Los antecedentes de la actual Facultad de Farmacia de Madrid se retrotraen a principios del siglo XIX, cuando se ordena la creación de un Colegio de Farmacia en Madrid que sirviera como modelo a todos los que, con posterioridad, se fuesen estableciendo en distintas partes de España. La primera sede que tuvo el Colegio de Farmacia de San Fernando estuvo ubicada en la calle del Barco; allí permaneció hasta 1830, en que se produce su traslado a la actual calle de la Farmacia.

El edificio del Real Colegio de Farmacia fue proyectado por el arquitecto alavés Pedro de Zengotita Vengoa. En 1944 se produce el traslado de la Facultad de Farmacia a su actual ubicación, en la Ciudad Universitaria.