Como podeis leer en un post anterior sobre cómo hacer funcionar Phrap, me encontré con el caso curioso de que, en una misma máquina de arquitectura IA64, los programas de Phrap compilados con GCC fallaban con Segmentation Fault, mientras que esos mismos programas compilados con el compilador de pago Intel funcionaban. Pues bien, tras estar investigando cómo hacer funcionar Phrap de forma nativa en las arquitecturas de 64 bits (x86-64 e IA64) compilándolo con GCC, me encontré con el meollo…

Phrap es uno de esos programas bioinformáticos muuuuy usado a la hora de ensamblar todos los contigs (¡que no hay que confundir con los EST contigs!) obtenidos de secuenciadores que usan técnicas similares a la de shotgun. Este programa es gratuito para uso académico (previa solicitud a los autores), y está disponible tanto en código fuente como en módulos precompilados. El problema al instalar Phrap viene de que fue diseñado y escrito en entornos de 32 bits, con compiladores de…

Si trabajas en bioinformática, la mayor parte del tiempo estás dependiendo de programas que no has hecho para tu trabajo cotidiano. En ocasiones (más de lo habitual) es necesario usar programas que son antiguos o muy antiguos, y que no consigues que funcionen en los primeros intentos. Eso es lo que nos ha estado pasando hoy en el laboratorio, intentado hacer funcionar los programas del paquete Tops. El programa Tops sirve para estudiar la topología de las proteínas, representándolas de…