Biobar y bioFOX, dos extensiones Mozilla-Firefox bastante útiles para usuarios de la bioinformática

Hace tiempo la gente de mi laboratorio descubrió una extensión de Mozilla y Firefox que les facilitaba la vida: Biobar. Personalmente por mi trabajo nunca la había instalado, ni mucho menos usado, y tenía curiosidad por ver si servía tanto como parecía. He de reconocer que me he llevado una muy grata impresión. Aquí está mi evaluación personal…
Para instalarla, lo primero de todo es conocer el sitio web donde se encuentra disponible: http://biobar.mozdev.org. Una vez obtenida e instalada (en este instante, la versión 1.3.2) la versión correspondiente a tu navegador (Mozilla o Firefox/Camino), y después de haberlo reiniciado (¡muy importante!), aparece como una barra adicional en el navegador, justo debajo de la barra de Bookmarks. A simple vista se puede apreciar que es una barra de búsquedas totalmente enfocada al acceso en línea de recursos bioinformáticos. Dicha barra dispone de un menú de acceso directo a los principales portales bioinformáticos existentes (el dibujito de la izquierda), un par de menús desplegables para especificar el tipo de búsqueda recuperación que se quiere realizar (por accession en UniProt, una búsqueda de texto libre en PDBsum, o incluso en varios sitios a la vez), y un campo donde escribimos el dato a buscar. Además, dicha barra dispone de un campo dedicado exclusivamente a la búsqueda de estructuras PDB por su identificador, y la extensión que la genera permite además añadir enlaces propios al menú de acceso directo. Dentro del sitio web hay también documentación que describe como integrar servicios adicionales de búsqueda en Biobar.

Probando Biobar descubrí que dicha extensión había creado un submenú nuevo dentro del menú Tools, donde están disponibles varias opciones (opciones de Biobar, mostrar el directorio del mismo, personalizar el menú de búsqueda, etc…). La que más me intrigó fue ‘Install bioFOX‘, dado que no estaba muy bien documentada que digamos. Indagando un poco con Google me encontré con que es una extensión complementaria a Biobar, desarrollada por Saleem Mohammed en la Universidad de Nebraska-Lincoln. Esta extensión es complementaria a Biobar, dado que está especializada en la ejecución de servicios web bioinformáticos (alineamientos múltiples, búsquedas BLAST, búsquedas de motivos, etc…).

Al pinchar en Install bioFOX se inicia en segundo plano la descarga e instalación de la extensión, versión 0.3, pero he de advertiros que ¡no se descarga la versión más moderna! Actualmente la última versión es la 1.1 (bastante mejor), y que se encuentra disponible en su sitio de mozdev (ver en los enlaces). A diferencia de Biobar, una vez descargada e instalada bioFOX (y reiniciado el navegador), nos encontramos con que el autor ha optado por implementarla como un panel lateral del navegador, con lo que la forma de invocarla es yendo al menú View->Sidebar, y activándola. Dado que hay servicios bioinformáticos que devuelven los resultados en forma de un correo electrónico, lo primero que hay que hacer es poner una dirección de correo electrónico en las opciones de configuración de la extensión (menú Options->Preferences del panel).

Esta extensión realiza las ejecuciones basándose en el texto seleccionado en el navegador, con lo que se presenta el problema de la gallina y el huevo: ¿cómo empezar? Para ello, este panel permite crear un workspace, que es básicamente una página en blanco con un campo donde pegaremos la información a buscar, y que genera una página local con dicha información una vez pinchemos en ‘Submit’. Una vez nos aparezca la página, sólo tenemos que seleccionar el texto, y pinchar en alguno de los servicios que aparecen en el panel, que automáticamente se encarga de invocar el servicio con esa información seleccionada como entrada. Cada invocación genera una ventana o tabulador nuevo en el navegador: si el servicio necesita parámetros adicionales, entonces la página que se abrirá será la correspondiente a dichos parámetros; si el servicio se puede ejecutar tal cuál, pues entonces la página que se abrirá será la de información del mismo. Una vez tengamos los resultados, si queremos seguir buscando sólo tendremos que seleccionar lo que nos interese, pinchar en el servicio, ¡y a esperar la siguiente respuesta! Además, introduce en el menú contextual la opción de realizar una búsqueda PubMed o Scirus del texto seleccionado, con lo que permite de un plumazo ver si hay artículos disponibles relacionados. Por último, también es posible instalar Biobar desde bioFOX, pero personalmente esto no lo he probado.

Considero que estas extensiones son muy útiles para el biólogo que tiene conocimientos de bioinformática y que usa diariamente los recursos bioinformáticos disponibles en la red. Con estas herramientas se puede agilizar el proceso de búsqueda de información interesante, sin tener que perder tanto tiempo en visitar cada uno de los sitios web. Ya sólo queda que sus usuarios hagan ciencia.

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