Archivo de octubre, 2011

Recompensas por desarrollar algoritmos de compresión para NGS

Muchos de vosotros estareis familiarizados con los sistemas de concursos y recompensas usados por empresas de las tecnologías de la información, como por ejemplo Google con su GSoC (Google Summer of Code) anual, Microsoft ofreciendo una recompensa por suministrar información de botnets, o los premios ofrecidos en la conferencia BlackHat por conseguir determinados tipos de hackeos. Este mismo sistema para espolear la innovación en un sector en concreto ha sido adoptado por la Pistoia Alliance, según aparece en la noticia del 25 de Octubre de 2011 de Bio-IT World (encontrada por Christian Blaschke).

Esta alianza está compuesta por más de 50 compañías y grupos de investigación del área de ciencias de la vida, y han anunciado el lanzamiento de una competición para encontrar el mejor algoritmo de compresión para datos de ultrasecuenciación. Las tecnologías de ultrasecuenciación se están usando actualmente para realizar multitud de experimentos, tanto a nivel de investigación básica (por ejemplo, secuenciación de organismos, proyecto de los 1000 genomas, estudios de genética de poblaciones), como de investigación aplicada a nivel hospitalario, para el estudio de las alteraciones a nivel génico en un paciente de cáncer, o el estudio de enfermedades raras. El problema surge cuando empiezan a acumularse los datos de estos experimentos, ya que cada uno de ellos puede generar fácilmente varios gigabytes de información. El problema de comprimir un conjunto enorme de secuencias no es nuevo en el mundo de la bioinformática, pero no hay una solución definitiva.

La competición se llama Pistoia Alliance Sequence Squeeze Competition, y en ella los participantes tienen que crear algoritmos de código abierto que permitan comprimir datos de ultrasecuenciación en formato FASTQ lo más posible, sin pérdida de información. Los jueces de la competición tendrán que evaluar distintos parámetros de estos algoritmos, como por ejemplo la razón de compresión, la velocidad de compresión y descompresión, si el algoritmo permite descompresión sobre la marcha, etc… El premio para quienes ganen la competición es de $15000, y dicha competición está abierta hasta el 15 de Marzo de 2012.

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