Bioinformática

¿Por qué las publicaciones científicas están prisioneras detrás de un muro de pagos?

Normalmente, cuando veo una noticia o una entrada de un blog que es interesante para esta bitácora, intento plasmar un resumen personal del mismo, encontrar entradas independientes relacionadas en algún sentido y aportar mi granito de arena adicional, excavando un poco más en lo que he encontrado.

Pero siempre hay excepciones. En el blog Priceonomics, he encontrado la entrada Why is Science behind a paywall?, publicada por Alex Mayyasi el 10 de Mayo de 2013, que pienso que merece ser traducida íntegramente al castellano, al proporcionar una gran retrospectiva sobre por qué los descubrimientos científicos, y las publicaciones donde fueron hechos públicos, son como son (un poco más centrado en Estados Unidos que en el resto de países, todo sea dicho de paso). Espero no hacer un trabajo muy burdo…

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La tabla periódica de los elementos bioinformáticos

Una de las formas que tienen las compañías de hacer propaganda de ellas mismas es crear contenidos lúdicos o educativos relacionados con su área de negocio. A veces, esos contenidos son interesantes, como es el caso de la tabla periódica de los elementos bioinformáticos (a continuación, un pantallazo), que ha sido creada por una compañía de consultoría bioinformática:

La tabla parece haber sido compuesta por gente principalmente versada en el análisis de datos de ultrasecuenciación, porque no incluye servidores ni herramientas de rutas metabólicas, text-mining, filogenia, etc…

Entonces, ¿qué herramientas y sitios web bioinformáticos añadirías a la tabla?

Cursos de Verano

Hace ya tiempo que no escribo en el blog, y me da pena no poder dedicarle el tiempo que se merece. Por eso, para ver si arranco de nuevo, voy a escribir sobre este curso de verano de Bioinformática.

Hace más de 10 años, cuando los masters y los cursos que trataran Bioinformática y la Biología Computacional empezaron a estar más demandados, se celebró el primer Curso de Verano de la Universidad Complutense. El temario de este curso de verano, enfocado en los conocimientos y técnicas básicos para trabajar en Bioinformática, ha ido evolucionando, sin llegar a tocar temas más especializados y aún en evolución, como las herramientas y los análisis de resultados de NGS (lo cuál queda para cursos más especializados o avanzados como los máster), que de todas formas quedarían fuera de las posibilidades de un curso de verano.

Los puntos principales de este curso de verano son:

• Introducción a la Bioinformática.
• Nociones sobre el uso de ordenadores con sistema operativo tipo Linux (casi todas las herramientas bioinformáticas se lanzan por consola).
• Programación básica con Perl.
• Nociones sobre bases de datos relacionales y servicios Web.
• Bases de Datos en Bioinformática.
• Herramientas y conceptos de análisis de secuencias de acidos nucléicos.
• Herramientas y conceptos de análisis de secuencias de aminoácidos.
• Predicción de estructura secundaria y terciaria de proteínas.
• Filogenia.
• Arrays de DNA y análisis de datos.
• Proteómica y Bioinformática.

Si estáis interesados en el curso, y obviamente os lo podéis permitir, podéis encontrar más información sobre el mismo en http://ubio.bioinfo.cnio.es/Cursos/cursoVerano2013/

CHEMDNER, la subcompetición de identificación de nombres de compuestos y drogas

Bajo el acrónimo que inicia esta entrada de blog (CHEMDNER, Chemical compound and drug name recognition task) se encuentra una de las subcompeticiones de la próxima edición de BioCreative IV (Critical Assessment of Information Extraction in Biology). Lo primero que se le viene a uno a la mente cuando lee ese acrónimo es la frase “Pero eso ¿qué es?”, con el acento más basto y cateto con el que identificamos nuestra propia ignorancia.

BioCreative es una competición que se celebra para ver cómo se encuentra el estado del arte de la minería de textos en los campos de la biología, biomedicina, bioinformática, … y otros afines. CHEMDNER es una de las 5 subcompeticiones de BioCreative IV, y está enfocada en el reconocimiento de nombres de compuestos químicos y drogas/fármacos dentro de textos científicos y patentes, y de sus roles semánticos en el contexto de las oraciones, párrafos y manuscritos donde participan. Como el lenguaje natural es bastante ambiguo, aún en el subconjunto usado para el lenguaje científico, los sistemas automáticos creados por los participantes tienen que ser capaces, por ejemplo, de identificar que “aspirina”, C₆H₄(OCOCH₃)COOH, CHEBI:15365 y “ácido acetilsalicílico” son la misma cosa (y es una droga), o que “cloruro sódico”, “NaCl” y “sal” se refieren a compuestos químicos, pero que el término “sal” puede ser o no sinónimo de los dos primeros según el contexto.

