ENCODE en 4 minutos (en inglés)
Tras el anuncio público mundial de ayer en todos los medios de comunicación, el proyecto ENCODE ha pasado de ser un desconocido (a pesar de ser un proyecto que lleva en marcha muchos años) a ser mencionado en las conversaciones de pasillo. Ya hay publicadas muchas páginas, noticias y entradas derivadas de este anuncio, hablando sobre proyecto, lo que es, etc…
Pero tal vez es el momento de volver al origen de la noticia, y por ello pongo aquí el vídeo publicado por la revista Nature y el coordinador del proyecto ENCODE, donde intenta explicar a grandes rasgos lo descubierto con el proyecto, y la utilidad del nuevo conocimiento que ahora se tiene sobre el genoma humano:
…y la Unión Europea también se decanta por el libre acceso
Hace pocas horas publiqué la entrada ‘Reino Unido también apoya el libre acceso a los resultados de ciencia pública’, en la que hablé sobre la decantación del gobierno del Reino Unido por la política del libre acceso a los resultados de investigaciones financiadas por fondos públicos a partir de 2014.
Pues bien, a través de una noticia de hoy publicada en SINC (Servicio de Información de Noticias Científicas), y corroborándolo con una noticia recién publicada en The Guardian, me he enterado que Neelie Kroos (vicepresidenta de la Comisión Europea para la Agenda de la Europa Digital) ha anunciado públicamente que a partir del comienzo del VIII Programa Marco (que se inicia en 2014) todos los resultados de proyecto de investigación financiado por fondos de la Unión Europea deberán ser accesibles públicamente, siguiendo una política similar a las que seguirá el Reino Unido (que también comenzará en 2014) y el NIH. Ya que esta decisión no es vinculante (no afecta a los proyectos financiados con fondos públicos propios de cada país), Neelie Kroos y la comisaria Máire Geoghegan-Quinn (Comisaria de Investigación e Innovación) abogan por que los estados miembros de la Unión Europea sigan el mismo camino.
Aunque coincidente en el tiempo con la del gobierno del Reino Unido, esta decisión está basada en el programa piloto Open Access que ha sido realizado durante el VII Programa Marco (todavía en vigor).
Enlaces
- Noticia del 17 de Julio publicada en SINC: “En 2014 toda la investigación financiada con dinero de la UE deberá ser de acceso abierto”
- Noticia del 17 de Julio publicada en ‘The Guardian’: “European Commission backs calls for open access to scientific research“
- Open Access Pilot del VII Programa Marco: http://ec.europa.eu/research/science-society/document_library/pdf_06/open-access-pilot_en.pdf
Reino Unido también apoya el libre acceso a los resultados de ciencia pública
Ya hace tiempo que instituciones potentes como el estadounidense NIH (National Institutes of Health) siguen una política de libre acceso a los resultados de investigaciones científicas que han sido financiadas con fondos públicos. Esa política se traduce en que, por ejemplo, los artículos resultantes de dichas investigaciones deben ser publicados en revistas de libre acceso (Open Access).
Pues bien, el gobierno del Reino Unido ha decidido que va a instaurar la política de libre acceso a los resultados de investigaciones financiadas con fondos públicos a partir del año 2014. Eso quiere decir que, todo artículo científico de investigaciones científicas financiadas con fondos públicos deberá publicarse en revistas que proporcionen acceso sin restricciones a dicho artículo.
Se parece bastante a la política del NIH, pero aquí empiezan las diferencias. Dentro de las revistas científicas de libre acceso hay dos grupos bien diferenciados: las que proporcionan acceso inmediato por web a los artículos nada más ser publicados, y las que proporcionan acceso a los artículos pasado un tiempo después de la publicación (normalmente de 6 meses a un año). En el caso del NIH se decantaron por esta última opción, mientras que en el Reino Unido están a favor de la primera.
Esta decisión tiene ciertas connotaciones financieras, debido a que la publicación en revistas de libre acceso es más cara que en revistas cerradas de acceso por suscripción. Por otro lado, a diferencia de las revistas cerradas, las revistas de libre acceso no requieren de una suscripción para acceder a los artículos en general, salvo algunas para acceder a los últimos artículos publicados hace menos de 6 meses. A la larga no será necesario gastar periódicamente tanto dinero en las suscripciones a revistas científicas, ya que poco a poco se verán obligadas a cambiar su modelo de negocios al del libre acceso.
Otra razón más es que, con las revistas científicas cerradas se dan casos de que los propios autores de un artículo no tienen derecho a acceder a su propio artículo por no disponer de una suscripción. Y la más importante de todas es que es más difícil detectar los casos de plagio y autoplagio en los artículos de revistas cerradas, al no poder accederse libremente a sus contenidos para las comprobaciones de rigor.
En esta época de recortes, ¿cuánto tardará esta idea en extenderse por el resto de la Unión Europea y llegar a España?
Enlaces
- Noticia del 17 de Julio en ‘El País’: “Libre acceso a la ciencia pública”
- Noticia del 16 de Julio en ‘CBCNews‘: “U.K. to allow open access to publicly funded research“
- Noticia del 18 de Junio en ‘ScienceInsider‘: “U.K. Panel Backs Open Access for All Publicly Funded Research Papers“
- Política de libre acceso del NIH: http://publicaccess.nih.gov/
- Web del grupo de implantación de la política de libre acceso en el Reino Unido: http://open-access.org.uk/
http://publicaccess.nih.gov/
Palabras que un bioinformático nunca quiere oír
Es verano, va siendo hora de incluir alguna entrada más distendida en el blog. Leyendo la entrada ‘Words a bioinformatician never wants to hear’ (sugerida por Pedro Fernandes), del blog comunitario de Biocoders Hub, me he encontrado algunas frases épicas, que os traduzco a continuación:
- Los datos están en estos ficheros …. (con un formato propietario y sin ninguna documentación del mismo).
