Orientación para un projecto relacionado con E. coli de un nuevo bioinformático
Hace un par de días Ángelo escribió pidiendo consejo para abordar un trabajo de investigación que tiene que realizar, paralelo al trabajo de tesis de otras personas. Consiste en identificar una cepa de E.coli (Enterohemorragica) O157: H7 a nivel de genes: el gen que sintetiza la toxina Shiga causante de este mal. Básicamente ha convencido al profesor que coordina esas tesis para realizar de forma paralela la misma tarea conceptual, pero mediante herramientas bioinformáticas (biología in silico), o bien apoyar con su trabajo el trabajo experimental. Aquí os incluyo el mensaje completo, para que opineis sobre qué debería hacer:
Hola Jose Maria, ¿cómo estás? Al mucho tiempo que me vuelvo a comunicar contigo, ahora con una pequeña solicitud hacia tu experiencia. Conversé con un profesor de la facu que está trabajando con unos tesistas en el area de microbiología, le convencí de realizar un trabajo paralelo al de ellos pero con herramientas y metodologías de bioinformática (siendo generales). Debido a que el profesor me conoce de mucho antes me aceptó, y con los argumentos presentados de mi parte más aún. Aunque para mí es una aventura muy interesante, del todo no estoy muy solido en cuanto a muchos conocimientos. El trabajo será (tesis) el de identificar una cepa de E.coli (Enterohemorragica) O157: H7 a nivel de genes: el gen que sintetiza la toxina Shiga causante de este mal. Bueno eso es lo que tengo de informacion despues de una charla entre los chicos, el asesor y mi persona.
Queda pendiente que me pasen más información al respecto. De mi parte sería, trabajar a nivel de genoma, para luego identificar la zona de intervención de los primers; determinar si el gen sintetiza otras proteínas; determinar la secuencia de la proteínas (Shiga I y Shiga II), y las demás interacciones que tienen estas proteínas. Estuve andando en busca de información en NCBI: encontré muchas cosas, pero ante tanta avalancha de información me desoriento aún. La pregunta es que si has tenido alguna actividad en tu labor de bioinformático que se parezca a ésta que te planteo. Espero no haberte aburrido 😛 Gracias por tu tiempo, y a la espera de tu respuesta. Que tengas buen día.
Personalmente pienso que antes de buscar más información, te plantees bien el plan de trabajo, de forma que no «mueras ahogado» bajo toda la información biológica relacionada. Determina bien cada uno de los pasos, qué piensas que vas a obtener, qué harás si encuentras o no lo que buscas, etc… Por ejemplo, podrías empezar por leerte algunos de los principales artículos sobre las proteínas que has mencionado, y buscar luego artículos que relacionen esas proteínas con otras; buscar las rutas metabólicas en las que intervienen para encontrar posibles culpables por asociación; buscar en la base de datos de enfermedades OMIM; buscar en las bases de datos de interacciones, hacer alineamientos, buscar motivos, etc…
Bueno, no he tenido la suerte de realizar un trabajo de investigación y análisis como el que va a hacer Ángelo, así que ¡seguro que hay vari@s bioinformátic@s de pro que te aconsejarán mucho mejor que yo!
el trabajo que se propone es ciertamente complejo. Lo primero, el jefe con el que este tiene que ser competente y participar activamente sino él un postdoc con experiencia en el campo. He visto a chavales dirigirse tesis de este calibre que han sido un suicidio.
Lo segundo, la composicion del equipo experimental, porque me temo que vas a necesitar hacer experimentos, con el que se trabaja, lo mismo sino hay postdocs ahí y un proyecto mas alla de sacar las tesis de los chavales para pensárselo dos veces. Ten en cuenta que vas a depender de los datos que te de el equipo de laboratorio y que lo mas probable es que les tenga que sugerir tú experimentos para ventilar las cuestiones que te iran surgiendo, sino trabajais codo a codo y en perfecta sincronización la experiencia puede ser frustrante.
