Las XII Jornadas de Bioinformática serán en Sevilla

Ya es oficial. Las XII Jornadas de Bioinformática () van a celebrarse en Sevilla, del 21 al 24 de Septiembre, en el cicCartuja (Centro de Investigaciones Científicas Isla de la Cartuja). Aunque las primeras ediciones de las Jornadas de Bioinformática se celebraban anualmente, desde hace unos años ha adoptado un formato bianual, acorde a los tiempos económicos en los que vivimos. Los coordinadores de esta duodécima edición (Damien P. Devos, Ildefonso Cases y Ana M. Rojas) quieren que las nuevas generaciones…

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TopHat 2: arreglos para algunos fallos técnicos

Una parte de la bioinformática actual gira en torno a los análisis de datos de experimentos de ultrasecuenciación: ChIP-Seq, FAIRE-Seq y DNase-Seq, exome sequecing, RNA-Seq, … Una de las herramientas es TopHat (en el momento de escribir esta entrada iba por la versión 2.0.10), que se usa en los experimentos de RNA-Seq para identificar splice junctions tipo exón-exón… Para entender qué  es esto de los splice junctions tipo exón-exón, primero hay que recordar cómo funciona la síntesis de proteínas con estos esquemas de…

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¿Por qué las publicaciones científicas están prisioneras detrás de un muro de pagos?

Normalmente, cuando veo una noticia o una entrada de un blog que es interesante para esta bitácora, intento plasmar un resumen personal del mismo, encontrar entradas independientes relacionadas en algún sentido y aportar mi granito de arena adicional, excavando un poco más en lo que he encontrado. Pero siempre hay excepciones. En el blog Priceonomics, he encontrado la entrada Why is Science behind a paywall?, publicada por Alex Mayyasi el 10 de Mayo de 2013, que pienso que merece ser…

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La tabla periódica de los elementos bioinformáticos

Una de las formas que tienen las compañías de hacer propaganda de ellas mismas es crear contenidos lúdicos o educativos relacionados con su área de negocio. A veces, esos contenidos son interesantes, como es el caso de la tabla periódica de los elementos bioinformáticos (a continuación, un pantallazo), que ha sido creada por una compañía de consultoría bioinformática: La tabla parece haber sido compuesta por gente principalmente versada en el análisis de datos de ultrasecuenciación, porque no incluye servidores ni…

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Cursos de Verano

Hace ya tiempo que no escribo en el blog, y me da pena no poder dedicarle el tiempo que se merece. Por eso, para ver si arranco de nuevo, voy a escribir sobre este curso de verano de Bioinformática. Hace más de 10 años, cuando los masters y los cursos que trataran Bioinformática y la Biología Computacional empezaron a estar más demandados, se celebró el primer Curso de Verano de la Universidad Complutense. El temario de este curso de verano,…

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CHEMDNER, la subcompetición de identificación de nombres de compuestos y drogas

Bajo el acrónimo que inicia esta entrada de blog (CHEMDNER, Chemical compound and drug name recognition task) se encuentra una de las subcompeticiones de la próxima edición de BioCreative IV (Critical Assessment of Information Extraction in Biology). Lo primero que se le viene a uno a la mente cuando lee ese acrónimo es la frase “Pero eso ¿qué es?”, con el acento más basto y cateto con el que identificamos nuestra propia ignorancia. BioCreative es una competición que se celebra para…

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Ensayos clínicos, o cómo explicar algo científico a la gente

Ayer mi amiga Gloria me mandó desde Singapur un correo de unas colegas suyas para participar en un ensayo clínico. Lo primero que viene a la mente es “para eso hay que estar presente, ¿no?”. Pues depende de lo que se vaya a ensayar… En este caso, lo que se ensayan son contenidos didácticos multimedia, relacionados con la ruta metabólica de señalización Wnt. Para medir cómo de efectivos son los contenidos, utilizan la siguiente metodología: Cada participante (tenga o no…

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