aGEM, nueva herramienta bioinformática para el estudio de la expresión génica en ratón
Mis colegas del INB Natalia y Joan me pidieron que le echara un vistazo a su nuevo sistema. aGEM (anatomical Gene Expression Mapping) es una plataforma concebida para integrar información fenotípica con la distribución espacial y temporal de conjuntos de genes expresados en ratón.
Según sus autores, esta plataforma proporciona la información necesaria para responder a tres preguntas:
- ¿Qué genes se expresan en un determinado componente anatómico del ratón?
- ¿En qué estructuras anatómicas se expresa un gen o un conjunto de genes?
- ¿Hay alguna correlación entre estos hallazgos?
Esta plataforma proporciona un visor de consultas que empieza a partir de los nombres de un conjunto de genes o los identificadores de un conjunto de estructuras anatómicas (provenientes de una serie de bases de datos, como EMAP). A partir de ahí se obtiene toda la información relacionada, con la posibilidad de inspeccionar cada uno de los datos encontrados (p.ej. estados de desarrollo, enfermedades de OMIM, genes relacionados, mapas de expresión, etc…).
Si quereis probar, o bien leer más sobre el proyecto en el que está enmarcado aGEM, os recomiendo visitar los siguientes enlaces: