Un widget bioinformático para el Dashboard de Mac OS X: ProteinGlimpse

Jaime Fernández Vera, que actualmente está terminando de realizar las prácticas del Máster en Bioinformática de la UCM, nos escribió a Jesús Calejero (y de rebote a mí), para contarnos que está realizando el desarrollo de un widget bioinformático interesante para el DashBoard de Mac OS X.

Ana Viñuela me ha informado de la reciente creación de este blog y me parece una excelente idea. ¡Enhorabuena!  🙂 Además quería presentar a todos los lectores de tu web una aplicación que he creado como parte de las prácticas del máster de bioinformática de la UCM.

Se trata de ProteinGlimpse 1.2, un widget gratuito permite recuperar y mostrar en tres dimensiones, no sólo aquellas macromoléculas contenidas en la base de datos RCSB PDB, sino también, las moléculas -cuyos archivos con la información estructural necesaria- sean reconocidas por Jmol. Para ello únicamente se deberá arrastrar y soltar el fichero sobre el widget.

Esta aplicación del Dashboard utiliza el applet de Jmol como motor de visualización. Además se ha implementado en esta versión una nueva forma de visualización llamada balls and sticks y se ha mejorado enormemente el interfaz gráfico gracias a la inestimable colaboración de Daniel Gasco Rodríguez y ha sido desarrollada por Jaime Fernández Vera.

Los requisitos de sistema son:

  • Mac OS X Tiger (10.4x ) o superior
  • Y, para poder bajarse las macromoléculas de la base de datos RCSB PDB, conexión a Internet.

La URL de descarga es http://homepage.mac.com/eludens/download/ProteinGlimpse1_2.wdgt.zip

Personalmente, tengo que «agenciarme» un Mac para probarlo y poder opinar personalmente.

P.D.: Aunque nunca lo haya mencionado, si quereis en algún momento darle difusión a algún programa o servidor de bioinformática que hayais desarrollado, sólo teneis que poneros en contacto con cualquiera de los responsables de los weblogs de bioinformática (¡es buena la democracia!).

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2 comentarios

  1. Hola a todos, estamos buscando aplicaciones de bioinformática para Mac, pero que se puedan hacer correr sobre un cluster preferntemente sobre Pooch de Mac, si saben alguna información se lo agtradeceríamos.

    Saludos desde Ecuador

  2. Hola que software puedo utilizar para construir HMM(MODELOS DE MARKOV) HACIENDO UN alineamiento de secuenias O LO PUEDO HACER MANUALMENTE SI ME PUEDEN AYUDAR

    GRACIAS

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