Luego, no se olvide, que el bioinformático en muchos de estos grupos de biólogos experimentales se toma como un mero analizador de datos, es decir que desde este punto de vista tu no generas datos sino usas los que han generado otros, los experimentadores. Esto que a primera vista puede parece una cosa menor, en el caso de que encontreis algo interesante y se pueda publicar bien, puede ocasionar disgustos serios sobre el orden de autoria en la publicacion, el experimentador siempre ira primero y en el analizador en segundo lugar.
Como último, y perdona por el rollo, no te metas en la ciencia, piénsatelo bien antes de meterte de cabeza porque es un campo muy puto, te aconsejaría que aprovecharas esto como experiencia pero que intentaras hacer carrera en la empresa, farmaceútica lo que fuera pero de empresas, cuidado con lo académico!
un saludo y suerte
Hola Amarindo, me sorprende lo rapido que aparece un comentario por aqui. Bueno ante todo gracias por el comentario. Bueno puede parecer "complejo" como dices, más se debe a que no se explica del todo el trabajo real de los chicos (tesistas). De mi parte convenci como dice Jose, para acceder a la informacion de los tesistas y acceso al laboratorio donde realizaran los experimentos y/o demas documentacion.
Lo segundo, los asesores son de buen nivel de conocimientos te lo aseguro, aunque solo trate con 1 de ellos, luego pasare con el siguiente. Los chicos en si, cultivaran, aislaran las cepas de E.coli, purificaran el ADN y determinaran si son o no E.coli O157 H7 de las muestras obtenidas en los diversos centros de salud. Eso es un hiper resumen.
Tercero: Tambien estudio biologia igual que los chicos, y es un trabajo que aunque no se publique el contenido en la tesis no me importa si me nombran en letras minusculas, solo lo hago con el afan de coger experiencia. Y en cuanto a lo campo academico si lo comprendo, es muy pobre el apoyo por aqui a esa area. De todos modos gracias!.
Hola Angelo, el genoma de E.coli enterohemorragica está totalmente secuenciado y bueno, comentas que estudias el gen que codifica la toxina de Shiga, pero lo que no entiendo muy bien es qué queréis hacer. Es que llevo montón de años trabajando en coli (pero K-12) y dudo que no esté hecho nada con la toxina, más bien creo que no hay nada nuevo que hacer. Mira, si quieres estudiar patógenos creo que lo único interesante es ver el origen de estas toxinas y compararlas con otros sistemas y ver cómo se expresan. No sé para que quieres los primers si vas a hacer un estudio evolutivo, si lo que hacen es sobreexpresar la proteína y quieres primers para eso, todo depende del enfoque del trabajo. Te diría como ya te han comentado que lo más importante es que te organizes. Para mi, hablar de publicaciones ahora me parece que no es el tema y de autorías, ni mucho menos. Yo que tú, si realmentes quieres que te sirva cómo experiencia, trataría de ver primero qué quieren ver, elegir las herramientas bioinformáticas (esto es muy importante; dependiendo de los objetivos la cosa varía) y bueno, información tienes toda la que quieras disponible pero debes saber buscarlas. Hasta donde sé en USA se están haciendo muchísimos estudios con EHEC a nivel de expresión con microarrays y bueno, supongo que tb se harán estudios de cómo interaccíonan en el intestino la toxina con las microvellosidades intestinales,… lo mejor: IDENTIFICA LOS OBJETIVOS y SUERTE.
Ah! Por cierto, si te gusta lo académico no desesperes. Ya surgirá algo, sin duda es un mundo difícil, con muy pocas satisfacciones, mucha gente quemada, pero a veces esas poquitas satisfacciones te llenan más que todo el dinero que puedas recibir en la industria!
