Ficheros PDB, ahora también en XML
Hace ya tiempo que los responsables de PDB proporcionaban de forma experimental el contenido de su base de datos en XML, en el denominado formato PDBML. Sin embargo, hasta hace poco no han considerado que estuviera lo suficiente maduro su sistema de consolidación de datos, por lo que usaban el servidor de proyectos beta de PDB para ello. Hoy en día todas las estructuras almacenadas en PDB se encuentran publicadas en XML en el servidor FTP oficial de PDB, usando tres variantes del formato PDBML: formato completo, formato sin la definición de los átomos y formato con la definición de los átomos compactada.
El esquema del formato PDBML es una traducción directa y automatizada del formato mmCIF (macromolecular Crystallographic Information File), lo que asegura la coherencia y equivalencia de los datos almacenados en ambos formatos.