Y el formato PDB llega a su versión 4.0

Como todo en el mundo de la bioinformática, los formatos de fichero siguen evolucionando. En este caso se trata el formato PDB, que llega a su versión 4.0 . Y con esa nueva versión, toda la base de datos de PDB ha sufrido una revisión profunda para adaptarse al nuevo formato. Dicha revisión se hará pública el próximo 13 de Julio, justo antes del comienzo de las primeras reuniones de ISMB/ECCB 2011. La revisión profunda incluye, por ejemplo, la solución de problemas con la representación de complejos, inhibidores de péptidos o antibióticos. En total, poco menos de 17000 entradas se han visto afectadas por las correcciones de representación en el nuevo formato.

Ya hace casi cuatro años hubo bastante polémica cuando salió el formato PDB 3.1, también parte de las entradas fueron revisadas y actualizadas, pero la comunidad de usuarios (bioinformáticos, cristalógrafos, químicos, etc…) no estuvo de acuerdo con parte de esos cambios en los contenidos de las entradas. Ya veremos qué ocurre en esta ocasión.

Enlaces

• Anuncio oficial de la publicación de PDB 4.0.
• Lista detallada de los cambios introducidos en PDB 4.0.