Aprendiendo a usar Ensembl por la red
Haciendo un pequeño paréntesis en mi serie de entradas sobre los orígenes de la bioinformática ha llegado el momento de hablar del material online disponible para aprender a sacarle el máximo partido a Ensembl. Almorzando hoy con mis compañeros de trabajo, Osvaldo mencionó que en la web de Ensembl había una serie de vídeos descriptivos de sus distintas características, y que servían para empezar a entrar en la herramienta.
La web de los tutoriales en vídeo es http://www.ensembl.org/info/website/tutorials/index.html, donde podéis encontrar no sólo la parte audiovisual, sino también presentaciones y mini-cursillos. Todos estos contenidos están en inglés, y los vídeos, al estar almacenados en YouTube, son susceptibles de ser subtitulados para facilitar la tarea de aprendizaje a discapacitados o gente que lea de forma fluida inglés pero no lo entienda de forma fluida.
Poco a poco, es cada vez más común encontrar este tipo de material asociado a herramientas bioinformáticas y sitios web, debido a la proliferación de sitios web como SciVee o SlideShare, que permiten con muy pocos costes difundir tu presentación en audio, vídeo y transparencias.
Y ahora, uno de los vídeos disponibles, el de la introducción a BioMart:
[youtube]http://www.youtube.com/watch?v=DXPaBdPM2vs[/youtube]
[…] Poco a poco, es cada vez más común encontrar este tipo de material asociado a herramientas bioinformáticas y sitios … [Seguir leyendo…] blogs madri+d Master Site Feed […]
Necesito saber sobre el gen CAV3
1. Si algún transcrito del gen codifica una proteína/s, ¿Existe/n esta/s en la
base de datos PDB (External References en Ensembl)?. Si es así,
consigue su estructura tridimensional en forma gráfica (foto).
2. Obtén la secuencia del los distintos transcritos en formato FASTA
3. Busca si el gen tiene SNPs no sinónimas y muestra una tabla donde se
indique el cambio de base, la localización y el efecto si fuera conocido.
ES MI PRIMER AÑO EN EL GRADO EN BIOLOGÍA Y NECESITO AYUDA SOBRE ESTO!