{"id":43231,"date":"2006-09-25T04:15:00","date_gmt":"2006-09-25T04:15:00","guid":{"rendered":"http:\/\/weblogs.madrimasd.org\/\/universo\/archive\/2006\/09\/25\/43231.aspx"},"modified":"2010-01-22T03:41:10","modified_gmt":"2010-01-22T02:41:10","slug":"genomica-y-suelos-%c2%bfuna-revolucion","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/universo\/2006\/09\/25\/43231","title":{"rendered":"Gen\u00f3mica y Suelos: \u00bfUna Revoluci\u00f3n?"},"content":{"rendered":"

En el Bolet\u00edn de noticias de la CAM del 25 de Abril de 2005 (extra\u00edda de  la p\u00e1gina WEB: <\/span><\/span>www.bionoticias.com<\/span><\/a><\/span>) aparec\u00eda una noticia cuyo t\u00edtulo rezaba as\u00ed:<\/span> \u201cLa revoluci\u00f3n gen\u00f3mica llega a las ciencias ambientales<\/span><\/a><\/span>\u201d. Realmente he dudado si \u201cacribillar\u201d nuevamente a la prensa o analizar m\u00e1s sosegadamente el tema. Finalmente he optado por la segunda estrategia. En cualquier caso, se trata de mera \u201cpropaganda<\/span>\u201d. En la nota se cita expl\u00edcitamente el caso de los suelos y el monitoreo de su \u201ccalidad o estado de salud\u201d<\/span>. Efectivamente, de poder hacerse uso de lo que en la nota se denominan \u201chuellas digitales geon\u00f3micas<\/span>\u201d o EGT<\/span> (ya estamos con la acr\u00f3nimofilia<\/span>) ser\u00eda un gran paso adelante. Empero una cuesti\u00f3n es la idea y otra su puesta en pr\u00e1ctica. Y para llegar a hacer buen uso de ellas se necesita profundizar en el conocimiento de<\/span> la biolog\u00eda y ecolog\u00eda del suelo<\/span>. Los conocimientos actuales, as\u00ed como la enorme variedad de procesos que acaecen en el sistema ed\u00e1fico, impiden su uso (eficientemente). La cuesti\u00f3n es que los bi\u00f3logos moleculares nos venden, como siempre, \u201cpromesas\u201d, nada m\u00e1s que promesas<\/span>. Analicemos con una mayor profundidad el tema. <\/span><\/span><\/p>\n

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En primer lugar, hagamos un extracto del contenido de esta noticia (como siempre los coloreados son m\u00edos.<\/o:p><\/span><\/p>\n

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Una herramienta desarrollada por cient\u00edficos del Departamento de Energ\u00eda de los Estados Unidos permite<\/span><\/i> conocer de una forma r\u00e1pida la salud<\/span><\/i> medioambiental <\/span><\/i>de una muestra de<\/span><\/i> agua o <\/span><\/i>suelo<\/span><\/i> <\/span><\/i>aplicando tecnolog\u00edas de secuenciaci\u00f3n a gran escal<\/span><\/i>a. El hallazgo, publicado en ‘Science<\/font><\/a>‘ (Science 2005; 304: 554-557), <\/span><\/i>podr\u00eda traer consigo un cambio en ciencias medioambientales similar al que la secuenciaci\u00f3n de ADN ha producido en la biomedicina<\/span><\/i>.<\/o:p><\/span><\/span><\/p>\n

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La investigaci\u00f3n publicada en ‘Science’ demuestra por primera vez que se puede conocer la salud de un entorno acu\u00e1tico o terrestre analizando \u00fanicamente la \u00abhuella\u00bb de determinados genes presentes en una muestra obtenida de \u00e9l. Seg\u00fan Raymond L. Orbach, <\/span><\/i>director de la oficina cient\u00edfica del Departamento de Energ\u00eda<\/span><\/i>, \u00abestas huellas digitales gen\u00f3micas ofrecen una informaci\u00f3n ajustada sobre la vida existente en entornos muy diversos. La t\u00e9cnica puede ser empleada para detectar qu\u00e9 entornos sufren alg\u00fan tipo de estr\u00e9s medioambiental as\u00ed como para se\u00f1alar si hay progresos en la remediaci\u00f3n de <\/span><\/i>lugares contaminados<\/span><\/i>\u00ab.<\/o:p><\/span><\/i><\/p>\n

