![\"gran-pradera-de-kansas\"](\"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/universo\/wp-content\/blogs.dir\/42\/files\/818\/gran-pradera-de-kansas.jpg\")
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Las extensas paraderas de Kansas. Fuente: Colaje Google im\u00e1genes<\/span><\/p>\n \u00a0La nota de prensa de la que vamos a hablar hoy nos informa de <\/span>la enorme diversidad de especies bacterianas\u00a0 que acaece en las extensas praderas de Kansas<\/strong><\/span>. Para il\u00fastralo escojamos tres breves fragmentos: \u201c<\/span>el suelo es testigo de la incre\u00edble diversidad y el caos de la vida dentro de incluso el pu\u00f1adito m\u00e1s peque\u00f1o de tierra. S\u00f3lo una cucharadita de suelo de Kansas contiene decenas de miles de especies microbianas<\/em>\u201d (\u2026) \u201c<\/span>Jansson considera que la tarea de desentra\u00f1ar las comunidades microbianas del suelo resulta ser una tarea especialmente dif\u00edcil ya que existe una diversidad enorme. Los cient\u00edficos estiman de 50 a 100 veces m\u00e1s especies microbianas habitan una muestra de suelo t\u00edpico que el intestino humano. Adem\u00e1s, la mayor\u00eda de los microbios del suelo nunca han sido cultivados en un laboratorio en el que se podr\u00edan estudiar a fondo<\/em>\u201d (\u2026). \u00a0\u00ab<\/span>El suelo es uno de los ecosistemas m\u00e1s complejos y diversos del planeta. Es un sustrato tridimensional complejo; No hay nada que se le parezca<\/em><\/strong><\/span>\u00ab. Ya os hemos ido informando acerca de la extraordinaria diversidad de los organismos del suelo. <\/span>Empero hablar de especies bacterianas resulta ser un tema m\u00e1s que espinoso, yo dir\u00eda que es andar por arenas movedizas, o navegar por aguas turbulentas<\/strong><\/span>, como podr\u00e9is por ejemplo ver aqu\u00ed: <\/span>gen\u00f3mica bacteriana<\/a>\u201d. Por lo tanto, la pregunta\/respuesta \u00a0del mill\u00f3n de euros ser\u00eda pues: <\/span><\/span>\u00bfc\u00f3mo se puede cuantificar la diversidad de bacterias de un volumen dado del suelo, si no disponemos de un concepto aceptado de las mismas, como ocurre con todos o casi todos los procariotas?<\/strong><\/span>. Empero cuando la maquinaria de la secuenciaci\u00f3n masiva de los \u201ctoca genes\u201d se pone en marcha, no hay ausencia de concepto que les frene. Ellos estiman la variedad gen\u00e9tica, es decir el <\/span>microbioma del suelo<\/strong><\/span> en su conjunto, para a la postre se\u00f1alar que existen tropecientas mil especies, conforme a ciertos criterios m\u00e1s o menos cuestionables. \u00a0Punto y final.<\/span> <\/span><\/span>\u00bfY qu\u00e9 ocurre con la \u00a0de la enorme promiscuidad que implica el flujo horizontal de genes entre bacterias que no se encuentran estrechamente emparentadas desde un punto de vista filogen\u00e9tico?<\/span>.<\/strong> Al parecer \u00a1les da igual! (<\/span>La Extraordinaria Gen\u00e9tica de los Microorganismos del Suelo<\/a>).<\/span><\/p>\n \u00a0Personalmente me interesa, como a todos, el microbioma del suelo. Ahora bien este es un problema y la diversidad de especies otro distinto<\/strong><\/span>, hasta que alguien desenrede la enmara\u00f1ada madeja, o acierte milagrosamente a regalarnos con un concepto de especie apto para todo al \u00e1rbol de la vida. \u00a0Y hoy por hoy no se atisban respuestas en el horizonte<\/strong><\/span>.