Portabilidad entre el antiguo y nuevo formato de PDB

Hace unos meses escribí en una entrada de este blog sobre la transición que en ese momento se produjo del antiguo formato de PDB al nuevo, con las ventajas y los consiguientes problemas que ello iba a acarrear. Ayer Guillermo Montoya me contó que justo tenía problemas para abrir PDBs en el formato nuevo con el programa Curves (no sé la versión que está usando), y que sirve para calcular una serie de parámetros sobre un DNA irregular (que no sigue de forma exacta la distribución helicoidal) comparado con su disposición ideal. Ayer lo solucionamos usando ficheros del antiguo PDB (que obviamente estaban en formato antiguo), pero no es la mejor solución porque sólo vale para entradas que ya estaban del antiguo PDB.

Hoy Gloria Fuentes nos ha contado a Guillermo y a mí que hay un programa que permite convertir los PDBs en formato antiguo al nuevo formato, y viceversa. El programa se llama Remediator, está hecho el laboratorio de los Richardson en la Universidad de Duke, y está disponible tanto en Perl como en Python. La principal diferencia entre las dos variantes de Remediator es el uso embebido o externo del Chemical Component Library, usado para aplicar las traducciones necesarias.

Espero que os sirva de ayuda.