Suerte y ánimo
Rocio, bueno entiendo que no hay quizas mucho de nuevo que hacer al respecto, de eso soy muy conciente. Ademas aun no termino la etapa de recoleccion de informacion al respecto solo en el NCBI hay muchisima. Se que puede resultar muy trivial el trabajo, pero aqui en mi ciudad y mucho mas aun en mi pais, poco o nada se ha trabajado con esta bacteria en biologia humeda, menos en bioinfo.
Lo que mencionas de comparar las toxinas, si mencionamos esa posibilidad en la reunion con el cordinador. Pero sera mas adelante, de todos modos yo no trabajare a nivel de laboratorio, los primer’s y todo eso lo usaran los tesistas, ademas no se puede hacer gran cosa, por la pobre financiacion que tiene el trabajo. Es con un mero fin de formacion de mi parte. No es mi intencion que los chicos incorporen el material que disponga en su tesis, por que ellos estan perdidos entendiendo esto. Asi hay voy lento y seguro en el camino de esta pequeña aventura del conocimiento :P. Saludos!
Hola Angelo,
No sé si tenéis idea de ello (yo sólo de oídas) pero se puede hacer PCR in silico. Te lo digo por el consiguiente ahorro en primers! Yo (por darte una idea) lo que haría sería identificar los genes de las toxinas y ver a qué se parecen… por ejemplo identificar regiones funcionales, si existe algún tipo de pattern bien conservado y luego, buscar proteínas identificadas en organismos (no bacterias) que tengan ese pattern. Podríais ver así el origen de esas proteínas y bueno, variaciones in silico de la estructuras, temas de docking con moléculas para inhibir su acción… puede dar juego.
Ánimo y bueno, aquí por España en algunos sitios tampoco tenemos mucho presupuesto. Todo se soluciona con mucha imaginación. Saludos
Gracias gracias. Tomare nota de lo propuesto. Hoy me encontre con los tesinos y les comente de muchas cosas. Ellos me pidieron si te podrias poner en contacto con ellos (via mail) ellos estan muy ansiosos de conocer mas y mas sobre la tesis que estan realizando. Es una cuestion de imaginarse no¿?. Aunque tengas experiencia en E.coli K12 no se si se las podrias comparir un poco a los chicos. Que te parece Rocio¿? y para cualquier otra persona que desee prestar orientacion. Los correos de los chicos son:
giancarlo_83_4(EN)hotmail(.)com
fasa1584(EN)gmail(.)com
El mio esta en el mismo post. Bueno estamos en contacto, saludos!
Hola Angelo. Pues mi tesis no tiene nada que ver con bioinformatica pq es genética bacteriana clásica. Yo también estoy empezando en esto de la bioinformática, como tú. En el post está mi mail por si queréis escribirme… pero no sé yo si soy una ayuda muy cualificada! Lo que te comentaba de la PCR in silico es como una especie de PCR-RFLP. Primero diseñas los primers in silico y luego los envías a la base de datos o a las secuencias genómicas q tú quieras. Hay varios programas en internet y yo he visto hacer algo parecido con un script de Bioperl para la comparación de 2 genomas. No tengo el script, sino te lo enviaría, pero yo no lo entendía muy bien. El caso es que se pueden generar oligos a partir de secuencias de alineamientos múltiples, por ejemplo, y diseñar reaccíones de restricción… dudo que no haya programas que hagan esto a la vez. Ahora yo aquí pido ayuda tb a los bioinformáticos pq ellos te pueden ayudar mejor que yo y de paso, si alguien tiene idea de esto, que lo comente en el post y así aprendemos todos.
Saludos,
Rocio
Bueno entendi de otra forma eso de PCR in silico, si tienes la data completa del genoma de un organismo, pues se puede hacer muchas cosas con eso, y con las herramientas de bioinfo, bioperl, python, etc. Bueno con respecto a la tesis, a los chicos les interesaria de todos modos, nunca esta poder aprender algo mas. No obtengo el mail en el coment (eso no se publica) pero el mio si aparece en la post original. Podemos aprender más, seria muy interesante compartir un poco, ya que estamos en el mismo camino hacia la bioinfo. Saludos!