¿Existe la Bioinformática?
Hace una semana mandó Chevi una disertación bastante extensa acerca de si existe la Bioinformática, tras haber asistido a la escuela invernal de Bioinformática celebrada en Bolonia. Advierto que esta disertación puede que levante ampollas, pero quizás por eso es muy interesante: es (¡por fin!) una opinión discordante de lo publicado habitualmente en este weblog, y que llega a una conclusión muy cierta. Aquí está el texto completo de la disertación:
¿Existe la Bioinformática? Esa misma pregunta me hice yo la semana pasada, semana en la que asistí a la escuela invernal de Bioinformática celebrada en Bolonia. Y al finalizar dicho curso, tuve la respuesta clara y nítida…NO. Por un lado, tenemos un montón de biólogos y químicos que necesitan de las nuevas tecnologías de la información para poder trabajar y que utilizan esas herramientas sin saber si son o no las más adecuadas. Y por otro lado, un puñado de informáticos que lo único que buscan son montañas de datos (sin importar mucho que significan) para poder aplicar sus herramientas de extracción de conocimiento. Ambos grupos discurren de manera separada e independiente, siendo el primero de ellos el mayoritario y controla la mayoría de cursos y congresos.
Mi opinión es la siguiente: la bioinformática tendría que ser un matrimonio bien avenido entre esos dos grupos. Los informáticos proporcionarían las mejores herramientas y los biólogos proporcionarían sus conocimientos para dar significado a los datos y resultados de los informáticos….y esto señores, por ahora existe en MUY pocas ocasiones.
¿Que opinan?
Personalmente pienso que parte de su opinión es cierta, en el sentido de que no todo el mundo que trabaja con herramientas bioinformáticas sabe interpretar lo que está obteniendo (ya venga del mundo biológico, informático u otro). También es cierto que no existe esa dicotomía tan exagerada que describe Chevi entre los que buscan en las montañas de datos y los que usan las herramientas, porque en el grupo donde trabajo la mayor parte son biólogos o bioquímicos, y trabajan con esas montañas de datos sabiendo muy bien qué tienen entre manos.
Pues como escribió Chevi, ¿qué opinais?
Como no soy bioinformático (…). Lo que cuenta Chevi es muy cierto en muchos campos. He trabajado con informáticos y matemáticos y el problema es siempre el mismo. Yo me intento acercar a sus metodologías, pero tengo límites. En general es difícil encontrar matemáticos e informáticos que quieran "leer" algo sobre la disciplina en la que quieren cooperar. Si no lo entienden cuando se lo explicas vervalmente (…) La brecha es tremendamente difícil de romper. Hablando con uno de ellos me comentaba en parte su frustración también y alegaba (creo que con razón) si yo hubiera hecho físicas sería más fácil (trabajo en medio ambiente).
Lo malo es que esto ocurre muy amenudo en proyectos que quieren aparentar ser transdisciplinares. Chivo tiene razón. Ahora bien si en un equipo hay personal de otros campos con suficientes dotes como para manejar seriamente la otra disciplina (…) la cosa cambia. Debes tener mucha suerte.
Saludos
Juanjo Ibáñez
Juanjo Ibáñez
Hola, llegar a esa conclusion chevi debe ser algo muy profundo, negar al existencia de la "bioinfo" desde tu vision, pues puede simplemente significar que no hay el personal con el suficiente interes de explotar mas alla de sus limites sus propias carreras.
No hay por que decir: "Ese no es mi trabajo", un biologo, quimico, farmaceutico, no se puede confiar de lo que haga un informatico (sin ofensas a nadie) tiene que estar 100% seguro de lo que un algoritmo que programa el personal de turno, haga lo que se le pida, para eso que tiene que hacer¿?, facil preocuparse un poco y entender lo que hace el compañero, por que eso es no?.
Sin ser especifico de la bioinfo, eso sucede en muchos entornos, donde como dice Juan jose, si son interdisciplinarios deben de tener una comunicacion muy buena, entendimiento, de lo contrario el trabajo que se realiza corre riesgo de salir mal.
Soy estudiante de biologia, me pienso dedicar al fantasma de la bioinformatica 🙂 pero me preocupo por mi propia cuenta de entender todo lo que el informatico me tenga que decir, y tambien me preocupo por que el me pueda entender en lo que le pida, si no pues como¿?, bueno mucho rollo, cada quien con su propia opiion, saludos!
