Artículo «Hacia la anotación multidimensional de genomas»
Hace poco ha salido el número de Febrero correspondiente a Nature Reviews Genetics, repleto de artículos bastante interesantes. Uno de ellos cayó en mis manos por casualidad (alguién lo había dejado olvidado en la impresora), y ya sólo con el título me llamó bastante la atención: Towards Multidimensional Genome Annotation. Dicho artículo da repaso a los distintos métodos y herramientas existentes actualmente para realizar la anotación de genomas a distintos niveles, sin olvidar la necesidad de validar de forma experimental los resultados obtenidos a partir de programas. Por ejemplo, muchas veces las anotaciones de secuencia sirven para realizar anotaciones estructurales, pero esto sólo es posible si la anotación es lo suficientemente correcta.
En el artículo se toma como ejemplo la reconstrucción y anotación de redes metabólicas, mostrando la necesidad de integrar información proveniente de experimentos reales con resultados de programas, y la validación experimental posterior de las inferencias realizadas a partir de los datos interrelacionados e integrados. Actualmente casi todas las técnicas experimentales pueden tener la etiqueta de High Throughput: es posible obtener mucha información sobre sistemas completos en muy poco tiempo. El problema estriba muchas veces en realizar un análisis adecuado de toda esa información, para evitar la aparición de los temidos falsos positivos y quimeras.
Como muy bien se menciona en el artículo es necesario (más bien obligatorio) automatizar buena parte de este trabajo. Si existen las herramientas adecuadas para ello, como ocurre en este caso con las Pathway Tools (artículo), habrá que validar los resultados generados de forma automática. Si no existen dichas herramientas, posiblemente haya que crearlas antes de abordar cualquier tipo de anotación a nivel de genomas completos (o contratar a muchos becarios…).
Para terminar: a aquellos que tengais acceso al texto completo del artículo os recomiendo que os lo leais, incluso aunque no esté relacionado con vuestro trabajo cotidiano. Para el resto de los mortales: a esperar al menos 6 meses o un año, y a conformarse con las miguitas del Abstract.
Un artículo muy interesante. Ahora mismo la anotación de genomas, excluyendo proyectos como Ensembl, USCS y encode (en organismos específicos flybase, wormbase, SGD…) esta bastante limitada a lo que llaman en el paper 1ª dimension.
Y aún así, esta anotación es muy básica y relativamente incongruente con evidencias publicadas. Por ejemplo, las familias de proteínas no estan bien resueltas. Para realizar comparaciones entre genomas de suficiente calidad no queda otra que irse a servidores como Vista o PIP-maker…
Un gran artículo, al menos muy ilustrativo.