Buscadores de compuestos químicos

Muchas veces, trabajando en nuestro nicho dentro de la bioinformática, nos olvidamos de herramientas que son útiles sólo a un sector muy concreto de usuarios, como es el caso de las herramientas relacionadas con compuestos químicos y pequeñas moléculas. Al intentar aplicar la bioinformática a problemas de la vida real (por ejemplo, biorremediación y biodegradación) nos encontramos con que las herramientas típicas sólo se pueden usar de forma limitada.

En el caso de los compuestos químicos y las pequeñas moléculas podemos encontrar en la red unos cuantos sitios interesantes que precisamente se dedican a proporcionar servicios de búsqueda sobre esto compuestos y moléculas. Esta información de por sí está bastante extendida, pero el valor añadido está en que los buscadores que la suministran también dan información acerca de las rutas metabólicas clasificadas que son capaces de degradar esos compuestos, y qué organismos (muchas veces, bacterias) poseen dichas rutas metabólicas en su metabolismo.

Toda esta noticia comenzó cuando compañeros del grupo donde trabajo me pasaron el enlace de QueryChem, un sitio web que proporciona servicios de búsqueda combinados por compuesto y por artículo relacionado. En ese momento empecé a indagar sobre este servicio, y descubrí que hay bastantes servicios básicos (no todos derivados de la bioinformática) relacionados con el tema:

• ChemBank: Sitio web que recopila información obtenida a partir de experimentos con pequeñas moléculas, y que está enfocado a proporcionar herramientas que orienten en investigaciones tanto a nivel biológico como a nivel médico.
• PubChem: Este servicio del NCBI (National Center for Biotechnology Information) proporciona información de las actividades biológicas de las pequeñas moléculas. El gran valor añadido de este servicio es que se encuentra integrado con el sistema de información Entrez del NCBI.
• eMolecules (antes conocido como chmoogle): Buscador que permite buscar subestructuras y pequeñas moléculas tanto por nombre como por sustrato. Según el sitio web «¿estais preparados para la auténtica chemoinformática?» (siento el palabro).
• ZINC: Una base de datos no comercial y de libre disposición que almacena información sobre compuestos comerciales disponibles para screening virtual.

Para el tema de biorremediación y biodegradación en bioinformática escribiré próximamente otro artículo, dado su peso específico.