He visto trabajos de Bioinformática de gente muy importante que utiliza los algoritmos de Clustering más arcaicos y que peor funcionan..por supuesto que controlan la información que manejan ya que son biólogos pero no saben que posiblemente haya un algoritmo de Clustering que mejoraría sus resultados en un 200%. Es un ejemplo de lo que quiero decir….
Un cordial saludo a todos
Hola,
Creo que Chevi tiene razón en que informáticos y biólogos "ven" este campo de dos maneras bastante diferentes. Sin embargo, eso para nada hace que la Bioinformática no exista. Simplemente la refuerza en su caracter multidisciplinar y, sobre todo, es un reflejo de que es una disciplina que esta empezando.
Es facil ver que algo similar ocurría en los inicios de la Biología Molecular. Biólogos/Médicos y Qímicos/Físicos empezaron en eso con puntos de vista totalmente diferentes. También al principio tenían sus "rozes" y ambos querían llevar el futuro de la disciplina hacia su campo: los qímico/físicos pensando que solo el numero de átomos diferenciaba un cristal de un ser vivo, y que por tanto podrían ser estudiados con las mismas técnicas; y los biólogos/médicos viendo con recelo las nuevas aproximaciones moleculares y considereandolas meras "herramientas".
Al final, el tiempo hizo que se convergiese a una disciplina nueva que no es ni Química/Fisica (no se estudian las biomoleculas desde el punto de vista de las funciones de onda, principio de incertidumbre, etc.) ni Biología "clásica" (Fisiología, etc). Sino que es algo nuevo, con un campo de conocimientos, conceptos y tecnicas experimentales propios y diferentes de los dos "padres".
Yo creo que algo similar pasará con la Bioinformática (o como quiera que se llame en el futuro). No será ni Biología Molecular que se "ayuda" de herramientas computacionales pero sin tocar sus bases conceptuales; ni ordenadores que minan datos biológicos con los mismos programas y tecnicas que minan datos de bolsa y para los que una proteína es una cadena de letras. Creo (espero) que será algo autónomo, con entidad propia y con un conjunto de conceptos y técnicas propios.
Saludos,
Hola estoy totalmente de acuerdo con la opinión que expone Sito en el comentario anterior. Ni biólogos ni informáticos, el futuro será una nueva disciplina, llámese bioinformática, biología computacional, infobiótica (este me lo acabo de inventar) o como sea. Me parece lógico que surja una nueva disciplina, nuevos estudios, que engloben la biología desde un punto de vista más sistémico, de procesos, menos descriptivo, donde la perspectiva evolutiva es clave desde mi punto de vista (ciertamente sesgado) y por otro lado esa nueva disciplina englobe los aspectos de la informática más orientados a la programación y al manejo de datos olvidándose de la electrónica digital, la estructura de los computadores etc (que es informática).
un saludo,
Antonio
Hola, me esta interesando este blog, me parece muy afinado, ..vaya que da en el quit de la question….Chevi a dado en el punto;tal vez los estadísticos podriamos estar por ahí en medio entre informáticos y biologos (con conocimientos solidos en ciecnias de la salud, claro!) porque para eso se supone que nos preparamos: en saber extraer conocimiento de los datos, haciendo inferencia estadística y análisis multivariante.Chevi tiene razón, no basta con aplicar unas técnicas estadísticas como analisis de agrupamiento o cluster sin saber lo que estas buscando, o sin un método riguroso.Lo importante es saber interpretar la salida de datos ("outputs").Pero para decir verdad, muchos estudiantes de estadística estudian superfluamente el analisis estadístico multivariante; a mí sin embargo me encanta y es tan amplio este mundo que solo me podría luego especializar en 2 o 3 métodos de la decena que existen! Hacer clustering por hacerlo no sirve de nada.La verdad es que me asusta lo que los informáticos puedan entender por analisis de datos cuando hablan de clustering….
Pues efectivamente Chevi existe un problema y grave. De una parte se encuentran los Biologos que entienden que tienen el "Know How" y lo que realizan/utilizan es solo la herramienta, así que en el fondo la desprecian aunque les sea imprescindible.
Por otra los informaticos que no se quieren ver como mera herramienta de analisis de datos pero bueno es que al fin y al cabo la informatica es una herramienta que puede ser mejor o peor utilizada.
De otra parte estamos los físicos como yo que no entendemos que se pueda montar una disciplina con tan poco sustrato, y es que todas las ramas de la ciencia hacen un uso exhaustivo de herramientas y/o proceso computacional y no por eso se inventan una disciplina