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La t\u00e9cnica eval\u00faa en cada muestra una serie de indicadores, denominados <\/span><\/i>marcadores gen\u00f3micos medioambientes (EGT en sus siglas inglesas)<\/span><\/i>, que ofrecen datos sobre su perfil de ADN y reflejan tambi\u00e9n la presencia y concentraci\u00f3n de nutrientes, sustancias contaminantes y otras caracter\u00edsticas ambientales.<\/o:p><\/span><\/i><\/p>\n


\u00abGracias a estos marcadores no es necesario tener datos de genomas completos para conocer c\u00f3mo act\u00faan los organismos que habitan un entorno concreto. La presencia de genes y su abundancia, algo que se puede conocer a trav\u00e9s de los EGT, refleja las demandas del entorno y ofrece informaci\u00f3n sobre lo que ocurre en \u00e9l sin necesidad de conocer la identidad de los microorganismos que lo ocupan\u00bb,<\/o:p><\/span><\/i><\/p>\n


<\/span>Adem\u00e1s de informaci\u00f3n sobre nutrientes y agentes contaminantes, esta t\u00e9cnica tambi\u00e9n permite conocer caracter\u00edsticas como la luz o la temperatura del entorno. Por ejemplo, <\/span><\/i>los genes implicados en la descomposici\u00f3n de la materia org\u00e1nica vegetal est\u00e1n muy presentes en el suelo terrestre<\/span><\/i> pero totalmente ausentes en el agua de mar (\u2026) Por otra parte, dado que la luz es una fuente de energ\u00eda importante para los microbios que viven en las aguas m\u00e1s superficiales, si en la muestra hay muchos genes implicados en la fotos\u00edntesis, sabremos que no procede de una zona muy profunda.<\/o:p><\/span><\/i><\/p>\n


Gracias al proceso de secuenciaci\u00f3n abreviado con el que se obtienen los <\/span><\/i>marcadores EGT se pueden conocer los detalles f\u00edsicos y bioqu\u00edmicos de un entorno<\/span><\/i>, y dibujar as\u00ed<\/span><\/i> un mapa fiable de sus caracter\u00edsticas<\/span><\/i>. \u00abEl an\u00e1lisis de un ecosistema es algo extraordinariamente complejo, ya que esconden una gran diversidad de especies. Se sabe muy poco de la gran mayor\u00eda de microorganismos existentes, ya que el 99 por ciento no se pueden cultivar en un laboratorio convencional\u00bb, ha comentado Rubin.<\/span><\/i><\/o:p><\/span><\/p>\n

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\u00a1Hay Rubin, Rubin!, de biotecnolog\u00eda sabr\u00e1s mucho, aunque, a pesar de que reconoces la enorme complejidad de los ecosistemas, tus comentarios denotan que no tienes ni idea de lo que dices. No dudo que la presencia de ciertos contaminantes o procesos puedan ser detectadas con tus <\/span>EGT<\/span>. Tampoco dudo que puedan identificar si una muestra procede del agua del mar o de un suelo (\u00a1gran noticia!). Ahora bien, la bater\u00eda de EGT que deber\u00eda utilizarse, por ejemplo, para saber si un suelo est\u00e1 contaminado ser\u00eda enorme. Posiblemente requerir\u00eda conocer todos los genes (o aquellos de los que se ha demostrado fidedignamente que siempre est\u00e1n presentes) implicados en la descomposici\u00f3n de \u201ccada\u201d contaminantes y son miles Rubin, \u00a1son miles! Como corolario, habr\u00eda que tener en cuenta todos los procesos de contaminaci\u00f3n y los genes relacionados. \u00a1Casi na!. Has descubierto la dinamita: \u201c<\/span>los genes implicados en la descomposici\u00f3n de la materia org\u00e1nica vegetal est\u00e1n muy presentes en el suelo terrestre<\/span><\/i> \u201cPues faltar\u00eda m\u00e1s \u00a1Muchas gracias por tu valioso descubrimiento\u201d. La enzimolog\u00eda aplicada a los suelos es una disciplina que se ha desarrollado ampliamente en las \u00faltimas d\u00e9cadas.\u00bfno lo sabes? \u00bfQue se puede hacer m\u00e1s r\u00e1pidamente y hasta quiz\u00e1s hasta con packs en el campo? Posiblemente. <\/span>Salvador Gonz\u00e1lez Carcedo<\/span> nos puede hablar de ello, mejor que yo. No estar\u00eda mal. <\/o:p><\/span><\/p>\n

