Limitaciones de la Bioinformática
Hace un par de días escribió Esteban, un estudiante de Venezuela, preguntando sobre las limitaciones de la Bioinformática (que, por cierto, no son pocas). Empezaré primero por incluir su pregunta completa:
Saludos, soy estudiante de informática en Venezuela y estoy realizando un investigación sobre BioInformática. A esta investigación le quiero agregar una parte que incluya las limitaciones de esta ciencia, agradecería si me pueden indicar alguna fuente de donde pueda sacar información.
Actualmente la bioinformática tiene muchas limitaciones, pensando en los objetivos últimos que pretende alcanzar: identificación perfecta de los genes dentro de cualquier genoma, junto con todas las posibles traducciones a proteína; predicción perfecta de la estructura tridimensional de las proteínas, junto con sus propiedades (motivos, sitios de unión, dinámica molecular); interacciones entre proteínas y otros partifipantes (ADN, ARN, pequeñas moléculas, toxinas), y descubrimiento y comprensión de las rutas metabólicas existentes en las que participan en influyen; identificación de las funciones de las distintas proteínas, interacciones y rutas metabólicas, etc… Básicamente, la bioinformática está todavía en pañales.
Resumiendo mucho (y perdón por adelantado por las posibles barbaridades que vaya a escribir), la mayor parte de las técnicas y sistemas encontrados en bioinformática se basan en interpolar información a partir de la ya existente. Son muy comunes técnicas del estilo de anotación por semejanza y ‘culpable por asociación’. Eso funcionaría bien si dispusieramos de bastante información biológica significativa, organizada de forma coherente. Pero la realidad es que por un lado nuestros repositorios de información son incompletos, parte de su información está desfasada o es incorrecta y están sesgados, y por otro lado, que los actuales experimentos de laboratorio generan más información de la que podemos procesar satisfactoriamente con nuestros algoritmos y programas.
A estos hechos se une que no comprendemos con suficiente detalle el comportamiento de los distintos sistemas biológicos, y que cuando los comprendemos no somos capaces de simularlos con suficiente detalle. Para colmo, buena parte de la información que poseemos no está lo suficientemente cohesionada (a pesar de estar relacionada), está representada basándose en paradigmas conceptuales ligeramente distintos entre sí y se encuentra distribuída.
Muchas veces el problema es tener acceso a la información adecuada, porque simplemente no sabemos que existe ni dónde está. Otras tantas veces el problema es disponer de la capacidad computacional necesaria para procesar la información relacionada con el problema que queremos resolver. Y el resto de veces simplemente no disponemos de las técnicas adecuadas.
Siento haber sido tan pesimista. Pero mirándolo por el lado positivo, sólo podemos mejorar.