- No te preocupes por quién va a mantener la nueva base de datos / monitorizar el nuevo servicio / mantener la información coherente y consistente (vamos, curada)/venir los fines de semana a reiniciar el sistema …. ¡Ya nos preocuparemos de eso más tarde!
- (Después de haber explicado que hay demasiados pocos datos de las muestras (o muy pocas muestras), o que hubo un error en la toma o el procesamiento de las muestras, lo que hace que el análisis sea imposible) No lo comprendes… ¡Realmente necesitamos esos resultados!
- Sé que dijiste que el mínimo número de datos que necesitabas para que los resultados del análisis empezaran a tener algo de rigor estadístico era de 30. Pero sólo tenemos 5, así que ¿no puedes analizarlos de alguna manera?
- (Después de proporcionar un resultado negativo o insignificante) ¿No podrías analizarlo de nuevo?
- ¿Realmente necesitas TANTO espacio de disco para esos datos de ultrasecuenciación?
Hay muchas más en la entrada de blog, pero seguro que aquellos de vosotros que os dediquéis a la bioinformática habréis escuchado muchas más. ¿Qué frases épicas os han marcado más a lo largo de vuestra carrera científica? Siendo época de vacaciones, una que me impactó hace más de un año fue “¡Las vacaciones están sobrevaloradas!”
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“El camino al infierno está empedrado de buenas intenciones”
Hay un dicho en castellano que dice “El camino al infierno está empedrado de buenas intenciones”. Es lo que me ha venido a la mente tras ver en la noticia publicada en ScienceInsider un vídeo preparado por la campaña Science: It’s a girl thing! de la Comisión Europea para intentar hacer que más las mujeres se interesen por la ciencia. El vídeo es bastante frívolo, empezando con tres modelos, que se supone que empiezan a estar interesadas en ciencia por un científico que hay detrás de su microscopio.
La web y la campaña como tal son un intento razonable de atraer a las mujeres al campo de la ciencia (menos del 32% de los investigadores de carrera son mujeres) mediante una serie de razones. Pero ese vídeo difiere bastante de la línea de la web y la campaña, y levantó bastantes ampollas por las connotaciones sexistas y frívolas del mismo. Acabo de visitar el sitio web de la campaña Science: It’s a girl thing!, y el vídeo de la polémica ha sido sustituido por otro donde una joven investigadora proporciona su testimonio sobre por qué trabaja en ciencia:
La pregunta que a todo el mundo le surge es: ¿qué lleva a que sólo haya un 32% de investigadoras de carrera, cuando áreas como la biología molecular sacan hornadas y hornadas de nuevas doctoras todos los años? ¿Qué hace que todas estas hornadas de investigadoras en potencia decidan dejar el mundo de la investigación? Aunque yo tengo mis propias ideas (inestabilidad laboral en el mundo de la investigación, por empezar por algo), seguro que hay muchas causas endémicas detrás de la decisión de “voy a abandonar la ciencia”.
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- Noticia del 22 de Junio de 2012 en ScienceInsider.
- Web de la campaña Science: It’s a girl thing!
BIOINFORMATICS 2013
Pues no, BIOINFORMATICS 2013 no es ningún número especial de la revista Bioinformatics, ni la última versión de una suite de ofimática. Por Pedro Fernandes recibí la noticia de este evento, que es la cuarta edición de una conferencia centrada en modelos bioinformáticos, métodos y algoritmos, que se va a celebrar en Barcelona del 11 al 14 de Febrero de 2013. Los manuscritos para participar como ponentes en la conferencia pueden ser enviados hasta el 20 de Julio, la fecha en la que notificarán los manuscritos admitidos es el 23 de Octubre.
Dado el tiempo que falta todavía hasta la celebración de BIOINFORMATICS 2013, el programa no está aún perfilado. Como siempre, los detalles del evento irán apareciendo en su sitio web, que albergará toda la información y las noticias relacionadas con la conferencia.
Un detalle llamativo de BIOINFORMATICS 2013 es que forma parte de BIOSTEC 2013, la sexta conferencia internacional conjunta en sistemas y tecnologías de ingeniería biomédica, y que se celebra en las mismas fechas y el mismo lugar.
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Recursos online de aprendizaje de Bioinformática
Tras la publicación anterior sobre el panorama de la Genómica en el 2012 me di cuenta de que nunca había hablado en este blog sobre el sitio Bioinformatics Training, gestionado por Pedro Fernandes. En este sitio podéis encontrar noticias sobre los próximos congresos y eventos que se van a celebrar relacionados con el ámbito de la bioinformática, noticias relevantes sobre investigación en ciencias de la vida, y las fechas de los próximos cursos que se van a celebrar, tanto en el GTPB como en diversos centros de investigación (por ejemplo, EBI).
Y además, se nota la dedicación de Pedro al mantenimiento del sitio, debido a que aparecen entradas nuevas casi a diario.
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BioSapiens
Instituto Nacional de Bioinformática