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Obviamente el d\u00eda que conozcamos en profundidad el suelo ser\u00e1 posible hacer uso de tu \u201c<\/span>ingenier\u00eda gen\u00f3mica<\/span>\u201d, hasta entonces tan solo se podr\u00e1n elaborar indicadores de ciertos contaminantes o procesos muy concretos, Y resulta que tales productos llevan en el marcado muchos a\u00f1os. No dudo que la t\u00e9cnica que dicen haber puesto apunto facilite el procesamiento de muestras. Sin embargo de eso a poder sentenciar con rigor que un suelo esta saludablemente gordito, o escu\u00e1lidamente malito, es otra cosa bien distinta. <\/span>Biotecn\u00f3logos<\/span> como tu nos dicen, analizando <\/span>secuencias gen\u00f3micas<\/span>, cuantas especies de bacterias y otros organismos puede haber en una muestra de suelo (infiriendo a la basto la <\/span>biodiversidad del suelo<\/span>). Sin embargo, el concepto de especie en bacteria es cuestionado por todo el mundo (que sabe un poco del tema) ya que el flujo horizontal de genes<\/span><\/a> entre dos simples bacterias puede superar el 20% en un contacto. \u00bfC\u00f3mo saben pues cuantas especies hay de bacterias en un suelo? Mera y pedestre aproximaci\u00f3n en el mejor de los casos. Fatua arrogancia y mala ciencia en el peor. <\/o:p><\/span><\/p>\n

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Reitero <\/span>para utilizar buenos indicadores<\/span> de un proceso o <\/span>del estado de un sistema<\/span> debemos<\/span> conocer bien<\/span> la estructura y din\u00e1mica de <\/span>los mismos<\/span>. <\/span>Y esto<\/span>, en el estado actual de conocimientos <\/span>dista de ser cierto en el suelo<\/span>, con la salvedad de algunos procesos concretos. A mi me gustar\u00eda preguntarte, por ejemplo que, si puedo medir perfectamente la cantidad de mercurio que contiene una muestra de suelo por otros medios estandarizados, por qu\u00e9 tengo que hacer uso de tu herramienta, que jam\u00e1s me va a dar el valor absoluto. \u00bfQu\u00e9 ser\u00eda m\u00e1s r\u00e1pido mediante tu sistema? Todo depender\u00e1 de en que se invierta m\u00e1s. <\/o:p><\/span><\/p>\n

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Lo dicho, <\/span>quiz\u00e1s en un futuro m\u00e1s o menos lejano<\/span>, u hoy para unos pocos tipos de contaminaci\u00f3n concretos, nada m\u00e1s. Dejar de vender la burra que no ten\u00e9is ni idea de la enorme complejidad del objeto de estudio y as\u00ed: \u00a1<\/span>Qu\u00e9 atrevida es la ignorancia<\/span>! <\/o:p><\/span><\/p>\n

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Juan Jos\u00e9 Ib\u00e1\u00f1ez<\/span><\/b>  <\/span><\/span><\/o:p><\/span><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

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