La Universidad de Alcalá, cuyo verdadero nombre fue durante siglos Universidad Complutense, fue la iniciativa cultural y urbanística más importante del primer Renacimiento español.

PLANO DE LA CIUDAD UNIVERSITARIA, RECONSTRUCCIÓN DE LA PRIMERA 
ISLA UNIVERSITARIA. DIBUJO DE FRANCISCO BEDOYA

Su origen se debe a la labor del arzobispo de Toledo Francisco Ximénez de Cisneros, más tarde conocido como el cardenal Cisneros, protagonista indiscutible de la política española a la muerte de los Reyes Católicos.

Fue él quien trazó el proyecto de esta nueva sede universitaria (1498) sobre lo que hasta entonces era sólo una villa arzobispal dotada de unas pocas cátedras de Estudios Menores en el convento franciscano de San Diego.

FACHADA NUEVA DE LA UNIVERSIDAD DE ALCALÁ. OBRA DE RODRIGO GIL DE HONTAÑÓN

Cisneros, también franciscano, hizo levantar el Colegio de San Ildefonso a partir de 1499, le incorporó los estudios del San Diego, le dotó de nuevas rentas reales y consiguió articular un plan docente en una universidad de nuevo cuño más ligada a la Monarquía y menos a Roma que las antiguas y poderosas universidades castellanas, Palencia, Valladolid y sobre todo Salamanca.

A diferencia de ellas, de tipo corporativo y claustral, la Complutense se erigió alrededor del Colegio de San Ildefonso, cuyo patrón podían ser prelado o laico.

Los miembros del colegio, los colegiales, eran quienes gobernaban los asuntos administrativos y docentes de la universidad, una especie de elite sobre la que gravitaba la vida de una universidad sometida a dicho colegio.

GRABADO DEL PARANINFO DE LA 
UNIVERSIDAD. VILLA AMIL

Alrededor del San Ildefonso se edificaron otros siete colegios menores y el hospital universitario de San Lucas y San Nicolás.

También las obras incluyeron la cristianización de la judería del barrio de Santiago. El conjunto arquitectónico que se levantó resulta muy homogéneo y suele ser descrito en los manuales como estilo Cisneros, una sabia combinación de elementos góticos, mudéjares y renacentistas.

Sus primeras Constituciones son de 1510. Regulaban la enseñanza de lenguas, teología, cánones y medicina, y excluían el derecho con el fin de atenuar la rivalidad con Salamanca. Cisneros quería una universidad independiente, con margen de maniobra más allá de los poderes eclesiásticos.