Otra competición bioinformática: Predict HIV Progression

En el mundo de la bioinformática hay desde hace tiempo muchas competiciones que sirven para medir el estado del arte de las técnicas existentes en determinadas áreas, como por ejemplo minería de textos (BioCreAtIvE) o predicción de estructura tridimensional de proteínas (CASP).

Acabo de descubrir una nueva competición, llamada Predict HIV Progression, también en el campo de la bioinformática. La competición requiere que se prediga la probabilidad de la infección de un paciente de VIH se vuelva menos severa, tomando como punto de partida un pequeño conjunto de datos e información clínica limitada.

Tal como aparece en la descripción de la competición, según la Organización Mundial de la Salud el virus del VIH ha causado más de 25 millones de muertes en todo el mundo desde que se reconociese como enfermedad desde 1981. Aunque desde entonces han surgido multitud de tratamientos, el virus ha ido evolucionando desde las cepas originalmente descubiertas, volviéndose paulatinamente resistente a ellos.

Disponer del mapa genético de cada cepa del virus siempre ha sido un paso importante para su comprensión. Y por ello, el objetivo principal de la competición es hacer que los participantes encuentren dentro de las secuencias genómicas de cepas del VIH marcadores que predigan un cambio en la severidad de la infección, mediante la medida de la carga viral y la cuenta de moléculas CD4.

El conjunto de entrenamiento proporcionado por la organización del concurso está compuesto de 1000 registros de pacientes, mientras que el conjunto de datos a ponderar son 692 registros de pacientes distintos de los del conjunto de entrenamiento. Como en todas estas competiciones, los ganadores de la competición tendrán asegurada al menos una publicación.

Todos los detalles los podréis encontrar en el sitio web de la competición.

Enlaces

• Noticia en publicada 6 de Mayo de 2010 en Slashdot.
• Sitio web de la competición Predict HIV Progress.