Nueva edición del Máster de Bioinformática de la UCM

Tras un pequeño descanso de medio año para sincronizarse con el curso académico universitario, comienza este mes, el 22 de Octubre, la 5ª edición el Máster de Bioinformática y Biología Computacional que se celebra en la Universidad Complutense de Madrid. Este periodo de tiempo ha servido para actualizar y reorganizar el plan de estudios del Máster de cara al curso 2007-2008, y comenzar a reformarlo para ir adecuándolo a los parámetros propuestos por la declaración de Bolonia. Uno de los…

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ClustalW, el ‘abuelo’ de los alineamientos múltiples, llega a 2.0

Cuando uno empieza en bioinformática a trabajar en temas de análisis de secuencias, lo primero que aprende es a usar herramientas como NCBI Blast para el alineamiento de secuencias y Clustal W para el alineamiento múltiple de un conjunto de ellas. Éste último programa ha sido durante mucho tiempo el estándar de facto a la hora de realizar alineamientos múltiples y calcular árboles filogenéticos, a pesar de fallos puntuales existentes en algunas versiones del programa. Justo ahora, casi 20 años…

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SciVee: el ‘YouTube’ de la ciencia

Gracias a Almudena, me he enterado de que en la versión electrónica del periódico El Mundo el pasado viernes apareció una noticia sobre SciVee, que a grandes rasgos es como un YouTube de ciencia. Tomando prestados fragmentos de un par de párrafos de la noticia original: Ví­deos de cientí­ficos dando a conocer sus resultados. Grosso modo, esto es lo que se puede encontrar en SciVee, una página web realizada por y para investigadores y que sigue una estructura parecida a…

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Extensiones de OpenOffice para cálculo científico (II): R and Calc

Tal como conté en la entrada anterior, dentro de poco se va a celebrar en Barcelona el OOoCon 2007, la principal conferencia de anual de OpenOffice, y echándole un vistazo al programa de la conferencia, me encontré con un par de ponencias asociadas a nuevas extensiones de OpenOffice, potencialmente útiles para el cálculo científico: Tavernalc y R and Calc. En esta entrada hablo de esta segunda extensión, la cuál he tenido el gusto de probar esta misma mañana.

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Extensiones de OpenOffice para cálculo científico (I): Tavernalc

OpenOffice se usa cada día más en el trabajo bioinformático diario, no por ser la mejor suite de ofimática (que no lo es), ni por ser gratuita. Una de las razones principales es que, pese a sus limitaciones, OpenOffice se puede ejecutar tanto en nuestro portátil como en la misma estación de trabajo que usamos para crear nuestros programas en C, Java, Perl o Python y para lanzar BLAST, HMMER, R, ClustalW, CD-HIT o Coot. ¡Y esto ahorra mucho tiempo…

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Polémica con el reciente cambio en PDB

Como pudisteis leer en una noticia anterior, el nuevo formato de fichero v3 de la base de datos PDB es incompatible en algunos aspectos con las versiones anteriores. Eso provoca que algunos programas tengan que ser actualizados. Pero este cambio en el formato además ha traido una gran polémica tras de sí, relacionada con la representación de las moléculas de agua. Gracias a las indicaciones de Gloria Fuentes, que está suscrita a la lista de distribución de PDB, he leído…

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También en Portugal se mueve la Bioinformática

Hace unos días recibí un mensaje un tanto críptico (de Hugo Rico) a través del sistema de mensajes del weblog, en portugués. Tras leérmelo, y consultar la web referenciada en el mismo, entendí que hacía referencia a una carrera de segundo ciclo en la Universidade do Minho, en Braga, Portugal, sobre bioinformática. Esta titulación portuguesa de bioinformática ha surgido tras la reorganización de las carreras universitarias, provocada por la declaración de Bolonia, y se engloba en el marco de la…

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