La Bioinformática y los Sistemas Operativos (III): Mac OS X

Hace poco salió publicada en el blog de Jesús Calejero la noticia «Herramientas de Bioinformática con un MAC, ¿es posible?«. Aunque le pueda sonar raro a la gente de fuera de la bioinformática y la biología, los ordenadores de Apple han estado ligados desde hace bastante tiempo a los desarrollos en biología, y últimamente también en bioinformática.
        En un principio, los ordenadores Apple (con su venerable Mac OS 7,8 o 9) eran usados única y exclusivamente para la escritura de los artículos científicos y la representación de gráficas sencillas generadas en hojas de cálculo (recordad que las primeras versiones gráficas de Microsoft Word aparecieron para Mac OS, ¡no para Windows!). En aquella época era común encontrar herramientas bioinformáticas sencillas, como RasMol, que permitieran ayudar de forma visual a la elección del siguiente paso a dar en un experimento de un laboratorio experimental de biología. Sin embargo, debido a las carencias del sistema no era posible usarlo para, por ejemplo, lanzar una búsqueda Blast local de la misma manera que se hacía en un sistema Unix, o programar de forma sencilla. Parecía que los ordenadores Apple quedaban relegados sólo para realizar tareas gráficas u ofimáticas, a pesar de poseer dichas máquinas cada vez más potencia de cálculo. Si te dedicabas a la bioinformática, había que tener un ordenador para escribir los artículos y otro para desarrollar los programas.

        Sin embargo, como sucede tarde o temprano, se produjo un vuelco. Apple tomó la decisión de rehacer desde los cimientos su sistema operativo, basándolo en FreeBSD (una variante de UNIX), y fue así como nació Mac OS X 10.0. Cuando su sistema estuvo lo suficientemente maduro (más o menos cuando salió Mac OS X 10.2) el mundo académico se puso manos a la obra a portar herramientas y código desde Unix a Mac. Como resultado, casi todo el software bioinformático que se distribuye hoy en día en código abierto es posible usarlo sin problemas. Por ejemplo, VMD (Visual Molecular Dynamics) es un software de visualización de estructuras tridimensionales bastante potente, usado por la gente que se dedica a microscopía electrónica (http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/), y que se distribuye desde hace tiempo como un paquete Mac OS X. La única pega hasta la aparición de Mac OS X 10.3 era que las aplicaciones gráficas del mundo Unix  (las basadas en X) no podían ser portadas fácilmente a Mac (algo similar a lo que ocurre con Windows), pero a partir de esa versión el sistema operativo de la manzana viene con uno de serie.

        Hoy en día hay muchas aplicaciones bioinformáticas gráficas basadas en Java que funcionan sin problemas en Mac OS X, Linux/Unix y Windows (por ejemplo, JalView, Jmol o Taverna). Además, cada vez hay más desarrolladores que añaden a sus programas Java las 3 líneas de código necesarias para que sus aplicaciones se integren mejor en Mac OS X, lo cuál augura un futuro brillante a Apple en el mundo científico/académico.

        En cuanto a software de bioinformática para Mac en entornos de altas prestaciones, no sé si conoceis Xgrid. Una de las herramientas disponibles desde el lado de Apple es una versión de Blast «tuneada» para los procesadores de Apple y que además está integrada en el sistema de distribución de trabajos de Xgrid. Y si quereis ver una instalación de Apple Xserv dedicada a bioinformática, sólo teneis que leer el artículo sobre una de las granjas de computación que tiene el Grupo de Diseño de Proteínas.