Así que, si os dedicáis a la minería de textos, tal vez os interese participar en ésta u otras de las subcompeticiones de BioCreative. Para el caso de CHEMDNER, os podéis registrar como grupo participante en http://www.biocreative.org/news/biocreative-iv/team/ , y podéis encontrar más detalles de la competición en http://www.biocreative.org/tasks/biocreative-iv/chemdner/

Ensayos clínicos, o cómo explicar algo científico a la gente

Ayer mi amiga Gloria me mandó desde Singapur un correo de unas colegas suyas para participar en un ensayo clínico. Lo primero que viene a la mente es “para eso hay que estar presente, ¿no?”. Pues depende de lo que se vaya a ensayar…

En este caso, lo que se ensayan son contenidos didácticos multimedia, relacionados con la ruta metabólica de señalización Wnt. Para medir cómo de efectivos son los contenidos, utilizan la siguiente metodología:

• Cada participante (tenga o no conocimientos de biología) rellena un primer cuestionario muy extenso lleno de preguntas sobre la ruta de señalización Wnt, que debe ser contestado sin mirar otras fuentes.
• Luego, cada participante tiene que usar el juego sobre Wnt, o si no les van los juegos, solicitar a las coordinadoras (Delia o Ivana) un PDF con información didáctica/divulgativa sobre Wnt.
• Y por último, cada participante rellena un segundo cuestionario, igual de extenso que el primero, también lleno  de preguntas sobre Wnt.

Luego, con los resultados de todos los participantes, podrán medir si usar el juego o el contenido divulgativo en PDF sirven para aumentar o disminuir lo que los participantes saben sobre Wnt. El único requisito para todo este proceso es usar un navegador lo suficientemente moderno (vamos, un navegador actualizado con soporte de HTML5), en una máquina lo suficientemente moderna, al menos, para la parte del juego.

Si estáis interesados, todos los detalles para participar los podéis encontrar más abajo, en el correo original:

Dear all,
we need a large number of volunteer human test subjects for a pre-clinical trial of a novel method to get certain facts from molecular  biology across the blood-brain barrier.

The test was approved by MOE (really)  and most subject are expected to come out of the trial with a minimum long-term damage.

If you can donate 20 minutes of your time to science,  we would ask you to do the following:

1. Go here and fill in a quick on-line quiz:  http://goo.gl/utgla
2. Play an online game here: http://epsf.bmad.bii.a-star.edu.sg/games/wntgame.html
3. Fill a similar test again: http://goo.gl/Q0CyJ

That’s all.

Notes:

• you don’t have to be a biologist to play the game – everybody is invited to try their hand
• you don’t have to tell us who you are when you fill the quiz – the whole setup is actually testing us – the game designers -  and not the player
• you do need a browser that supports html5 – the game gets cranky on older browsers and older computers
• if you don’t like playing games, it would actually help us hugely if you would do the same quiz thing, but with flipping through a pdf document between the two quizzes, rather then playing (please ask us, Delia or Ivana)

Many thanks in advance to our brave volunteers,
Delia and Ivana

Movilizaciones por la Ciencia el próximo 19 de Diciembre

Aunque tengo bastante descuidado el blog de bioinformática, las movilizaciones por la ciencia del próximo 19 de Diciembre son una buena razón por la que escribir esta entrada.

Todo lo que voy a mencionar a continuación ya ha sido explicado extensamente, durante todos estos meses y de forma mucho más elocuente, en muchos otros blogs, ya sean o no de Ciencia. Desde el pasado mes de Marzo está circulando La carta abierta por la Ciencia en España (versión en inglés) (versión en español), que denuncia el gran recorte producido en las inversiones reales en Ciencia para 2012, y el retroceso progresivo que ha habido en el apoyo a la Ciencia en España en los pasados años. Esto contrasta de sobremanera con las inversiones de I+D de otros países para 2012, donde no sólo se ha ido mantenido año tras año la inversión en Ciencia, sino que se ha aumentado aún más.