<\/p>\n \u00a0En cualquier caso, debido al perfeccionamiento de los progresos realizados para las secuenciaciones masivas del genoma de las muestras, as\u00ed como de su velocidad de procesamiento, los \u201ctoca genes\u201d se asombran de todo, como los ni\u00f1os en la m\u00e1s tierna infancia. \u00a0Y as\u00ed, conforme mejoran estas t\u00e9cnicas instrumentales y se exploran m\u00e1s h\u00e1bitats y muestras, m\u00e1s cara de bobos se les pone y m\u00e1s tonter\u00edas redactan en la literatura cient\u00edfica (El Microbioma del Suelo en Central Park (Nueva York<\/span>)<\/span>). \u00a0Por ejemplo, si un d\u00eda, a un equipo de investigadores se le \u201cescurre\u201d la hedionda idea de estudiar los virus que contienen \u00a0las aguas residuales, no debe extra\u00f1arnos en absoluto que nos vengan a decir algo as\u00ed como: Hallado el Mayor Punto Caliente de biodiversidad V\u00edrica del Planeta: Las Aguas Residuales<\/a>\u201d. Un paper m\u00e1s en una revista de campanillas, una muesca a a\u00f1adir al revolver del pistolero.<\/strong> Entre toda la ret\u00f3rica que podr\u00e9is leer en la nota de prensa original se esconde una \u00fanica novedad<\/span> que resulta ser<\/strong><\/span>: \u201c(\u2026) <\/em>incluyen la primera reconstrucci\u00f3n del genoma completo de un solo microbio en un muestra de suelo complejo. Otros grupos han reconstruido los genomas completos de los microbios de ambientes menos complejos, incluidas las minas, tapetes microbianos, y el microbioma humano<\/em>\u201d. Es decir aislaron un microorganismo, seg\u00fan ellos \u201centre miles\u201d, para a la postre secuenciar su genoma. Punto y final. El resto de las cifras son tan poco cre\u00edbles como para merecer la pena discutirlas. Mucho peor son otros papers que, a partir de datos de la misma naturaleza, intentan vendernos una cuantificaci\u00f3n de la diversidad funcional<\/span> <\/strong>de las comunidades microbianas. Quien conozca bien los temas relacionados con la biolog\u00eda ed\u00e1fica sabr\u00e1, sin lugar a dudas, que esta \u00faltima es enorme, aunque su cuantificaci\u00f3n rigurosa no deje de ser m\u00e1s que una quimera a d\u00eda de hoy.<\/p>\n \u00a0Realmente estas cifras<\/span> son improcedentes e irracionales. Sin embargo, los an\u00e1lisis comparativos de los microbiomas del suelo, que se basen en las mismas t\u00e9cnicas e intensidad de muestreos, si deben aportar informaci\u00f3n valiosa. No hablaremos pues de diversidad de especies sino de la variabilidad o variedad de los microbiomas<\/span><\/strong>. Empero en la ciencia actual, entre los investigadores priman m\u00e1s epatar al p\u00fablico, que ofrecerle contenidos realmente novedosos, honestos, sinceros. Y as\u00ed lo que podr\u00eda ser importante y relevante, por el efecto del \u201cpublica o perece<\/em>\u201d se transforma en informaci\u00f3n irrelevante, confusa y confundente. Abajo os dejo con la nota de prensa, traducida r\u00e1pidamente (por lo que padece de defectos), pero que os mostrar\u00e1 cuanta morralla puede leerse en la prensa cient\u00edfica actual.<\/p>\n \u00a0<\/span>Juan Jos\u00e9 Ib\u00e1\u00f1ez<\/strong><\/p>\n <\/p>\n Teasing out the microbiome of the Kansas prairie<\/strong><\/a> The Kansas prairie seems like the very picture of beauty and simplicity, with undulating fields of corn and wheat stretching as far as the eye can see. But below ground, the soil bears witness to the incredible diversity and chaos of life within even the smallest patch of ground. Just a teaspoonful of Kansas soil contains tens of thousands of microbial species. Now scientists<\/strong> at the Pacific Northwest National Laboratory have untangled that Kansas-based mess of microbes more fully than scientists have ever done for a sample of soil<\/strong>.<\/p>\n La pradera de Kansas parece la viva imagen de la belleza y sencillez, con ondulantes campos de ma\u00edz y el trigo que se extienden hasta donde alcanza la vista. Pero por debajo del suelo, el suelo es testigo de la incre\u00edble diversidad y el caos de la vida dentro de incluso el parche m\u00e1s peque\u00f1o de tierra. S\u00f3lo una cucharadita de suelo de Kansas contiene decenas de miles de especies microbianas. Ahora los cient\u00edficos del Laboratorio Nacional del Noroeste del Pac\u00edfico han desentra\u00f1ado ese l\u00edo con sede en Kansas de los microbios m\u00e1s plenamente que los cient\u00edficos han hecho alguna vez para una muestra de suelo.