Comienza la andadura de la Plataforma Andaluza de Bioinformática

De forma similar a lo que pasó con CVUB, hace unos días se puso en contacto conmigo M. Gonzalo Claros de la Universidad de Málaga, para hablarme sobre los primeros pasos de la Plataforma Andaluza de Bioinformática. Esta plataforma, está administrada y hospedada físicamente por el SCBI (Centro de Supercomputación y Bioinformática de la Universidad de Málaga), el cuál también es un nodo de la Red Española de Supercomputación. La plataforma permite a los usuarios utilizar, entre otros, muchos de los programas necesarios para realizar análisis sobre resultados de experimentos de deep-sequencing o de microarrays.

Tras echarle un vistazo al listado de servicios que proporciona esta plataforma, algunos de los programas que hay disponibles en el entorno virtual son CAP3, MIRA, BioConductor Limma, AMBER, etc… Parte de estas herramientas pueden ser usadas de forma anónima vía web, pero para sacarle el máximo provecho al entorno y sus herramientas, y poder gestionar sesiones, hay que utilizar usuario y contraseña. Los requisitos mínimos para usar la plataforma son usar un navegador con soporte para Java 1.4.2 o superior para la transferencia de archivos desde y hacia las sesiones de las máquinas virtuales, y un cliente de escritorio remoto compatible con el estándar Microsoft Remote Desktop (como, por ejemplo, rdesktop).

Además, la plataforma organiza cursos de uso y aprovechamiento de las herramientas disponibles en su entorno, como por ejemplo el curso de análisis de microarrays que se celebrará el próximo 1 de Julio en el Parque Tecnológico de Andalucía (PTA). Su plazo de preinscripción termina el próximo 11 de Junio.

Enlaces

• Plataforma Andaluza de Bioinformática