La Bioinformática y los Sistemas Operativos (V): DNALinux

Como ya he mencionado en varias entradas de este blog a lo largo de un par de años, hay disponibles en internet varios LiveCD y LiveDVD repletos de herramientas bioinformáticas. Y tal es el caso de DNALinux, que se encuentra referenciado desde la página inglesa de Wikipedia relacionada con el término BioLinux.

DNALinux se encuentra disponible en formato de LiveCD, y la imagen del mismo se distribuye comprimida en formato tar + 7z tanto mediante mirrors distribuidos por el mundo como mediante el popular protocolo BitTorrent. La versión actual se denomina Virtual Desktop Edition, y según su página web actualmente contiene:

• NCBI BLAST 2.2.16
• NCBI NetBLAST 2.2.16
• EMBOSS 4.1.0
• ESIM4 (EMBOSS SIM4)
• MSE 1.0.0
• Phylip 3.6b
• Biopython 1.43
• BioPerl
• Kalign 1.04
• Clustalx and Clustalw 1.83
• njplot
• Polyxmass 0.9.7
• Primer3
• Rasmol 2.7.2.1.1
• Sigma-align 1.0
• t_coffe 2.50
• xviewg
• Treeviewx 0.5.1
• hmmer 2.3.2
• NCBI-epcr
• Cn3D NCBI Database Viewer
• DDV Sequence Alignment Viewer
• Entrez NCBI Database Querying Tool
• OneD Biological Sequence Viewer
• PyMOL Molecular Graphics System
• Sequin DNA Sequence Submission Tool

Si echais en falta alguna aplicación, los autores de este LiveCD admiten sugerencias a través de correo electrónico, para así incluirla en la siguiente release.

Esperemos que a DNALinux no le pase como a otras iniciativas, que terminan quedándose congeladas con el paso del tiempo. La buena noticia es que cada vez hay más aplicaciones bioinformáticas integradas en las distribuciones de Linux, y que para otros sistemas como Mac OS X hay paquetes de programas disponibles listos para instalar.

¡Felices vacaciones!