Consejos para un estudiante de Biología

Ayer mandó Manuel Álvaro un mensaje pidiendo consejo. Es un estudiante de 2º de Biología de Madrid (no especificó la Universidad) que se ha apuntado para el próximo curso a la asignatura de Bioinformática. En dicha asignatura tiene que hacer un programa relacionado con la biología, y escribió pidiendo asesoramiento sobre qué hacer, para evitar escribir otro simulador basado en las ecuaciones de Volterra-Lotka (de ecología matemática), que por lo visto es lo que se estila en esa asignatura.
Mi consejo por mi parte es que, ya que te interesa la bioinformática y quieres que la asignatura que vas a cursar sea eso, pues hagas un programa que alinee dos secuencias usando algún algoritmo sencillo. ¿Qué le sugeríis vosotros?

Aquí os incluyo el mensaje original del chaval:

Buenas Jose María,

Soy estudiante de 2º de biología en Madrid. Me he matriculado para el curso que viene en la asignatura de bioinformática, de la que espero aprender mucho sobre una de las disciplinas científicas, según lo veo yo, más prometedoras del siglo XXI. Enhorabuena por el blog, aunque por ahora me pierdo bastante, ya que aparte de haber trasteado un poco con los alineamientos, mi formación en bioinfo es nula. De momento, te he añadido a favoritos, y ya veremos el año que viene!

Por otro lado, se me ha ocurrido que quizá algún consejo tuyo pueda servirme de ayuda. Como te he comentado antes, el año que viene cursaré bioinfo en la universidad. Tengo que desarrollar un programa informático sobre algo relacionado con la biología, y detestaría programar otro simulador de Volterra-Lotka, como hace el 90% de los alumnos. La programación se me da bien, pero ando escasillo de ideas. Quizá a ti, que estás metido en el ajo, se te ocurra algún "topic" sobre el que desarrollar mi programa, algún problema actual de la bioinformática, cualquier cosa interesante... El consejo de todo un conocedor del mundillo sería de gran ayuda para mí  :-) 

De nuevo, te felicito por el blog. Que pases unas buenas vacaciones (o lo que queda de ellas!)

Muchas gracias de antemano,

Manuel Álvaro
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14 comentarios

  1. Jose maria, mandalo para el grupo de google, o simplemente q se contacte con uno de nosotros, aqui estamos para servirlo… 😉 saludos

  2. Miedo me da ver a un biólogo programando, pero bueno, sea:

    La Open Bioinformatics Foundation [http://www.open-bio.org/wiki/Main_Page] se dedica a escribir software libre para tareas comunes en bioinformática. Lo que está más avanzado (y lo que más se usa) es BioPerl, pero también hay BioJava, BioPython y otros. Que mire la documentación que tienen en la web y si le gusta, que contacte con ellos y les pida que le asignen alguna tarea de tamaño y dificultad adecuadas.

    En cualquier caso, los biólogos deberían dedicarse a la biología, porque alguna vez me han contratado para "arreglar" software escrito por amateurs y es horrible. Es más barato tirarlo todo a la basura y reescribirlo desde cero que tratar de reutilizar algo.

  3. Ehhh bonito lo primero, manchas en lo segundo, conosco proyectos de gran embergadura, programads exclusivamente por BIOLOGOS, por que tienen el entendimiento excelente de la VIDA, cosa que aprender a programar es cosa de jugar, ahora si te topaste con pesimos trabajos, no los manches a todos, el quiere aprender que aprenda! y si es programar no hay problema. Anda aprendete BIOLOGIA te reto!!!!

  5. Evitemos alimentarte, siempre escribo rapido, por atender otras cosas, o siempre te la pasas "corrigiendo" los mensajes que te llegan o lees, sr: "ing"? si lo seras, Caso Cerrado "rebeldin".

  6. Ey muchachos! paz.. 🙂 No me parece nada bien que informáticos y biólogos estén discutiendo, más aun, sobre un tema donde deberían cooperar, no discutir… Yo creo que cualquier persona tiene la misma capacidad para hacer lo que le guste o lo que interese, más allá de estar "titulado" como una u otra cosa, si a un biólogo le gusta programar, bueno, que aprenda y que programe, si un informático quiere meterse en el laboratorio (como yo.. jiji), bueno, que haga lo mejor que pueda y que se meta. Ambas disciplinas me parecen muy interesantes y para nada fáciles y nadie le va a sacar el puesto al otro, acá la cosa es cooperar y enriquecer la ciencia.

  7. hola.. me gustaria saber en donde puedo poner algunas dudas de biologia celular que tengo.. estudio 1er semestre de biologia en la universidad nacional .. colombia..

    a donde puedo escribir o quien me puede ayudar

  8. Hola Rafael,

    Vero, Angelo y yo misma formamos parte de un grupo de hispanohablantes empeñados en divulgar la bioinformática en nuestro idioma. En poco tiempo, esperemos que no más de un par de meses, aparecerá un portal de bioinformática en español para que plantees tus dudas y que cualquiera pueda ayudarte. (Por cierto, que puedes leer algo sobre el origen de esta idea en este mismo blog en una entrada del 1 de Feb de 2005).

    Por el momento, te invito a mandarnos un correo a cualquiera de nosotros tres, y distribuiremos tus dudas entre los miembros del grupo para que aquellos que puedan, te echen una mano.

    Un saludo.

  9. En Febrero de 2005 todavía no existía el blog, y mi máquina de viajes en el tiempo se me "estropeó" la semana pasada ;-), así que creo que te refieres al 1 de Febrero de 2006, ¿no?

    Aquí está la página con los mensajes del mes de Febrero de este año:

    http://weblogs.madrimasd.org/bioinformatica/archive/2006/02.aspx

    Y si alguien encuentra un blog de Biología Molecular, estaré encantado de enlazarlo.

    En cuanto a programar, todo el mundo es libre de programar, pero también tiene que asumir la responsabilidad de lo que programa. En bioinformática, un informático puro carece al principio de casi todo el bagaje en la Biología: sus conceptos, su comprensión y el conocimiento de sus múltiples excepciones. Así mismo, un biólogo puro carece al principio de todo el bagaje en Informática: diseño, programación, algoritmos, etc… Lo común es que la colaboración entre ambos tipos de bioinformátic@s sea beneficioso para amb@s.

    Para hacer un programa de andar por casa que solo vas a usar una vez no es necesario ser un genio programador. Pero para diseñar un sistema robusto sí que hay que tener "cayo", y lo mismo para hacer un sistema eficiente. Si el programa se desarrolla en el ámbito académico, tienes recursos hardware y no se va a disitribuir te puedes permitir en cierta medida el lujo de no afinar el programa. Pero teniendo en cuenta el volumen de datos con el que actualmente se trabaja (y se va a trabajar) en bioinformática, puede ser la diferencia entre publicar un paper o no, o que te compren el software o no.

  13. me gustaria unos cansejos para ser una buena estudiant en la escuela. Aveses me dan ganas de salirme de la escuela por que me desespero mucho,

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