El día a día: el programa que deja de funcionar
Como ya sabeis, la componente computacional en bioinformática es muy importante. Un porcentaje respetable de bioinformáticos hace sus propios programas, mientras que buena parte del resto usa programas de terceros. Entre los lenguajes de programación más usados en bioinformática se encuentran Python, Java, Perl y Ruby, y es común eso de pasarle a un colega el cutre-script que soluciona un pequeño problema de integración o selección de información (o que te lo pasen). Y de pronto… ¡el programa deja de funcionar de forma misteriosa!
Dependiendo de la calidad del programa escrito, muchas veces la culpa está en alguna suposición hecha por el programador original: que las bases de datos tengan un determinado formato, que los programas que llama estén en determinados sitios, etc… En pocas ocasiones son factores externos los que tienen la culpa, como puede ser un problema hardware o una actualización del sistema. Por eso esta mañana me ha llamado la atención un enlace que ha mandado mi amigo Jaime, titulado «Mac OS X Security Update 2009-001 podría romper Perl si has actualizado módulos con CPAN«, donde se explica que una de las actualizaciones de seguridad de Mac OS X, que implica una actualización de algunos de los módulos de la instalación de Perl que viene con Mac, hace que deje de funcionar todo programa que dependa del módulo IO.
¡Que os sea leve!