Cuando la bioinformática se quiere volver «semántica»

Hace tiempo apareció en una de las listas de correo electrónico de BioMOBY una hebra de mensajes denominada «A request: in preparation for MOBY Annotation Jamboree«. Esta hebra básicamente trataba sobre un experimento online que se está realizando estos días, y que consiste en parte en anotar servicios bioinformáticos en MOBY. A día de hoy, los recursos bioinformáticos disponibles por la web son muy heterogéneos y caóticos, tal como ocurre con las bases de datos biológicas y bioinformáticas.

Por ello, ¿para qué sirve el MOBY Annotation Jamboree, este experimento online? Es una prueba piloto de la utilidad del conocimiento o información semántica no anotados sobre los recursos bioinformáticos que hay registrados en BioMOBY (que es menos caótico que el caso general), y cuyas conclusiones con suerte se podrán extrapolar al resto de recursos bioinformáticos accesibles por red. Ese conocimiento no anotado tiene que ver con la semántica, aplicada en las distintas fases de uso de un recurso web: entradas, salidas, qué hace el servicio, qué usa el servicio, etc… y puede significar que un análisis automatizado que use varios servicios tenga sentido o sus resultados sean una quimera.

Muchos servicios web asociados a proyectos concretos no son usables con cualquier entrada compatible, sino con información relacionada con el área de conocimiento de esos proyectos. Por ejemplo, si tenemos un servicio web nacido de un proyecto relacionado con leguminosas, lo más probable es que proporcione información sobre leguminosas. Y si esa salida se usa para alimentar un segundo servicio web que espera como entrada información de ratones, aunque a nivel sintáctico sean compatibles, a nivel semántico no tiene por qué.

Buscando símiles del bricolaje, es como un tornillo, un clavo y un martillo. Con elmartillo puedes clavar tornillos y clavos, pero obtienes mejoresresultados si clavas los clavos que los tornillos. O bien los distintostipos de pegamentos, que en algunos usos casi cualquiera servirá,mientras que en otros es mejor ir al pegamento específico de cada uso.Por ejemplo, es como un tornillo, un clavo y un martillo. Con elmartillo puedes clavar tornillos y clavos, pero obtienes mejoresresultados si clavas los clavos que los tornillos. O bien los distintostipos de pegamentos, que en algunos usos casi cualquiera servirá,mientras que en otros es mejor ir al pegamento específico de cada uso.
Volviendo al origen del mensaje, hace un par de semanas comenzó elexperimento, y todavía seguirá en marcha hasta el 10 de Noviembre. Porexperiencia personal os puedo contar que es algo tedioso participar eneste experimento, porque en ese momento te das cuenta cómo de bien (ode mal) documentados están los servicios web; cómo de fácil o difíciles comprender su funcionamiento a partir de las entradas, salidas ynombre; y cuánta información adicional hay sobre ellos en otras partes.Usar un servicio web como una caja negra es sencillo, pero si no sabeisqué podeis esperar de esa caja negra, lo mismo os estais autoengañandosobre qué responde.

Y por último, otra llamada a la participación en el MOBY Annotation Jamboree! que llegó hoy mismo: