El hecho de que el Panteón de Hombres Ilustres forme parte de un proyecto de construcción inacabado y ser depositario de los restos de personajes políticos, ha provocado su desinterés y desidia desde los años treinta y hasta finales de los ochenta. Durante esta etapa de abandono ha sufrido importantes deterioros por falta de mantenimiento. A finales de los años ochenta, Patrimonio Nacional, propietario del inmueble, inició una serie de actuaciones para abrirlo al público. Las fachadas exteriores se sometieron a trabajos de limpieza y de consolidación, utilizando para ello resinas acrílicas.

Trascurridos más de 15 años desde estas actuaciones, el grado de limpieza es muy aceptable, aunque comienzan a aparecer enmugrecimientos en las fachadas más próximas al Paseo de Reina Cristina. Pueden apreciarse cambios cromáticos debido a tratamientos aplicados, que principalmente provocan un brillo en la superficie de los materiales.

Se producen además procesos de desplacado y fisuración, que no afectan a la estructura del edificio pero sí al aspecto estético de las fachadas, pues se observan en algunas placas de caliza blanca y negra, así como en los muros interiores de las galerías y el zagúan.

Las fisuras presentes en el zaguán afectaron al revestimiento de mosaico. Esto, unido a la importante cantidad de pérdidas y deterioros que presentaban las teselas del mosaico, hizo necesaria su restauración en 2003 por el musivario (artista que confecciona mosaicos) José Luna Llopis. También se sellaron las fisuras existentes en las galerías y se procedió al pintado de los paramentos así como a la restauración de las vidrieras.