias, discrimina las menos abundantes.<\/p>\n

FUENTE | CSIC – mi+d; 16\/01\/2012<\/strong><\/p>\n

El estudio, que aparecer\u00e1 publicado en el pr\u00f3ximo n\u00famero de PLoS One<\/a>, confirma que no es posible determinar la estructura de la enorme diversidad microbiana con los m\u00e9todos actuales.<\/p>\n

Rub\u00e9n Duro P\u00e9rez<\/p>\n

La reacci\u00f3n en cadena de la polimerasa o PCR<\/strong> se emplea como t\u00e9cnica molecular para amplificar o generar m\u00faltiples copias de los genes de ARN ribosomal<\/strong> de un microorganismo espec\u00edfico<\/strong>. \u201cEn este estudio hemos comprobado que la detecci\u00f3n de bacterias es dependiente de la fracci\u00f3n que representan respecto al total de la comunidad microbiana<\/strong>\u201d, se\u00f1ala Juan Miguel Gonz\u00e1lez, investigador del CSIC en el Instituto de Recursos Naturales y Agrobiolog\u00eda<\/a> ubicado en Sevilla.<\/p>\n

Los cient\u00edficos, en colaboraci\u00f3n con un equipo del Centro Superior de Investigaci\u00f3n en Salud P\u00fablica de Valencia<\/a>, han empleado para los experimentos sondas fluorescentes espec\u00edficas y dos cebadores <\/strong>(una cadena de \u00e1cido nucleico como punto de partida para la replicaci\u00f3n de ADN). Tras amplificar cada tipo de bacteria simult\u00e1neamente en la misma reacci\u00f3n, observaron que la eficiencia de amplificaci\u00f3n para las abundantes era elevada, mientras que para las que representaban una fracci\u00f3n reducida era muy baja<\/strong>.<\/p>\n

CONOCER LOS RIESGOS<\/strong><\/p>\n

\u201cLa diversidad microbiana, que es la base que sustenta la b\u00fasqueda de nuevos biocatalizadores y recursos para la explotaci\u00f3n biotecnol\u00f3gica, es probablemente muy superior a lo que somos capaces de detectar actualmente<\/strong>. Conocer el riesgo de los sesgos introducidos en la detecci\u00f3n y cuantificaci\u00f3n de secuencias amplificadas es algo importante mientras se contin\u00fae utilizando la amplificaci\u00f3n por PCR o hasta que pasemos a una tercera generaci\u00f3n de m\u00e9todos de secuenciaci\u00f3n\u201d, se\u00f1ala Gonz\u00e1lez.<\/p>\n

Referencia Bibliogr\u00e1fica<\/strong><\/span><\/p>\n

Juan M. Gonz\u00e1lez, Maria C. Portillo, Pedro Belda\u2010Ferre, Alex Mira. Amplification by PCR artificially reduces the proportion of the rare biosphere in microbial communities. PLoS One DOI: 10.1371\/journal.pone.0029973<\/p>\n

Amplification by PCR Artificially Reduces the Proportion of the Rare Biosphere in Microbial Communities<\/a><\/p>\n

Juan M. Gonzalez,\u00a0Maria C. Portillo,\u00a0Pedro Belda-Ferre2<\/a>,Alex Mira<\/p>\n

Institute of Natural Resources and Agrobiology, Spanish Council for Research, IRNAS-CSIC, Sevilla, Spain,\u00a02\u00a0Genomics and Health Department, Center for Advanced Research in Public Health (CSISP), Valencia, Spain<\/p>\n

Enlace para leer el art\u00faculo completo\u00a0y bajarlo in costo alguno de Internet<\/strong><\/span><\/p>\n

http:\/\/www.plosone.org\/article\/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0029973<\/a><\/p>\n

Abstract<\/strong>:<\/span> The microbial world has been shown to hold an unimaginable diversity. The use of rRNA genes and PCR amplification to assess microbial community structure and diversity present biases that need to be analyzed in order to understand the risks involved in those estimates. Herein, we show that PCR amplification of specific sequence targets within a community depends on the fractions that those sequences represent to the total DNA template. Using quantitative, real-time, multiplex PCR and specific Taqman probes, the amplification of 16S rRNA genes from four bacterial species within a laboratory community were monitored. Results indicate that the relative amplification efficiency for each bacterial species is a nonlinear function of the fraction that each of those taxa represent within a community or multispecies DNA template. Consequently, the low-proportion taxa in a community are under-represented during PCR-based surveys<\/strong> and a large number of sequences might need to be processed to detect some of the bacterial taxa within the \u2018rare biosphere<\/strong>\u2019. The structure of microbial communities from PCR-based <\/strong>surveys is clearly biased against low abundant taxa which are required to decipher the complete extent of microbial diversity in nature.<\/p>\n

Citation:<\/strong><\/span>\u00a0Gonzalez JM, Portillo MC, Belda-Ferre P, Mira A (2012) Amplification by PCR Artificially Reduces the Proportion of the Rare Biosphere in Microbial Communities<\/a>. PLoS ONE 7(1): e29973.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

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