La Bioinformática y los Sistemas Operativos (IV): Bio-Linux
Revisando correos y entradas de blog antiguos, me he encontrado con que prometí hablar hace casi dos años de Bio-Linux, y no lo hice (¡mea culpa!). Además es un buen momento, viendo algunos de los comentarios preguntando dónde encontrar software bioinformático.
Bio-Linux, como muchas distribuciones Linux de hoy en día, está disponible tanto en formato Live-DVD como para instalar en cualquier ordenador. Desde la versión 4.0, esta distribución está basada en Debian, añadiendo muchísimo software bioinformático, tal como se puede consultar en la lista online. Buena parte del software en la lista es:
- Desarrollo en bioinformática: BioJava, BioPerl, BioPython, BioRuby, APE, BioConductor, MCL, etc…
- Herramientas de visualización: ACT, Artemis, ATV, Blixem, ClustalX, Jalview, maxd, MView, NJPlot, RasMol, SeaView, Staden, etc…
- Herramientas básicas: NCBI Blast, ClustalW, EMBOSS, FASTA, FastDNAml, Glimmer, HAPPY, HMMer, MrBayes, Mesquite, MUMmer, Paml, QTL Cartographer, ReadSeq, T-Coffee, TREE-PUZZLE, Wise2, etc…
Todavía no he tenido tiempo de descargarme y evaluar el Live-DVD, pero por lo que contó Jan-Jaap (un compañero de trabajo) está muy bien para temas didácticos, al llevar tantas herramientas bioinformáticas en un solo DVD. Se quejó de que era un poco lento el uso del Live-DVD en portátiles, por tener que estar leyendo cada dos por tres. En cualquier caso, el reconocimiento de hardware funciona bastante bien, porque le reconoció el hardware del portátil sin problemas.
Con este DVD teneis la posibilidad de probar muchas herramientas bioinformáticas sin el engorro de tener que instalarlas. ¡Que lo disfruteis!