JBrowse, el nuevo visor genómico de Lincoln Stein

Gracias a David me he enterado que Lincoln Stein, creador de DAS y GBrowse (entre otros muchos protocolos, sistemas, visores y librerías) vuelve a la carga con un nuevo visor genómico: JBrowse. El artículo que describe este visor se titula “JBrowse: a next-generation genome browser”, está disponible de forma pública y ha salido publicado en la revista Genome Research.

Este nuevo visor está enfocado en derivar buena parte de la tarea de representación de la información del visor genómico en el cliente (en el navegador), transformándola en una tarea dinámica, y en eso se diferencia de sus antecesores, que hacían el trabajo pesado de representación en el lado del servidor. Por las comparativas y las tablas que aparecen en el artículo está mas que justificado este cambio, lo que significa un pasito más hacia las tecnologías AJAX en este tipo de visores. También permite que se pueda visualizar más información, y que el tiempo de respuesta del visor sea menor, al no transferirse imágenes calculadas sino sólo la información necesaria a representar.

Si algun@ se atreve a instalarlo y probarlo, ¡que comente sus experiencias! El sitio web es http://jbrowse.org/, y hay un par de enlaces a demos del visor con datos reales, como los genomas de Drosophila melanogaster y humano (hg19), o incluso la capacidad de embeber vistas en concreto del visor en TWiki. Por la pequeña prueba que he hecho, pienso que es bastante ágil, y aunque no haya podido mirar con esta pequeña prueba si realmente el consumo de recursos en el lado del servidor es menor, es totalmente plausible.

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