<\/span><\/em><\/p>\n In one of the most in-depth looks to date at a soil metagenome<\/strong> – all the genetic material recovered from a sample of soil – the team reconstructed portions of the genomes of 129 species of microbes<\/strong>. While it’s only a tiny proportion of the estimated 100,000 species in the sample, it’s a leap forward for scientists who have had only a fraction of that success to date<\/strong>.<\/p>\n En una de las m\u00e1s profundidad en las miradas hasta la fecha a una metagenoma suelo – todo el material gen\u00e9tico recuperado de una muestra de suelo – el equipo reconstruy\u00f3 partes de los genomas de 129 especies de microbios. Si bien es s\u00f3lo una peque\u00f1a proporci\u00f3n de los aproximadamente 100.000 especies de la muestra, que es un salto adelante para los cient\u00edficos que han tenido s\u00f3lo una fracci\u00f3n de ese \u00e9xito hasta la fecha.<\/em><\/span><\/p>\n The results include the first reconstruction of the complete genome of a single microbe ever from a complex soil sample<\/strong>. Other groups have reconstructed full genomes of microbes out of less complex environments, including mines, microbial mats, and the human microbiome.<\/p>\n Los resultados incluyen la primera reconstrucci\u00f3n del genoma completo de un solo microbio siempre de una muestra de suelo complejo. Otros grupos han reconstruido los genomas completos de los microbios de ambientes menos complejos<\/strong>, incluidas las minas, tapetes microbianos, y el microbioma humano.<\/em><\/span><\/p>\n \u00a0<\/strong>Soil microbes: Crucial for climate, environment<\/strong><\/p>\n Microbes in soil determine in large part how the planet stores carbon, when and how carbon is released into the environment, how plants take up nutrients and how crops fare. While many people have become familiar with the community of microbes that live on us, with us, and within us – the human microbiome – the soil microbiome is lesser known but crucial for the fate of our planet. More knowledge about microbes helps scientists understand climate change and the forces that shape the health of our planet.<\/p>\n While scientists have made strides sorting out which species are present in complex soil samples, how those species interact remains a hugely daunting problem.<\/p>\n Los microbios en el suelo determinan en gran medida c\u00f3mo el planeta se almacena carbono, cu\u00e1ndo y c\u00f3mo el carbono se libera al medio ambiente, como las plantas toman los nutrientes y c\u00f3mo les va cultivos. Mientras que muchas personas se han familiarizado con la comunidad de microbios que viven en nosotros (microbioma humano), con nosotros y dentro de nosotros – el microbioma humano – el microbioma del suelo es menos conocido pero crucial para el destino de nuestro planeta<\/strong>. M\u00e1s conocimiento sobre los microbios ayuda a los cient\u00edficos a entender el cambio clim\u00e1tico y las fuerzas que dan forma a la salud de nuestro planeta.<\/span><\/em><\/p>\n Mientras que los cient\u00edficos han hecho avances la clasificaci\u00f3n de las especies que est\u00e1n presentes en las muestras de suelo complejas, c\u00f3mo las especies interact\u00faan sigue siendo un problema enorme de enormes proporciones<\/em>.<\/em><\/span><\/p>\n \u00abWe’re trying to sort out the broad questions. What are the various microbes in the microbial community doing? Which species are very active and which seem dormant? How do they all fit together?\u00bb said microbiologist Janet Jansson, the corresponding author.<\/p>\n \u00abToday we’re able to compile immense data about microbial communities very quickly, but it’s very difficult to put the information together to create a coherent picture,\u00bb she added.