Los fondos que componen este Museo proceden del Real Colegio de Cirugía de San Carlos, fundado en 1787.
La creación de un "gabinete anatómico y patológico" estaba prevista en los primeros informes realizados por Antonio Gimbernat, director
de este Real Colegio, en la última década del siglo XVIII. De esta época datan los más antiguos modelos de cera conservados.
En la segunda mitad del siglo XIX Pedro González de Velasco (1815-1882), responsable de la colección anatómica, introdujo piezas naturales,
procedentes de la sala de disección, y se estableció una osteoteca.
Las colecciones fueron reorganizadas y preparadas para su exhibición bajo el decanato de Julián Calleja Sánchez (1836-1913), catedrático de Anatomía.
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