Cambios del formato y base de datos PDB: 3.1

El verano es esa época del año en la que estás a punto de irte de vacaciones ¡y te llega una «sorpresa» que te las atraganta! Para que este año no desmerezca con respecto a los anteriores, la sorpresa viene del lado de la base de datos PDB (Protein Data Bank). La evolución de los métodos experimentales, el conocimiento funcionalde las proteínas, y los métodos usados para procesar PDB ha hecho quecada vez haya más inconsistencias en esta base de…

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Cuando una base de datos deja de serlo

Por mi «especialidad» estoy acostumbrado a trabajar con muchas fuentes de información simultáneas: bases de datos biológicas, resultados de programas, servicios web, etc… Últimamente he tenido que trabajar bastante con bases de datos que proporcionan información sobre interacciones entre proteínas, como IntAct, DIP, MIPS/Mammalian, MIPS/Yeast, HPRD, BioGRID, MINT, … y BIND.

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Nature y Science rechazan los manuscritos enviados en formato Word 2007

Pues sí, los manuscritos en el nuevo formato de fichero de Microsoft Word 2007, Open Office XML, están siendo sistemáticamente rechazados por las revistas científicas más prestigiosas: Nature, Science, todas las publicaciones científicas de Wiley, etc… La razón detrás de esta decisión no es política, sino técnica. Estas revistas están encontrando muchos problemas para integrar el nuevo formato de documento de Microsoft en sus protocolos y sistemas de publicación, debido en gran medida a que las ecuaciones son renderizadas en…

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Cursos GTPB en Portugal

Hoy me ha llegado la siguiente información sobre los cursos del Gulbenkian Training Programme in Bioinformatics: El programa de cursos GTPB en Portugal accepta con placer inscripciones encualquiera de sus cursos de entrenamiento. Además, se facilita la búsqueda dehotel o residencia académica, cuando sea solicitada. Consultar con periodicidad el sitio web: Hace unos años tuve el placer de impartir clases en Oeiras, y es una ciudad costera magnífica, bien comunicada con Lisboa por tren. Los cursos se celebran en el…

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Blogs de bioinformática y Bioinformatics Zen

De nuevo David González (¡gracias David!) me ha mandado un enlace interesante sobre bioinformática. Se trata de Bioinformatics Zen, un blog de bioinformática en inglés. La última entrada publicada en ese blog trata sobre la edición especial de bio::blogs (que es un blog carnival), que cita entradas de los mejores blogs de bioinformática existentes, y que es publicada en nodalpoint.org. Se nota que los autores de bio::blogs se curran bastante sus recopilatorios, porque para cada edición generan un PDF descargable…

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Blog de Bioinformática en Italiano

Hace un mes y pico me escribió Giovanni, moderador del Bioinfo Blog!, para dar a conocer su blog de bioinformática, creado hace un par de meses. He estado visitándolo, y personalmente me parece magnífico, porque está lleno de entradas muy interesantes. Aunque no sepais italiano, con un poco de esfuerzo se entiende lo que hay escrito, dado que el lenguaje técnico y bioinformático no cambia mucho de idioma a idioma. Por ejemplo, hay una entrada de hace un par de…

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