<\/p>\n \u00abEstamos tratando de resolver las cuestiones generales. \u00bfCu\u00e1l es la diversidad de \u00a0microbios en la comunidades del suelo y que hacen? \u00bfQu\u00e9 especies son muy activas y cuales se encuentran latentes? \u00bfC\u00f3mo encaja todo?\u00bb dijo el microbi\u00f3logo Janet Jansson, el autor correspondiente.<\/span><\/em><\/p>\n \u00abHoy en d\u00eda somos capaces de recopilar datos sobre inmensa comunidades microbianas muy r\u00e1pidamente, pero es muy dif\u00edcil de poner la informaci\u00f3n en conjunto para crear una imagen coherente<\/strong>\u00ab, agreg\u00f3.<\/em><\/span><\/p>\n Jansson turned to post-doctoral associate Richard Allen White III, the first author of the paper, to take on the challenge of disentangling the genomes.<\/p>\n Digging up the dirt on the Kansas prairie The Kansas soil is from the Great Plains, where soil has high carbon content compared to other soils. Scientists like Jansson are exploring what will happen in the soil as the climate changes. For example, there could be greater release of greenhouse gases to the atmosphere if microorganisms convert carbon to carbon dioxide more rapidly.<\/p>\n El equipo comenz\u00f3 con los datos extra\u00eddos de una muestra sin cultivar, las praderas de Kansas nativa recogido en la Estaci\u00f3n Biol\u00f3gica Prairie Konza en el noreste de Kansas. Los cient\u00edficos recopilaron los datos gen\u00e9ticos previamente a trav\u00e9s de un proyecto denominado \u201cMetagenoma de la Gran Pradera<\/span><\/em><\/p>\n El suelo de Kansas es t\u00edpico de las Grandes Llanuras, donde el suelo tiene un alto contenido de carbono en comparaci\u00f3n con otros suelos. Los cient\u00edficos est\u00e1n explorando (\u2026) lo que suceder\u00e1 en el suelo a medida que cambia el clima. Por ejemplo, podr\u00eda haber una mayor liberaci\u00f3n de gases de efecto invernadero a la atm\u00f3sfera si los microorganismos convierten el carbono en di\u00f3xido de carbono m\u00e1s r\u00e1pidamente.<\/em><\/span><\/p>\n The sample under scrutiny included more than 250 billion base pairs of genetic data, mostly of microbes, which awaited a scientific team with the chutzpah to try to make sense of it. Jansson’s team took on the challenge, unraveling an amount of information approximately equal to all the data streaming through 200 cell phones in a month.<\/p>\n The genetic material didn’t come neatly packaged. It had been torn, split, twisted, crushed and exposed to all manner of disrespect.<\/p>\n La muestra bajo escrutinio incluy\u00f3 a m\u00e1s de 250 mil millones de pares de bases de datos gen\u00e9ticas<\/em><\/strong>, la mayor\u00eda de los microbios, que esperaban un equipo cient\u00edfico con el descaro de tratar de hacer sentido de toda esta informaci\u00f3n. El equipo de Jansson asumi\u00f3 el reto, desentra\u00f1ando una cantidad de informaci\u00f3n aproximadamente equivalente a los datos que fluyen a trav\u00e9s de 200 tel\u00e9fonos celulares en un mes.<\/em><\/span><\/p>\n El material gen\u00e9tico no vino perfectamente embalados. Se hab\u00eda roto, dividido, torcido, aplastado y expuestos a todo tipo de falta de respeto.<\/em><\/span><\/p>\n \u00abImagine taking a thick book written in hundreds of different languages, chopping the book up into pieces the size of grains of rice, and then having to put it back together again,\u00bb said White. \u00abThat’s not unlike the challenge we face when we try to understand what’s going on in even a handful of soil.\u00bb<\/p>\n Jansson considers untangling the microbes in soil especially challenging because there is a huge diversity. Scientists estimate 50 to 100 times as many microbial species inhabit a typical soil sample than the human gut. Also, most microbes from soil have never been grown in a laboratory where they could be studied thoroughly.