ORC: Open Regulatory Competition
Últimamente parece que lo que publico en este blog tiene que ver competiciones en Bioinformática ¿Será por la llegada del verano y de las competiciones internacionales 😉 ? En esta ocasión, voy a hablar de ORC (Open Regulatory Competition), un sistema diseñado para permitir a los investigadores interesados en transcripción y regulación de genes ejecutar y comparar conjuntos de programas de predicción (de genes, de sitios de transcripción, etc…).
A diferencia de otras competiciones, ORC está centrada en la experiencia personal del usuario: cada usuario puede crear su propio conjunto de programas a probar, sin ningún tipo de restricción a la hora de modificarlo o eliminarlo. Los programas son añadidos por personas o laboratorios mediante el uso de la plataforma peer-to-peer Chinook. Esta versatilidad a la hora de evaluar qué programa de predicción es el más adecuado (cada usuario decide qué programas probar, y cuáles son los conjuntos de datos de prueba) hace de Chinook una herramienta muy útil a la hora de elegir el proceso de predicción que queremos aplicar sobre un genoma recién secuenciado.
Una característica interesante de ORC es que sus desarrolladores han creado también ORCWiki, un wiki lleno de documentación donde encontrar introducciones al sistema completo, casos de prueba, cómo desarrollar para ORC, etc… Por último, hay que destacar que también hay disponible un servicio web para evaluar los algoritmos integrados en ORC con tus propios datos sin tener que instalar nada. La única pega que les veo a ambos es que están instalados en un puerto distinto del HTTP, con lo que la gente que acceda a internet a través de un firewall puede tener problemas de acceso.
Por último, el código fuente de este sistema está bajo licencia GNU LGPL v2, lo que permite que lo podamos usar y ampliar mientras no lo modifiquemos.
Enlaces:
OYE ME GUSTA TU PAGINA PERO MIRA ME GUSTARIA SABER ESTE ORCCOMO FUNCIONA EN UN SCANNER GRACIAS POR TU ATENCION PRESTADA TATYS