Pues bien, como ya sabeis, los Presupuestos  Generales del Estado para 2013 fueron recientemente aprobados, y el recorte de inversiones reales en Ciencia y en I+D+i es del 25% con respecto al año que ahora se está acabando. Esto nos sitúa, tristemente, al nivel de inversión en I+D que se realizaba en España en 1985. Un retroceso de 27 años, digno del mismísimo Marty McFly en “Regreso al Futuro”. Parafraseando la convocatoria de las movilizaciones del próximo 19 de Diciembre, estamos ante el colapso de nuestro actual sistema de Ciencia y Tecnología.

Por eso, y muchas otras razones, se han convocado en toda España las movilizaciones por la Ciencia para el próximo 19 de Diciembre. Aunque todas las evidencias me digan lo contrario, me niego a creer que, de nuevo parece que como país, como sociedad, estemos condenados por la lapidaria frase de Miguel de Unamuno “¡Que inventen ellos!”. No sólo se van a producir los recortes de I+D+i, sino que estamos dándole como sociedad la patada a nuestra mejor “materia prima”, los investigadores, los innovadores, que son los que crean para cualquier país y empresa riqueza a largo plazo. Ya he visto a muchos amigos buscar lugares en el extranjero más propicios para la Ciencia, o simplemente, dejar la Ciencia. Y España no va a ser capaz de atraer a científicos en muchos años, ya sean de otros países o españoles, de vuelta a España.

Aún con esas, sigamos trabajando en Ciencia (y luchando por ella) mientras nos dejen (aunque suene triste).

P.D.: Todavía está abierta la posibilidad de firmar La Carta Abierta por la Ciencia en España, que en cierta medida se ve representada por la movilización del próximo 19 de Diciembre.

Enlaces Relacionados

• Convocatoria original del movimiento “Carta por la Ciencia”, 4 de Diciembre.
• Convocatoria publicada en el blog de precarios, 5 de Diciembre.
• Entrada del blog EsMateria, publicada el 5 de Diciembre.
• Noticia publicada en el diario digital El Aguijón, a principios de Diciembre.
• Carta Abierta por la Ciencia en España (versión en inglés) (versión en español).
• Página de firma de la Carta Abierta por la Ciencia en España.
• Noticia del 10 de Mayo de 2012 en el diario El País, sobre el gasto de I+D en otros países.
• Entrada del 27 de Noviembre de 2012 del blog Ayuda Eficaz.

Identificando plagios y autoplagios: Deja Vu

Algunos de los problemas internos que más preocupa a las revistas científicas y, en general, a la comunidad científica, es el tema de la falsificación de descubrimientos, el plagio y el autoplagio. La detección de falsificación en los descubrimientos es complicada, y parte de la tarea de los revisores y editores de los artículos recibidos en las revistas científicas es precisamente detectar esos casos.

Para los temas de plagio y autoplagio, muchas revistas disponen de herramientas y departamentos especializados en la detección de estas prácticas, además del trabajo de los propios revisores de artículos. Pero, ¿cómo se puede detectar un plagio o un autoplagio, si hay más de 22 millones de artículos registrados en PubMed, sin contar toda la producción científica? Una posibilidad es usar técnicas de text-mining a la hora de detectar similitudes entre artículos, y de los resultados de esas búsquedas nace la base de datos Deja Vu.

Deja Vu usa por debajo el motor de búsquedas eTBLAST, que busca la similitud de un texto de entrada con los artículos de MEDLINE, CRISP, PMC, Arxiv o Wikipedia (entre otras), para obtener la ‘similitud’ entre los distintos artículos. Dentro de la base de datos guarda además, si hay algún autor en común entre los artículos, si ha sido revisada o no la coincidencia por un experto (o incluso reconocido como plagio), la distancia temporal entre los artículos publicados, teniendo incluso en cuenta en qué idiomas está escrito cada artículo, etc… Aunque en Deja Vu haya pocas entradas en las que difiera el idioma de los artículos similares (por la falta de calidad en las traducciones automáticas entre idiomas), es algo a tener en cuenta. Parte de los casos de plagio y autoplagio se dan al publicar los mismos contenidos en distintos idiomas (por ejemplo, chino e inglés), aprovechando la barrera idiomática para ocultar el plagio.

Mirando los registros de Deja Vu, hay de todo un poco, desde posibles falsos positivos, hasta plagios y autoplagios descarados en los que no ha cambiado ni una coma del título y el abstract del artículo.

Enlaces

• Página de presentación de Deja Vu.
• Listado de artículos duplicados detectados por Deja Vu.
• Página principal de eTBLAST.

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