<\/p>\n Imag\u00ednese teniendo un grueso libro escrito en cientos de diferentes idiomas, cortando el libro en trozos del tama\u00f1o de un grano de arroz, y luego tener que recomponerlo todo poner y juntarlo coherentemente, \u00abdijo White.\u00bb Eso no es a diferencia del reto al que nos enfrentamos cuando intentamos para entender lo que est\u00e1 pasando en incluso en un pu\u00f1ado de tierra \u00ab.<\/span><\/em><\/p>\n Jansson considera que la tarea de desenredar los microbios en el suelo es especialmente dif\u00edcil porque hay una diversidad enorme<\/strong>. Los cient\u00edficos estiman de 50 a 100 veces m\u00e1s especies microbianas habitan una muestra de suelo t\u00edpico que el intestino humano<\/strong>. Adem\u00e1s, la mayor\u00eda de los microbios del suelo nunca han sido cultivados en un laboratorio en el que se podr\u00edan estudiar a fondo<\/em><\/span><\/p>\n Knitting soil DNA together To do the study, White used a sequencing technology originally developed in the laboratory of his former adviser, Stephen Quake of Stanford. Scientists use the genome analysis tool to break DNA down into smaller pieces, then sequence those and assemble those into longer pieces.<\/p>\n Los cient\u00edficos usan varias t\u00e9cnicas para unir las cadenas de ADN con precisi\u00f3n. Las t\u00e9cnicas son generalmente una combinaci\u00f3n de m\u00e9todos de qu\u00edmica y algoritmos de software dise\u00f1adas para dar sentido a material gen\u00e9tico. Una clave para el \u00e9xito del equipo fue el uso de potentes superordenadores en PNNL y EMSL, el Laboratorio de Biolog\u00eda Molecular del Medio Ambiente. EMSL es una EOD Oficina de Ciencia facilidad de usuario en el campus de PNNL.<\/span><\/em><\/p>\n Para hacer el estudio, White us\u00f3 una tecnolog\u00eda de secuenciaci\u00f3n desarrollado originalmente en el laboratorio de su ex asesor, Stephen Quake de Stanford. Los cient\u00edficos usan la herramienta de an\u00e1lisis del genoma de ADN para romper en pedazos m\u00e1s peque\u00f1os, a continuaci\u00f3n, secuenciar y ensamblarlos en trozos m\u00e1s largos<\/em><\/span><\/p>\n When the team combined the technology with other methods, they ended up with 10,000 pieces of DNA, each longer than 10 kilobase pairs – longer than 10,000 pairs of the biological compounds that make up DNA. Other attempts at cracking a soil metagenome have yielded much lower numbers, for instance, just 9 pieces of DNA of that length – less than one-thousandth of what the team achieved.<\/p>\n \u00abSoil is one of the most complex and diverse ecosystems on the planet. It’s a complex three-dimensional substrate; there’s nothing else quite like it,\u00bb said White.<\/p>\n \u00abWe’re at the point where we’ve put together a few long sentences of a very large book,\u00bb he added. \u00abWe’ve gone from having a few words or parts of words to having a few sentences. But we’ve got a long ways to go. We are in our baby steps of identifying who’s in there and what they’re doing.\u00bb<\/p>\n Cuando el equipo combin\u00f3 la tecnolog\u00eda con otros m\u00e9todos, terminaron manipulando m\u00e1s de 10.000 piezas de ADN, cada una m\u00e1s de 10 pares de kilobases – m\u00e1s de 10.000 pares de los compuestos biol\u00f3gicos que componen el ADN. Otros intentos de romper un metagenoma suelo han dado cifras mucho m\u00e1s bajas, por ejemplo, a s\u00f3lo 9 piezas de ADN de esa longitud – menos de una mil\u00e9sima parte de lo que el equipo logr\u00f3<\/span>.<\/em><\/p>\n \u00abEl suelo es uno de los ecosistemas m\u00e1s complejos y diversos del planeta Es un sustrato tridimensional compleja<\/strong>;. No hay nada que se le parezca<\/strong>\u00ab, dijo White.<\/span><\/em><\/p>\n \u00abEstamos en el punto en que hemos preparado un par de frases largas de un libro muy grande\u00bb, agreg\u00f3. \u00abHemos pasado de tener unas cuantas palabras o partes de palabras para tener un par de frases. Pero tenemos un largo camino por recorrer<\/strong>. Estamos en los pasos de beb\u00e9 de identificar qui\u00e9n est\u00e1 ah\u00ed y lo que est\u00e1n haciendo.