El Real Gabinete de Historia Natural fue cambiando su nombre a lo largo del siglo XIX: En 1815, Real Museo de Ciencias naturales; en 1847: Museo de Historia Natural; en 1857: Museo de Ciencias Naturales de Madrid… hasta convertirse en 1913 por R. O. de 26 de mayo de dicho año en Museo Nacional de Ciencias Naturales. En dicha fecha pasa a depender de la Junta para Ampliación de Estudios. Hoy día, el Museo Nacional de Ciencias Naturales es uno de los espacios más destacados en Madrid para la cultura científica; durante estos últimos quince años no han faltado los seminarios, cursos, conferencias, mesas redondas, exposiciones temáticas temporales y permanentes, etc., actividades, todas ellas, que contribuyen a conformar el espíritu científico y divulgativo inherente a este Centro.

El Museo Nacional de Ciencias Naturales se encuentra ubicado en el antiguo Palacio de Exposiciones de las Artes y la Industria, proyectado por Fernando de la Torriente y finalizado, en 1887, por Emilio Boix Merino.