El que el Panteón de Hombres Ilustres forme parte de un proyecto de construcción inacabado y al ser depositario de los restos de personajes políticos, ha provocado el desinterés y el abandono desde los años treinta y hasta finales de los ochenta. Durante esta etapa de abandono ha sufrido importantes deterioros por falta de mantenimiento. A finales de los años ochenta, Patrimonio Nacional propietario del inmueble, inicia una serie de actuaciones para abrirlo al público. Las fachadas exteriores se sometieron a trabajos de limpieza y de consolidación utilizando para ello resinas acrílicas.

Trascurridos más de 15 años desde estas actuaciones, el grado de limpieza es muy aceptable, aunque comienzan a aparecer enmugrecimientos en las fachadas más próximas al Paseo de Reina Cristina. Pueden apreciarse cambios cromáticos debido a tratamientos aplicados que provocan principalmente un brillo en la superficie de los materiales.

Existen además procesos de desplacados y de figuración que no afectan a la estructura del edificio pero estéticamente se detectan en las fachadas exteriores, afectando las placas de caliza blanca y negra, y en los muros interiores de las galerías y el zagúan.

Las fisuras presentes en el zaguán afectaron al revestimiento de mosaico. Esto unido a la importante cantidad de pérdidas y deterioros que presentaban las teselas del mosaico, hizo que en año 2003 se acometiera una obra de restauración del mosaico por el musivario (artista que confecciona mosaicos), D. José Luna. También se cerraron las fisuras existentes en las galerías y se procedió al pintado de los paramentos, así como al arreglo de las vidrieras.