<\/span><\/em><\/p>\n The results were published recently in mSystems, a publication of the American Society for Microbiology. Richard Allen White III, Eric M. Bottos, Taniya Roy Chowdhury, Jeremy D. Zucker, Colin J. Brislawn, Carrie D. Nicora, Sarah J. Fansler, Kurt R. Glaesemann, Kevin Glass, Janet K. Jansson, Molecule Long-Read Sequencing Facilitates Assembly and Genomic Binning from Complex Soil Metagenomes<\/a>, mSystems, June 28, 2016<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" Las extensas paraderas de Kansas. Fuente: Colaje Google im\u00e1genes \u00a0La nota de prensa de la que vamos a hablar hoy nos informa de la enorme diversidad de especies bacterianas\u00a0 que acaece en las extensas praderas de Kansas. Para il\u00fastralo escojamos tres breves fragmentos: \u201cel suelo es testigo de la incre\u00edble diversidad y el caos de la vida dentro de incluso el pu\u00f1adito m\u00e1s peque\u00f1o de tierra. S\u00f3lo una cucharadita de suelo de Kansas contiene decenas de miles de especies microbianas\u201d (\u2026) \u201cJansson considera que la tarea de desentra\u00f1ar las comunidades microbianas del suelo resulta ser una tarea especialmente dif\u00edcil ya\u2026<\/p>\n","protected":false},"author":26,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"ngg_post_thumbnail":0},"categories":[596,590,618,591,597,589],"tags":[46726,47909,46833,47908,47907,28210,46734],"blocksy_meta":{"styles_descriptor":{"styles":{"desktop":"","tablet":"","mobile":""},"google_fonts":[],"version":4}},"aioseo_notices":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/universo\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/148415"}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/universo\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/universo\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/universo\/wp-json\/wp\/v2\/users\/26"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/universo\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=148415"}],"version-history":[{"count":10,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/universo\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/148415\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":149135,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/universo\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/148415\/revisions\/149135"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/universo\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=148415"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/universo\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=148415"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/universo\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=148415"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}
\n<\/strong>by Staff Writers; Richland WA (SPX) Aug 02, 2016<\/p>\n
\n<\/strong>The team started with data culled from a sample of uncultivated, native Kansas prairie collected at the Konza Prairie Biological Station in northeastern Kansas. Scientists compiled the genetic data previously through the Great Prairie Soil Metagenome Grand Challenge Initiative at the Joint Genome Institute, a DOE Office of Science User Facility.<\/p>\n
\n<\/strong>Scientists use multiple techniques to knit together strings of DNA accurately. The techniques are generally a combination of sophisticated chemistry methods and software algorithms designed to make sense of genetic material. A key to the team’s success was the use of powerful supercomputers at PNNL and EMSL, the Environmental Molecular Sciences Laboratory. EMSL is a DOE Office of Science User Facility on the PNNL campus.<\/p>\n