Hace un par de días nos han empezado a llegar a todos los que trabajamos en bioinformática correos conteniendo el siguiente párrafo: Starting on July 1, 2011 the KEGG FTP site for academic users will be transferred from GenomeNet at Kyoto University to NPO Bioinformatics Japan, and it will be available only to paid subscribers. The publicly funded portion, the medicus directory, will continue to be freely accessible at GenomeNet. The KEGG FTP site for commercial customers managed by Pathway…

Aunque la noticia es ya antigua (me la pasó ya hace tiempo David Pisano), el mes pasado, los días 5 a 7 de Abril, se celebró en Barcelona la reunión derivada del SMAAP (Sequence Mapping And Assembly Assessment). Como ya he mencionado en el pasado en otras entradas de este blog, un assessment es una competición de una determinada área de interés científico (en este caso a nivel bioinformático), en la que una serie de grupos participantes compiten a la…

Hace unas semanas anuncié en una entrada del blog que se iba a celebrar en Málaga un curso sobre Supercomputación y NGS. En su momento asistí al curso, y tuvo una calidad superior a la esperada por los propios organizadores. Por ello, los organizadores anunciaron al final del mismo que tanto las presentaciones como los vídeos iban a estar disponibles en la web, para la gente que no tuvo la oportunidad de asistir. Pues bien, los organizadores han cumplido con…

En la entrada anterior escribí una pequeña introducción a las bases de datos biológicas y bioinformáticas, pero no hablé de lo más importante: cómo están organizadas internamente. En una base de datos normal, como la del banco o la de la compañía telefónica, están muy claros los conceptos, los campos, qué almacenar, etc… Pero esto no sirve en un mundo conceptualmente cambiante como el de las ciencias de la vida. El conocimiento disponible sobre organismos, genes, proteínas, interacciones, estructuras, rutas…

Casi todos los desarrollos que se hacen a día de hoy en bioinformática de una u otra manera hacen uso de datos almacenados en bases de datos «biológicas» o «bioinformáticas». Para aquellos de vosotros que tiene formación en ciencias de la computación, cuando escucháis base de datos empezáis a pensar en SQL, el modelo relacional, etc… Para la gente que las tiene que usar diariamente, les vendrá a la mente los gestores de bases de datos y los distintos productos…